FDX1下调与MKI耐药及铜死亡耐受关联验证
验证长期MKI处理是否下调FDX1并导致耐药和铜死亡耐受。
对HCC细胞进行Sora/Lenva长期处理,检测FDX1蛋白、铜死亡标志物(Lip-DLAT、Lip-DLST)及细胞活力;在97H-SR细胞中验证FDX1表达降低及耐药性;并检测FDX1过表达对Sora敏感性的恢复。
NBR1-Mediated Autophagic Degradation of YTHDF1 Curtails FDX1 Translation to Drive Concurrent Multikinase Inhibitor Resistance and Cuproptosis Tolerance
含体外细胞、体内小鼠模型及患者样本层级,并开展功能与机制验证(多聚核糖体、SunTag、CRISPR敲入、共免疫沉淀等)
MHCC-97H、Huh7及HEK293T细胞系 索拉非尼耐药MHCC-97H(97H-SR)细胞 BALB/c裸鼠皮下及原位肝肿瘤模型
Sora处理浓度与时间:5 μmol/l Sora处理48 h,或0.5–2.5 μmol/l逐步筛选并维持2.5 μmol/l超过1年建立97H-SR YTHDF1 K515甲基化位点验证:CRISPR-Cas9敲入YTHDF1-WT、K515R、K515M NBR1介导自噬降解验证:siRNA敲低NBR1联合Sora(5 μmol/l)和ES处理 体内药效实验分组与给药:每4次/周腹腔注射DMSO、Sora(10或20 mg/kg)、ES(40或50 mg/kg)+ CuCl2(0.06 mg/kg)等 SCDlip共递送系统组成:5 mg/kg Sora、5 mg/kg ES-Cu、1.5 mg/kg NBR1 siRNA,尾静脉注射
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证长期MKI处理是否下调FDX1并导致耐药和铜死亡耐受。
对HCC细胞进行Sora/Lenva长期处理,检测FDX1蛋白、铜死亡标志物(Lip-DLAT、Lip-DLST)及细胞活力;在97H-SR细胞中验证FDX1表达降低及耐药性;并检测FDX1过表达对Sora敏感性的恢复。
探究MKI下调FDX1的分子机制是否为翻译抑制。
通过多聚核糖体图谱分析FDX1 mRNA分布,SunTag报告系统检测新合成FDX1,并分析m6A调节因子(METTL3、FTO、YTHDF1)对FDX1翻译的影响。
确定MKI是否通过自噬途径降解YTHDF1。
使用自噬抑制剂Baf-A1和蛋白酶体抑制剂MG-132处理,检测YTHDF1水平;敲低ATG5/ATG7及自噬接头蛋白(NBR1、SQSTM1、OPTN等),评估YTHDF1恢复及铜死亡敏感性。
明确K515甲基化在YTHDF1与NBR1结合及降解中的作用。
构建YTHDF1 K515R/K515M突变体,通过免疫共沉淀检测其与NBR1结合、K-Me1水平及蛋白半衰期;使用CRISPR-Cas9敲入突变细胞验证铜死亡和体内药效。
揭示MKI如何通过AKT-mTOR-SMYD2调控YTHDF1甲基化。
使用AKT抑制剂MK-2206、mTOR抑制剂Rapamycin、MAPK抑制剂PD318088处理细胞,检测YTHDF1 K515-Me1水平及与NBR1/SMYD2的相互作用;并验证SMYD2抑制剂LLY-507对甲基化和铜死亡的影响。
评估靶向NBR1的共递送系统对MKI耐药和铜死亡的逆转效果。
构建SCDlip(共载NBR1 siRNA、Sora、ES-Cu),在皮下和原位HCC模型中检测生物分布、抗肿瘤效果及对YTHDF1-FDX1轴和铜死亡标志物的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | Dulbecco改良Eagle培养基 | -- | -- |
| 青霉素-链霉素 | Cienry | CR-12800-S | |
| 胎牛血清 | Biological Industries | 04-001-1ACS | |
| 药物处理 | 索拉非尼 | Selleck | S7397 |
| 仑伐替尼 | Selleck | S1164 | |
| 伊利司莫 | MedChemExpress | HY-12040 | |
| 二硫代氨基甲酸钠 | MedChemExpress | HY-B1637 | |
| 替加色罗 | MedChemExpress | HY-14153 | |
| JIB-04 | Selleck | S7281 | |
| 替沃扎尼 | MedChemExpress | HY-10977 | |
| FLT3-IN-3 | MedChemExpress | HY-112145 | |
| c-Kit-IN-1 | MedChemExpress | HY-15240 | |
| CP-673451 | MedChemExpress | HY-12050 | |
| PD318088 | MedChemExpress | HY-12062 | |
| MK-2206 | MedChemExpress | HY-10358 | |
| 雷帕霉素 | MedChemExpress | HY-10219 | |
| 巴弗洛霉素A1 | Sigma-Aldrich | B1793 | |
| MG-132 | Sigma-Aldrich | 474790 | |
| 烟酰胺 | Selleck | S1899 | |
| 曲古抑菌素A | Selleck | S1045 | |
| LLY-507 | Selleck | S7575 | |
| 多西环素 | MedChemExpress | HY-N0565 | |
| 嘌呤霉素 | Amresco | J593-25MG | |
| 二甲基亚砜 | Sigma-Aldrich | D2650 | |
| 细胞培养 | Lipofectamine RNAiMAX转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | 13778 |
| Lipo8000转染试剂 | Beyotime | C0533 | |
| Western blot | 脱脂奶粉 | Fdbio Science | FD0080 |
| TBS-T | Fdbio Science | FD0020 | |
| 二抗 | Jackson | 111-035-003, 115-035-003 | |
| Amersham Imager 680化学发光成像系统 | General Electric Company | -- | |
| 免疫组化 | 乙醇 | SINOPHARM | 10009218 |
| 二甲苯 | SINOPHARM | 10023418 | |
