临床样本采集与多组学测序
探究NSCLC新辅助治疗耐药患者的微环境特征。
收集本中心接受抗PD-1治疗的患者样本,进行空间转录组测序、单细胞RNA测序和bulk RNA测序,并整合多中心公共数据集。
HIF1A+CSF3R+ neutrophils-dominated hypoxic niche induced metabolic reprogramming for neoadjuvant therapy resistance in NSCLC
包含患者空间/单细胞转录组、体外细胞实验、TCR测序、小鼠皮下及原位肿瘤模型和CSF3R条件敲除验证
NSCLC患者肿瘤组织及外周血样本 LA-795、LLC、CMT167细胞系 T739和C57BL/6小鼠皮下及原位肿瘤模型 csf3rfl/fl × Ly6G-cre条件敲除小鼠
HIF1A+CSF3R+中性粒细胞在无应答患者中的比例及其与缺氧评分的相关性 HIF1A+中性粒细胞糖酵解相关酶基因表达、ECAR及乳酸分泌水平 HIF1A+中性粒细胞衰老相关蛋白p16、p21、Bcl-2、PD-L1的表达 联合治疗中navitoclax 50 mg/kg/day p.o.、platycodin-D2 10 mg/kg/day p.o.、anti-PD-1 12.5 mg/kg/week i.p.的剂量与给药方式 CSF3R通过JAK1-STAT3轴调控HIF1A表达的验证
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探究NSCLC新辅助治疗耐药患者的微环境特征。
收集本中心接受抗PD-1治疗的患者样本,进行空间转录组测序、单细胞RNA测序和bulk RNA测序,并整合多中心公共数据集。
鉴定与治疗耐药相关的空间生态位和关键细胞亚群。
使用ISCHIA进行生态位分析,RCTD解卷积注释空间转录组,CellChat分析细胞通讯,TCR测序分析T细胞克隆动态。
验证HIF1A+CSF3R+中性粒细胞的代谢和功能表型。
分离患者外周血中性粒细胞,进行ECAR测定、乳酸检测、Western blot检测糖酵解和衰老相关蛋白;与CAF共培养评估基质重塑。
评估靶向HIF1A+CSF3R+中性粒细胞的联合治疗方案效果。
构建小鼠皮下和原位肿瘤模型,给予navitoclax、platycodin-D2和anti-PD-1联合治疗,监测肿瘤生长、免疫细胞浸润和毒性。
预测靶向HIF1A+CSF3R+中性粒细胞的小分子药物并验证机制。
使用Beyondcell和cMAP进行药物敏感性分析,CADD分子对接预测platycodin-D2靶向CSF3R,SPR验证结合,构建CSF3R条件敲除小鼠验证机制。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 多重荧光免疫组织化学 | 多重试剂盒 | Akoya Biosciences | NEL871001KT |
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | Gibco | 11875093 |
| DMEM培养基 | Gibco | C11995500BT | |
| 胎牛血清 | Gibco | A5670701 | |
| 青霉素/链霉素 | Gibco | 15140122 | |
| 中性粒细胞分离 | 人中性粒细胞分离试剂盒 | Miltenyi Biotec | 130-104-434 |
| 组织消化 | I型胶原酶 | Gibco | 17100017 |
| 透明质酸酶 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 细胞培养 | 高糖DMEM | Gibco | 11965092 |
| 原位肿瘤接种 | Matrigel基底膜基质 | Corning | 354234 |
| 血液分析 | 自动血液分析仪 | Mindray | BC-5000 Vet |
| 生化检测 | 全自动生化分析仪 | Beckman Coulter | AU480 |
| TUNEL染色 | TUNEL检测试剂盒 | Beyotime | C1091 |
| 细胞活力检测 | 台盼蓝 | Gibco | 15250061 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者样本与分组 | 治疗有效定义为病理缓解和主要病理缓解,无效定义为疾病稳定和疾病进展;HIF1A高/低表达分组依据中位数 阅读提示:Results第一段及Figure 1图注 |
| 中性粒细胞分离与培养 | 使用Human Neutrophil Isolation Kit阴性选择,纯度>90%;培养于RPMI 1640+10% FBS+1% Pen-Strep,37°C,5% CO2 阅读提示:Methods中Isolation of PBMCs and neutrophil enrichment小节 |
| ECAR测定 | 细胞接种密度1×10⁵/孔,葡萄糖10mM、寡霉素1µM、2-DG 50mM依次注射 阅读提示:Methods中Seahorse XF analysis小节 |
| 小鼠体内治疗实验 | 皮下接种1×10⁶ LLC或LA-795细胞,每组6只;navitoclax 50 mg/kg/day p.o.;platycodin-D2 10 mg/kg/day p.o.;anti-PD-1 12.5 mg/kg/week i.p.,治疗1周后给药 阅读提示:Methods中Subcutaneous tumor implantation小节及Figure 7图注 |
| 分子对接 | 对接网格尺寸30×30×30 Å,使用MOE 2020和AutoDock Vina,化合物库来自ZINC数据库 阅读提示:Methods中Computer-aided drug design小节 |