NBR1介导的YTHDF1自噬降解抑制FDX1翻译,驱动多激酶抑制剂耐药与铜死亡耐受

NBR1-Mediated Autophagic Degradation of YTHDF1 Curtails FDX1 Translation to Drive Concurrent Multikinase Inhibitor Resistance and Cuproptosis Tolerance

作者信息Weikai Wang, Xin Jiang, Xiaona Chen, Kaiyu Liang, Miaoqin Chen, Kaizhong Lu, Qi Wei, Yuchen Wu, Liyuan Zhu, Yuan Chen, Tianlun Hou, Jingfeng Luo, Chentao Li, Xian Wang, Hongchuan Jin, Lifeng Feng
PMID42729649
发布时间2026-09-11
DOI10.34133/cancomm.0048

实验完整度

高

含体外细胞、体内小鼠模型及患者样本层级,并开展功能与机制验证(多聚核糖体、SunTag、CRISPR敲入、共免疫沉淀等)

主要模型

MHCC-97H、Huh7及HEK293T细胞系 索拉非尼耐药MHCC-97H(97H-SR)细胞 BALB/c裸鼠皮下及原位肝肿瘤模型

重点核对

Sora处理浓度与时间:5 μmol/l Sora处理48 h,或0.5–2.5 μmol/l逐步筛选并维持2.5 μmol/l超过1年建立97H-SR YTHDF1 K515甲基化位点验证:CRISPR-Cas9敲入YTHDF1-WT、K515R、K515M NBR1介导自噬降解验证:siRNA敲低NBR1联合Sora(5 μmol/l)和ES处理 体内药效实验分组与给药:每4次/周腹腔注射DMSO、Sora(10或20 mg/kg)、ES(40或50 mg/kg)+ CuCl2(0.06 mg/kg)等 SCDlip共递送系统组成:5 mg/kg Sora、5 mg/kg ES-Cu、1.5 mg/kg NBR1 siRNA,尾静脉注射

摘要

背景:癌细胞常对靶向治疗获得适应性耐药;然而,目前缺乏能够同时克服治疗耐受并重新激活细胞死亡通路的策略。在此,我们研究了铁氧还蛋白1(FDX1)在肝细胞癌(HCC)中调节多激酶抑制剂(MKI)敏感性和铜死亡易感性的双重作用,并寻求开发一种逆转耐药的治疗方法。方法:采用体外和体内HCC模型研究FDX1在MKI耐药和铜死亡逃逸中的作用。采用多聚核糖体图谱分析、SunTag翻译报告系统、CRISPR-Cas9诱变和质谱分析来阐明潜在机制。设计了一种共递送纳米脂质体系统并在原位HCC模型中进行测试。结果:长期暴露于MKI导致FDX1蛋白水平下调,从而导致体外和体内HCC的MKI耐药和铜死亡耐受。机制上,我们发现MKI使蛋白激酶B(PKB,也称为AKT)-雷帕霉素机制靶点(mTOR)信号失活,从而抑制SET和MYND结构域包含蛋白2(SMYD2)介导的YTH结构域家族蛋白1(YTHDF1)在赖氨酸515(K515)处的甲基化。低甲基化的YTHDF1通过next to BRCA1 gene 1 protein(NBR1)依赖性自噬被降解,导致FDX1 mRNA的N6-甲基腺苷修饰依赖性翻译受到抑制。FDX1缺乏通过重新激活AKT生存信号驱动MKI耐药,同时通过减少二价铜离子(Cu2+)向一价铜离子(Cu+)的转化和蛋白质脂酰化丢失而损害铜死亡。此外,通过NBR1敲低或YTHDF1过表达恢复FDX1表达,克服了MKI耐药并使HCC细胞对铜死亡重新敏感。最后,一种设计用于共递送NBR1小干扰RNA、铜离子载体和索拉非尼的纳米脂质体系统——超级铜死亡引爆脂质体,恢复了FDX1依赖性铜死亡,并表现出显著的抗HCC疗效,抑制了体内HCC生长。结论:MKI通过使AKT-mTOR信号失活,抑制SMYD2介导的YTHDF1在K515处的甲基化。这导致FDX1翻译抑制,引起AKT信号重新激活和蛋白质脂酰化受损,这些效应促成了HCC中的MKI耐药和铜死亡耐受。通过纳米脂质体共递送系统靶向NBR1介导的YTHDF1降解,从而克服MKI耐药并使细胞对铜死亡重新敏感,代表了一种有前景的HCC治疗策略。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
MKI耐药与铜死亡耐受是否通过共同机制调控,以及FDX1在其中的双重作用是什么?
核心机制
MKI抑制AKT-mTOR信号,降低SMYD2介导的YTHDF1 K515甲基化,导致NBR1依赖性自噬降解YTHDF1,进而抑制FDX1 mRNA的m6A依赖性翻译;FDX1下调重新激活AKT信号并损害蛋白质脂酰化,导致MKI耐药和铜死亡耐受。
主要证据
在HCC细胞(MHCC-97H、Huh7)和小鼠模型中,Sora/Lenva处理下调FDX1蛋白并增加耐药;多聚核糖体分析和SunTag报告显示FDX1翻译受抑制;YTHDF1敲低或过表达影响FDX1及铜死亡;CRISPR敲入K515R/K515M突变验证甲基化位点功能;SCDlip在体内恢复FDX1并增强抗肿瘤效果。
研究意义
靶向NBR1介导的YTHDF1降解以恢复FDX1表达,可同时克服MKI耐药并重新激活铜死亡,为HCC治疗提供了有前景的策略。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