| EDTA抗原修复液 | SINOPHARM | 10009717 | |
| 过氧化氢 | SINOPHARM | 10011218 | |
| 山羊血清 | BOSTER | AR1009 | |
| 二抗 | Abcam | ab205718 | |
| 免疫荧光 | TSA-488酪胺 | AAT Bioquest | 11060 |
| TSA-555酪胺 | AAT Bioquest | 11065 | |
| DAPI | Solarbio | C0060 | |
| 抗淬灭封片剂 | Southern Biotech | 0100-01 | |
| 细胞培养 | Triton X-100 | Fdbio Science | FD3511 |
| 磷酸盐缓冲液 | Cienry | CR-20012 | |
| 牛血清白蛋白 | Fdbio Science | FD0030-500 | |
| 免疫荧光 | Mitotracker Red CMXRos | Thermo Fisher Scientific | M7512 |
| 二抗 | Invitrogen | a11029 | |
| 含DAPI封片剂 | Vectorlabs | H-1200 | |
| 蛋白提取 | Tris | Fdbio Science | FD2010 |
| 氯化钠 | Fdbio Science | FD3467 | |
| NP40 | Fdbio Science | FD7949 | |
| 无EDTA蛋白酶抑制剂混合物 | Selleck | B14001 | |
| SDS上样缓冲液 | Fdbio Science | FD006 | |
| 铜离子检测 | 细胞铜离子比色检测试剂盒 | Elabscience | E-BC-K775-M |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | P0010 | |
| RNA提取 | TRIzon试剂 | Cowin Bioscience | CW0580S |
| RT-qPCR | High-Capacity cDNA逆转录试剂盒 | Applied Biosystems | 4368813 |
| 2× SYBR Green预混液 | Cowin Bioscience | CW0957H | |
| NanoDrop 2000分光光度计 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 多聚核糖体图谱 | HEPES | Sangon Biotech | E607018-0100 |
| 氯化镁 | Aladdin | M283904 | |
| RNase抑制剂 | TaKaRa | 2313B | |
| 二硫苏糖醇 | Fdbio Science | FD0011 | |
| MeRIP | EpiQuik CUT&RUN m6A RNA富集试剂盒 | Epigentek | P-9018-24 |
| RIP | PureBinding RIP试剂盒 | Geneseed | P0102 |
| 免疫沉淀 | Flag磁珠 | Thermo Fisher Scientific | A36797 |
| Myc磁珠 | Huabio | HAK21044 | |
| 琼脂糖珠 | Thermo Fisher Scientific | 78610 | |
| 质粒构建 | AgeI限制酶 | NEW ENGLAND BioLabs | R3552 |
| EcoRI限制酶 | NEW ENGLAND BioLabs | R3101 | |
| 大肠杆菌DH5α感受态细胞 | TaKaRa | 9057 | |
| 体内成像 | D-荧光素钾盐 | YEASEN | 40902ES02 |
| IVIS Lumina XRMS Series III小动物成像系统 | Revvity | -- | |
| 脂质体合成 | [(4-羟基丁基)氮杂二基]双(己烷-6,1-二基)双(2-己基癸酸酯) | Tanshtech | 81000226 |
| 1,2-二硬脂酰-sn-甘油-3-磷酸胆碱 | Tanshtech | 81000047 | |
| 胆固醇 | Tanshtech | 81000048 | |
| 2-[(聚乙二醇)-2000]-N,N-双十四烷基乙酰胺 | Tanshtech | 81000227 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与耐药细胞建立 | MHCC-97H、Huh7和HEK293T细胞的来源、培养基、血清批次;97H-SR细胞建立时Sora浓度梯度(0.5–2.5 μmol/l)及维持浓度(2.5 μmol/l)和时间(超过1年) 阅读提示:Methods中Cell culture小节 |
| 药物处理与铜死亡诱导 | Sora和Lenva处理浓度(5 μmol/l和10 μmol/l)及时间(48 h);ES浓度范围(5–100 nmol/l)及CuCl2浓度(1 μmol/l);检测终点(细胞活力、蛋白脂酰化) 阅读提示:Methods中Cell treatment小节及Figure legends |
| YTHDF1降解途径分析 | Baf-A1(100 nmol/l)和MG-132(10 μmol/l)处理时间(12 h);ATG5/ATG7 siRNA敲低后Sora处理浓度(5 μmol/l)和时间(48 h) 阅读提示:Methods中Assessment of YTHDF1 degradation via the autophagy pathway小节 |
| YTHDF1 K515甲基化验证 | CRISPR-Cas9敲入YTHDF1-WT、K515R、K515M的gRNA和供体序列;验证突变引入的PCR和Sanger测序方法 阅读提示:Methods中CRISPR-Cas9-mediated knock-in cell construction小节及Table S5 |
| 体内药效实验 | 小鼠品系(BALB/c nude)、年龄(6–8周)、样本量(n=6每组);Sora剂量(10或20 mg/kg)、ES剂量(40或50 mg/kg)、CuCl2剂量(0.06 mg/kg)、给药途径(腹腔注射)和频率(4次/周) 阅读提示:Methods中Mouse xenograft models小节 |
| SCDlip共递送系统 | SCDlip组成(5 mg/kg Sora、5 mg/kg ES-Cu、1.5 mg/kg NBR1 siRNA);脂质体组分及合成;尾静脉注射频率(3–4次/周) 阅读提示:Methods中Synthesis and in vivo distribution of SCDlip小节 |