临床样本采集与组织病理验证
确认牙髓炎组织病理特征及炎症标志物表达。
采集人牙髓炎及健康对照牙髓组织,进行H&E染色和IHC检测IL-6、IL-8。
A Novel piRNA-Mediated Epigenetic Axis: piR-36241 Exacerbates Pulpitis by Silencing the Protective Receptor ADGRG2 in Human Dental Pulp Stem Cells
含人牙髓组织测序与临床样本、小鼠牙髓炎模型、HDPCs体外模型,并进行双荧光素酶、功能获得/挽救验证机制
人牙髓炎患者牙髓组织与健康对照牙髓组织 C57BL/6小鼠牙髓炎模型 LPS刺激的人牙髓细胞(HDPCs) HEK-293T细胞(双荧光素酶报告基因实验)
人牙髓组织样本:9例牙髓炎第三磨牙来自9例患者,27颗健康前磨牙来自9名健康个体(每人3颗),年龄18–60岁,排除糖尿病、高血压、心脏病等系统性疾病 小鼠模型:48只雄性C57BL/6小鼠(6周龄,20–25 g),实验组n=24、对照组n=24,1%戊巴比妥钠(0.13 mg/kg体重)腹腔麻醉,双侧上颌第一磨牙开髓,牙髓炎组开髓8 h后取上颌第一磨牙,对照组开髓后立即处死 体外模型:HDPCs(第3–5代)以1×10^5细胞/孔接种六孔板,培养至80%融合后,无血清培养基中含1 μg/mL LPS(Escherichia coli O111:B4, L2630, Thermo Fisher)处理24或48 h 转染条件:piR-36241 mimic/inhibitor、siADGRG2及各自阴性对照,使用Lipofectamine 2000,终浓度100 nmol 双荧光素酶分组:ADGRG2 3'UTR-WT+mimic-NC、ADGRG2 3'UTR-WT+piR-36241 mimic、ADGRG2 3'UTR-MUT+mimic-NC、ADGRG2 3'UTR-MUT+piR-36241 mimic,转染HEK-293T细胞 qRT-PCR内参:piRNA以U6为内参,靶基因以GAPDH为内参;统计采用双尾Student's t检验,p<0.05为显著,所有实验至少重复三次
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确认牙髓炎组织病理特征及炎症标志物表达。
采集人牙髓炎及健康对照牙髓组织,进行H&E染色和IHC检测IL-6、IL-8。
分析牙髓炎中piRNA表达谱及预测靶基因。
对6例患者和8例健康对照牙髓组织进行piRNA和mRNA测序,用miRanda和RNAhybrid预测靶点,Cytoscape构建网络。
验证piR-36241及其靶基因在牙髓炎中的表达变化。
RT-qPCR检测人牙髓组织和鼠标本中piR-36241及候选靶基因表达。
筛选并验证piR-36241的关键靶基因。
LPS处理HDPCs,FISH检测piR-36241定位,RT-qPCR、Western blot、IHC检测靶基因和蛋白表达。
验证piR-36241是否直接靶向ADGRG2 3′UTR。
双荧光素酶报告基因实验,构建ADGRG2 3'UTR-WT和MUT,与piR-36241 mimic共转染HEK-293T细胞。
验证piR-36241对ADGRG2及炎症因子的调控。
在LPS-HDPCs中转染piR-36241 mimic或inhibitor,RT-qPCR、Western blot、ELISA检测ADGRG2、IL-6、IL-8。
验证ADGRG2在piR-36241调控炎症中的介导作用。
siADGRG2敲低,单独或与piR-36241 inhibitor共处理LPS-HDPCs,检测IL-6、IL-8。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| RNA提取 | Trizol | Invitrogen | -- |
| qRT-PCR | PrimeScript RT试剂盒 | TaKaRa | -- |
| TB Green Premix Ex Taq II | TaKaRa | -- | |
| 细胞培养 | α-MEM培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | -- | |
| I型胶原酶 | Gibco | -- | |
| Dispase酶 | Yuanye | -- | |
| 磷酸盐缓冲液 | Gibco | -- | |
| 体外炎症模型 | 脂多糖(大肠杆菌O111:B4) | Thermo Fisher | L2630 |
| 细胞转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Thermo Fisher | -- |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | -- |
| PMSF | Sigma | -- | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | -- | |
| SDS-PAGE凝胶 | Epizyme | -- | |
| 抗GAPDH抗体 | Proteintech | -- | |
| 抗ADGRG2抗体 | Abnova | -- | |
| BeyoECL Plus底物 | Beyotime | -- | |
| 免疫组织化学 | IL-6抗体 | Proteintech | -- |
| IL-8抗体 | Proteintech | -- | |
| ADGRG2抗体 | Affinity Biosciences | -- | |
| 柠檬酸盐缓冲液 | Beyotime | -- | |
| 过氧化氢 | Boster | -- | |
| 牛血清白蛋白 | Boster | -- | |
| 辣根过氧化物酶标记二抗 | Proteintech | -- | |
| ELISA | ELISA试剂盒 | FindTest | -- |
| 双荧光素酶报告基因实验 | 双荧光素酶报告基因检测试剂盒 | Beyotime | -- |
| FISH | FISH试剂盒 | Servicebio | -- |
| Cy3标记的piR-36241探针 | Servicebio | -- | |
| 组织学 | EDTA脱钙液 | -- | -- |
| 二甲苯 | Chongqing Chuangdong Chemical CO. LTD | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 人牙髓样本采集与临床分组 | 牙髓炎患者与健康对照的纳入排除标准、样本量、年龄范围、取材部位 阅读提示:Methods 2.1 Sample Collection,Table S1 |
| 小鼠牙髓炎模型建立 | 小鼠品系、周龄、体重、性别、数量、麻醉剂及剂量、开髓方式、开髓后时间点、对照组处理 阅读提示:Methods 2.3 Construction of Mouse Pulpitis Model |
| LPS诱导HDPCs体外炎症模型 | 细胞代次、接种密度、LPS来源、浓度、处理时间、血清条件 阅读提示:Methods 2.5, 2.6 |
| 细胞转染与功能实验 | 转染试剂、终浓度、mimic/inhibitor/siRNA序列或来源、对照设置 阅读提示:Methods 2.11 Transient Cell Transfection |
| 双荧光素酶报告基因实验 | 载体构建、突变位点、细胞系、四组分组、检测试剂 阅读提示:Methods 2.12 Dual-Luciferase Reporter Assay |