FDX1下调与MKI耐药及铜死亡耐受关联验证

验证长期MKI处理是否下调FDX1并导致耐药和铜死亡耐受。

对HCC细胞进行Sora/Lenva长期处理,检测FDX1蛋白、铜死亡标志物(Lip-DLAT、Lip-DLST)及细胞活力;在97H-SR细胞中验证FDX1表达降低及耐药性;并检测FDX1过表达对Sora敏感性的恢复。

2

FDX1翻译调控机制解析

探究MKI下调FDX1的分子机制是否为翻译抑制。

通过多聚核糖体图谱分析FDX1 mRNA分布,SunTag报告系统检测新合成FDX1,并分析m6A调节因子(METTL3、FTO、YTHDF1)对FDX1翻译的影响。

3

YTHDF1自噬降解途径验证

确定MKI是否通过自噬途径降解YTHDF1。

使用自噬抑制剂Baf-A1和蛋白酶体抑制剂MG-132处理,检测YTHDF1水平;敲低ATG5/ATG7及自噬接头蛋白(NBR1、SQSTM1、OPTN等),评估YTHDF1恢复及铜死亡敏感性。

4

YTHDF1 K515甲基化与NBR1相互作用验证

明确K515甲基化在YTHDF1与NBR1结合及降解中的作用。

构建YTHDF1 K515R/K515M突变体,通过免疫共沉淀检测其与NBR1结合、K-Me1水平及蛋白半衰期;使用CRISPR-Cas9敲入突变细胞验证铜死亡和体内药效。

5

AKT-mTOR-SMYD2信号轴调控验证

揭示MKI如何通过AKT-mTOR-SMYD2调控YTHDF1甲基化。

使用AKT抑制剂MK-2206、mTOR抑制剂Rapamycin、MAPK抑制剂PD318088处理细胞,检测YTHDF1 K515-Me1水平及与NBR1/SMYD2的相互作用;并验证SMYD2抑制剂LLY-507对甲基化和铜死亡的影响。

