患者筛选与分子确诊
建立分子均一的GBM,IDH wt TTFields治疗队列
从120例高级别胶质瘤中筛选一线TTFields治疗患者,排除不符合标准者后对80例进行DNA甲基化谱分析和NGS,确认64例为GBM,IDH wt
PTEN homozygous deletion is a negative prognostic factor in tumor treating fields-treated glioblastoma, IDH wildtype patients
包含DNA甲基化分类、NGS、CNV分析及PTEN IHC,含64例TTFields队列、175例对照队列及18对纵向样本
64例新诊断GBM IDH wt患者TTFields治疗队列 18例配对治疗前后肿瘤组织 两个TTFields未治疗对照队列(TCGA和Lucas et al.,共175例) 50例PTEN免疫组化肿瘤组织
PTEN纯合缺失状态(多变量Cox:HR 3.86,95% CI 1.51–9.87,p=0.0049) MGMT启动子甲基化状态(多变量Cox:HR 0.39,95% CI 0.21–0.72,p=0.0024) 术前KPS(多变量Cox:HR 0.70,95% CI 0.52–0.94,p=0.0189) EGFR扩增和CDKN2A/B纯合缺失在多变量分析中失去显著性 TTFields使用率和治疗时长未纳入主要生存模型
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立分子均一的GBM,IDH wt TTFields治疗队列
从120例高级别胶质瘤中筛选一线TTFields治疗患者,排除不符合标准者后对80例进行DNA甲基化谱分析和NGS,确认64例为GBM,IDH wt
描述队列的分子图谱并筛选≥5例的分子改变用于生存分析
使用DNA甲基化分类、TSO500 DNA/RNA panel测序、CNV分析、TMB计算、MGMT启动子甲基化检测;识别24种在≥5例中出现的改变
评估分子改变与总生存的关联
对24种≥5例的分子改变进行Kaplan–Meier和单变量Cox分析,显著者纳入多变量Cox模型
评估遗传性PTEN改变是否转化为PTEN蛋白表达缺失
对50例有组织病例进行PTEN免疫组化,使用兔单克隆抗PTEN抗体(clone 138G6),半定量三级评分
验证PTEN纯合缺失的预后关联是否特异于TTFields治疗
两个未接受TTFields治疗的GBM,IDH wt队列(TCGA和Lucas et al.,共n=175)评估PTEN缺失状态与OS的关联
探究TTFields是否诱导特异性分子改变
对18例第二次手术的治疗后组织进行分子分析,比较初始和复发肿瘤的分子特征
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| DNA/RNA提取 | RSC FFPE Plus DNA/RNA试剂盒 | Promega | -- |
| Maxwell DNA提取仪 | -- | -- | |
| DNA浓度测定 | Quantus™荧光计 | Promega | -- |
| RNA浓度测定 | Qubit 4荧光计 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 靶向测序 | TruSight™ Oncology 500检测 | Illumina | -- |
| 测序 | NextSeq 550系统 | Illumina | -- |
| 甲基化分析 | EpiTect Fast DNA亚硫酸氢盐试剂盒 | QIAGEN | -- |
| Infinium™ HD FFPE恢复试剂盒 | Illumina | -- | |
| Infinium MethylationEPIC芯片 | Illumina | -- | |
| iScan系统 | Illumina | -- | |
| PTEN免疫组化 | 兔单克隆抗PTEN抗体(clone 138G6) | Cell Signaling Technology | 9559 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者队列与分子确诊 | 纳入标准:一线TTFields治疗、治疗时长≥1个月、有初始切除组织、肿瘤细胞含量足够;确诊方法:DNA甲基化分类和NGS 阅读提示:Methods 2.1和Results 3.1,Figure 1A和1B |
| 分子改变检测 | DNA甲基化分类器版本v12.8,classifier score≥0.84;TSO500 panel检测523基因;TMB算法和编码靶区域1.28 Mb;MGMT焦磷酸测序和MGMT-STP27模型 阅读提示:Methods 2.3–2.7和2.12 |
| 拷贝数变异与PTEN缺失判定 | CNV从甲基化数据用conumee v1.30.0得出;杂合性缺失以chr10 loss为参考;纯合缺失定义为偏离≥2倍chr10 loss距离;无固定log2 cutoff 阅读提示:Methods 2.8–2.11,Figure S1 |
| PTEN免疫组化 | 抗体clone 138G6(Cell Signaling Technology,catalog no. 9559);三级评分系统(0/1/2);仅纳入有可评估肿瘤组织和明确内阳性对照的病例 阅读提示:Methods 2.13,Figure S5 |
| 生存分析 | 主要终点OS定义;单变量和多变量Cox模型;仅单变量中显著的改变纳入多变量;TTFields使用率和治疗时长未纳入主要模型;比例风险假设和VIF<2 阅读提示:Methods 2.14和Results 3.4 |