患者皮损组织采集与分期定义
获取早期和晚期HS皮损组织,明确疾病分期以比较不同阶段免疫微环境。
采集8例早期HS(Hurley 1期,炎性结节,无真皮隧道或纤维化)和7例晚期HS(Hurley 3期,存在隧道和瘢痕/纤维化)患者活动性皮损活检组织,并收集聚合性痤疮和银屑病组织作为对照。
Spatial transcriptomics maps early B-cell and T-cell activation in hidradenitis suppurativa
整合空间转录组(156个ROI)与单细胞转录组独立队列,比较早晚期HS及痤疮、银屑病,并含免疫组化验证。
早期化脓性汗腺炎患者皮损活检组织(Hurley 1期,8例) 晚期化脓性汗腺炎患者皮损活检组织(Hurley 3期,7例) 聚合性痤疮患者皮损组织 银屑病皮损及非皮损组织
早期HS定义为无真皮隧道或纤维化的炎性结节(Hurley 1期),晚期HS定义为存在隧道和瘢痕/纤维化(Hurley 3期) 空间转录组学感兴趣区域(ROI)的选取与分组:表皮上皮、真皮上皮、浅表真皮炎症聚集区、深部真皮炎症聚集区 差异表达分析阈值:FCH > 2 或 FCH < 0.5 且 FDR < 0.05 单细胞转录组:早期HS n = 2345,晚期HS n = 21,717,银屑病皮损 n = 92,697,非皮损 n = 37,391,对照 n = 15,461 免疫组化验证:CD3、CD20染色及CXCL13蛋白表达
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获取早期和晚期HS皮损组织,明确疾病分期以比较不同阶段免疫微环境。
采集8例早期HS(Hurley 1期,炎性结节,无真皮隧道或纤维化)和7例晚期HS(Hurley 3期,存在隧道和瘢痕/纤维化)患者活动性皮损活检组织,并收集聚合性痤疮和银屑病组织作为对照。
在空间层面描绘早期和晚期HS不同区域(表皮上皮、真皮上皮、浅表/深部真皮炎症聚集区)的基因表达特征。
对早期和晚期HS组织切片进行空间转录组学检测,选取156个ROI,包括表皮上皮、真皮上皮、浅表真皮炎症聚集区和深部真皮炎症聚集区,进行比较和差异表达分析。
在单细胞水平验证空间转录组学发现,解析免疫细胞组成和差异表达基因。
对早期HS(n=2345)、晚期HS(n=21,717)、银屑病皮损(n=92,697)和非皮损(n=37,391)以及对照(n=15,461)皮肤进行单细胞RNA测序,分析细胞比例和差异表达基因。
验证空间和单细胞转录组学发现的B细胞浸润及CXCL13蛋白表达。
对早期和晚期HS组织进行CD3和CD20染色,以及CXCL13蛋白免疫组化分析,观察T细胞、B细胞聚集和CXCL13空间分布。
探究HS中免疫细胞之间的功能性相互作用,特别是B细胞和浆细胞与其他免疫亚群的通讯。
分析HS中比银屑病更 elevated 的免疫细胞间配体-受体相互作用,鉴定CXCR5–CXCL13和IL16–CD4等相互作用。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者皮损组织采集与分期 | 早期HS定义:Hurley 1期,炎性结节,无真皮隧道或纤维化;晚期HS定义:Hurley 3期,存在隧道和瘢痕/纤维化;样本量:早期n=8,晚期n=7;对照:聚合性痤疮和银屑病组织 阅读提示:Materials and Methods第一段;Supplementary Figure S1;Supplementary Table S1 |
| 空间转录组学ROI选取与分组 | ROI总数156个;ROI类型:表皮上皮、真皮上皮、浅表真皮炎症聚集区、深部真皮炎症聚集区;差异表达阈值:FCH > 2 或 FCH < 0.5 且 FDR < 0.05 阅读提示:Figure 1、Figure 2a、Figure 3a、Figure 4;Supplementary Methods中空间转录组实验细节 |
| 单细胞转录组学队列与细胞比例 | 早期HS n=2345,晚期HS n=21,717,银屑病皮损 n=92,697,非皮损 n=37,391,对照 n=15,461;所有单细胞文库由同一研究者使用相同实验方案生成;细胞比例计算仅限免疫细胞 compartment 阅读提示:Figure 5a-c;Supplementary Methods中单细胞转录组实验细节;Supplementary Table S3 |
| 免疫组化与CXCL13验证 | CD3和CD20染色用于鉴定T细胞和B细胞聚集;CXCL13蛋白表达在早期HS的T细胞富集炎症聚集区,晚期HS呈弥漫性、基质相关染色模式;抗体来源和稀释比例:文中未明确说明 阅读提示:Supplementary Figure S2、Supplementary Figure S5;Materials and Methods |
| 配体-受体相互作用分析 | 分析HS中比银屑病更 elevated 的免疫细胞间相互作用;鉴定CXCR5–CXCL13和IL16–CD4; adjusted P < .05 阅读提示:Supplementary Figure S3;Results中单细胞转录组学验证部分 |