6

SCDlip纳米脂质体系统体内验证

评估靶向NBR1的共递送系统对MKI耐药和铜死亡的逆转效果。

构建SCDlip(共载NBR1 siRNA、Sora、ES-Cu),在皮下和原位HCC模型中检测生物分布、抗肿瘤效果及对YTHDF1-FDX1轴和铜死亡标志物的影响。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
Dulbecco改良Eagle培养基----
青霉素-链霉素CienryCR-12800-S
胎牛血清Biological Industries04-001-1ACS
索拉非尼SelleckS7397
仑伐替尼SelleckS1164
伊利司莫MedChemExpressHY-12040
二硫代氨基甲酸钠MedChemExpressHY-B1637
替加色罗MedChemExpressHY-14153
JIB-04SelleckS7281
替沃扎尼MedChemExpressHY-10977
FLT3-IN-3MedChemExpressHY-112145
c-Kit-IN-1MedChemExpressHY-15240
CP-673451MedChemExpressHY-12050
PD318088MedChemExpressHY-12062
MK-2206MedChemExpressHY-10358
雷帕霉素MedChemExpressHY-10219
巴弗洛霉素A1Sigma-AldrichB1793
MG-132Sigma-Aldrich474790
烟酰胺SelleckS1899
曲古抑菌素ASelleckS1045
LLY-507SelleckS7575
多西环素MedChemExpressHY-N0565
嘌呤霉素AmrescoJ593-25MG
二甲基亚砜Sigma-AldrichD2650
Lipofectamine RNAiMAX转染试剂Thermo Fisher Scientific13778
Lipo8000转染试剂BeyotimeC0533
脱脂奶粉Fdbio ScienceFD0080
TBS-TFdbio ScienceFD0020
二抗Jackson111-035-003, 115-035-003
Amersham Imager 680化学发光成像系统General Electric Company--
乙醇SINOPHARM10009218
二甲苯SINOPHARM10023418
EDTA抗原修复液SINOPHARM10009717
过氧化氢SINOPHARM10011218
山羊血清BOSTERAR1009
二抗Abcamab205718
TSA-488酪胺AAT Bioquest11060
TSA-555酪胺AAT Bioquest11065
DAPISolarbioC0060
抗淬灭封片剂Southern Biotech0100-01
Triton X-100Fdbio ScienceFD3511
磷酸盐缓冲液CienryCR-20012
牛血清白蛋白Fdbio ScienceFD0030-500
Mitotracker Red CMXRosThermo Fisher ScientificM7512
二抗Invitrogena11029
含DAPI封片剂VectorlabsH-1200
TrisFdbio ScienceFD2010
氯化钠Fdbio ScienceFD3467
NP40Fdbio ScienceFD7949
无EDTA蛋白酶抑制剂混合物SelleckB14001
SDS上样缓冲液Fdbio ScienceFD006
细胞铜离子比色检测试剂盒ElabscienceE-BC-K775-M
BCA蛋白定量试剂盒BeyotimeP0010
TRIzon试剂Cowin BioscienceCW0580S
High-Capacity cDNA逆转录试剂盒Applied Biosystems4368813
2× SYBR Green预混液Cowin BioscienceCW0957H
NanoDrop 2000分光光度计Thermo Fisher Scientific--
HEPESSangon BiotechE607018-0100
氯化镁AladdinM283904
RNase抑制剂TaKaRa2313B
二硫苏糖醇Fdbio ScienceFD0011
EpiQuik CUT&RUN m6A RNA富集试剂盒EpigentekP-9018-24
PureBinding RIP试剂盒GeneseedP0102
Flag磁珠Thermo Fisher ScientificA36797
Myc磁珠HuabioHAK21044
琼脂糖珠Thermo Fisher Scientific78610
AgeI限制酶NEW ENGLAND BioLabsR3552
EcoRI限制酶NEW ENGLAND BioLabsR3101
大肠杆菌DH5α感受态细胞TaKaRa9057
D-荧光素钾盐YEASEN40902ES02
IVIS Lumina XRMS Series III小动物成像系统Revvity--
[(4-羟基丁基)氮杂二基]双(己烷-6,1-二基)双(2-己基癸酸酯)Tanshtech81000226
1,2-二硬脂酰-sn-甘油-3-磷酸胆碱Tanshtech81000047
胆固醇Tanshtech81000048
2-[(聚乙二醇)-2000]-N,N-双十四烷基乙酰胺Tanshtech81000227

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
细胞培养与耐药细胞建立
MHCC-97H、Huh7和HEK293T细胞的来源、培养基、血清批次;97H-SR细胞建立时Sora浓度梯度(0.5–2.5 μmol/l)及维持浓度(2.5 μmol/l)和时间(超过1年)
阅读提示:Methods中Cell culture小节
药物处理与铜死亡诱导
Sora和Lenva处理浓度(5 μmol/l和10 μmol/l)及时间(48 h);ES浓度范围(5–100 nmol/l)及CuCl2浓度(1 μmol/l);检测终点(细胞活力、蛋白脂酰化)
阅读提示:Methods中Cell treatment小节及Figure legends
YTHDF1降解途径分析
Baf-A1(100 nmol/l)和MG-132(10 μmol/l)处理时间(12 h);ATG5/ATG7 siRNA敲低后Sora处理浓度(5 μmol/l)和时间(48 h)
阅读提示:Methods中Assessment of YTHDF1 degradation via the autophagy pathway小节
YTHDF1 K515甲基化验证
CRISPR-Cas9敲入YTHDF1-WT、K515R、K515M的gRNA和供体序列;验证突变引入的PCR和Sanger测序方法
阅读提示:Methods中CRISPR-Cas9-mediated knock-in cell construction小节及Table S5
体内药效实验
小鼠品系(BALB/c nude)、年龄(6–8周)、样本量(n=6每组);Sora剂量(10或20 mg/kg)、ES剂量(40或50 mg/kg)、CuCl2剂量(0.06 mg/kg)、给药途径(腹腔注射)和频率(4次/周)
阅读提示:Methods中Mouse xenograft models小节
SCDlip共递送系统
SCDlip组成(5 mg/kg Sora、5 mg/kg ES-Cu、1.5 mg/kg NBR1 siRNA);脂质体组分及合成;尾静脉注射频率(3–4次/周)
阅读提示:Methods中Synthesis and in vivo distribution of SCDlip小节