鉴定与免疫治疗相关的细胞骨架基因
在单细胞水平筛选与抗PD-1治疗反应相关的细胞骨架相关基因。
对四种消化系统肿瘤(胃癌、结直肠癌、食管鳞癌、肝细胞癌)的抗PD-1治疗队列进行单细胞RNA测序分析,比较应答者与无应答者肿瘤上皮细胞的基因表达,并通过与肌动蛋白细胞骨架相关基因集取交集,鉴定出LASP1和VIM。
LIM and SH3 protein 1 deficiency confers resistance to cytotoxic lymphocyte-mediated lysis and immunotherapy in gastric cancer by disrupting cytoskeleton dynamics
包含体外细胞系敲除/回补、活细胞成像、动物模型及患者样本等多种证据层级,并进行了功能验证和机制验证。
胃癌细胞系(HGC-27、SGC-7901、MFC) 615小鼠皮下及原位移植瘤模型 胃癌患者肿瘤组织样本 外周血单个核细胞(PBMC)
LASP1基因敲除细胞系的构建及验证 PBMC共培养的效应细胞与靶细胞比例(E:T)及时间 抗PD-1抗体和对照IgG的给药剂量及频率 辛伐他汀的给药剂量及方式 免疫突触处肌动蛋白和脂质膜动力学的检测方法
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
在单细胞水平筛选与抗PD-1治疗反应相关的细胞骨架相关基因。
对四种消化系统肿瘤(胃癌、结直肠癌、食管鳞癌、肝细胞癌)的抗PD-1治疗队列进行单细胞RNA测序分析,比较应答者与无应答者肿瘤上皮细胞的基因表达,并通过与肌动蛋白细胞骨架相关基因集取交集,鉴定出LASP1和VIM。
评估胃癌组织中LASP1表达水平与患者生存预后及抗PD-1治疗反应的相关性。
通过免疫组织化学检测多个胃癌队列中LASP1的表达,分析其与总生存期、无进展生存期及免疫治疗反应的关系。
确定LASP1缺乏对肿瘤细胞对细胞毒性淋巴细胞介导裂解敏感性的直接影响。
在HGC-27和SGC-7901细胞中敲除LASP1,并与PBMC共培养检测肿瘤细胞凋亡;通过回补实验验证LASP1功能的特异性。
探究LASP1缺乏是否影响免疫突触形成过程中的细胞骨架动态变化。
利用Lifeact标记的SGC-7901细胞与CD8+ T细胞或NK细胞结合,通过活细胞成像观察肿瘤侧肌动蛋白在免疫突触处的动态重组。
确定LASP1调节细胞骨架动态的功能域及其与Arp2/3复合物的相互作用。
通过免疫共沉淀和免疫荧光实验验证LASP1与Arp2/3复合物的相互作用,并利用结构域缺失突变体(ΔNEB、ΔSH3)确定关键功能域。
研究LASP1介导的细胞骨架重塑是否影响免疫突触处的细胞膜脂质组织。
使用Laurdan染色检测免疫突触处细胞膜的脂质堆积,并通过7-酮胆固醇处理抑制脂质膜重塑,观察对颗粒酶B积累的影响。
验证LASP1缺乏是否导致抗PD-1治疗耐药,并评估辛伐他汀联合治疗的效果。
将LASP1敲除的MFC细胞皮下或原位接种至615小鼠,给予抗PD-1抗体或联合辛伐他汀治疗,监测肿瘤生长并分析肿瘤免疫微环境。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| RPMI-1640培养基 | Gibco | -- | |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| Ficoll-Paque分离液 | Cytiva | -- | |
| X-VIVO 15培养基 | Lonza | -- | |
| 脂质处理 | 7-酮胆固醇 | MCE | HY-113342 |
| 胆固醇 | MCE | HY-N0322 | |
| 甲基-β-环糊精 | MCE | HY-101461 | |
| 转染 | Lipofectamine 2000 | Invitrogen | 11668019 |
| CRISPR-Cas9基因敲除 | pSpCas9(BB)-2A-Puro质粒 | Addgene | #48139 |
| 动物实验 | 抗PD-1抗体 | Bio X Cell | BE0273 |
| 对照IgG | Bio X Cell | BE0089 | |
| 辛伐他汀 | MCE | HY-17502 | |
| 细胞因子检测 | 布雷菲德菌素A | BioLegend | 420601 |
| 颗粒酶B抗体 | BioLegend | 372207 | |
| IFN-γ抗体 | BioLegend | 202527 | |
| Ki-67抗体 | BioLegend | 350513 | |
| 凋亡检测 | Annexin V-APC/7-AAD凋亡检测试剂盒 | Multi Sciences | AT105 |
| 7-AAD | BioLegend | 420404 | |
| 流式细胞术 | CD8抗体 | BioLegend | 301006 |
| PD-1抗体 | BioLegend | 329906 | |
| LAG-3抗体 | BioLegend | 369330 | |
| TIM-3抗体 | eBioscience | 17-3109-42 | |
| CD45抗体 | BioLegend | 103114 | |
| CD107A抗体 | BioLegend | 328607 | |
| CD3抗体 | BioLegend | 300426 | |
| CD56抗体 | BioLegend | 318310 | |
| GZMB抗体 | BioLegend | 372207 | |
| CD69抗体 | BioLegend | 388604 | |
| CD137抗体 | BioLegend | 309810 | |
| 细胞因子检测 | CD8抗体 | BioLegend | 100706 |
| PD-1抗体 | BioLegend | 135206 | |
| TIM-3抗体 | BioLegend | 119706 | |
| LAG-3抗体 | BioLegend | 125240 | |
| Ki-67抗体 | BioLegend | 652405 | |
| 免疫荧光 | 抗CD2抗体 | HUABIO | HA722484 |
| 抗穿孔素-1抗体 | HUABIO | HA723797 | |
| 抗LASP1抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-374059 | |
| 抗ARP2抗体 | HUABIO | HA721348 | |
| Alexa Fluor 488标记山羊抗小鼠IgG | Invitrogen | A-11008 | |
| Alexa Fluor 647标记山羊抗兔IgG | Invitrogen | A-21235 | |
| 鬼笔环肽-Alexa Fluor 568 | Invitrogen | A-12380 | |
| 免疫印迹 | 抗LASP1抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-374059 |
| 抗GAPDH抗体 | CST | 2118 | |
| 抗ARPC2抗体 | Proteintech | 15058-1-AP | |
| 抗ARP2抗体 | HUABIO | HA721348 | |
| 抗ARP3抗体 | HUABIO | ET7107-97 | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | Proteintech | 66009-1-Ig | |
| RIPA裂解液 | -- | -- | |
| 增强化学发光试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 免疫沉淀 | NP40缓冲液 | Beyotime | P0013F |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Sigma-Aldrich | S8830 | |
| 抗HA磁珠 | Thermo Scientific | 88837 | |
| 非还原性上样缓冲液 | Thermo Scientific | 39001 | |
| 细胞分离 | 人CD8+ T细胞分选试剂盒 | BioLegend | 480129 |
| 人NK细胞分选试剂盒 | Invitrogen | 11349D | |
| 细胞标记 | CFDA-SE | MCE | HY-D0938 |
| PKH26 | MCE | HY-D1451 | |
| 杀伤实验 | PKH67 | MCE | HY-D1421 |
| Laurdan染色 | Laurdan染料 | MCE | HY-D0080 |
| 细胞激活 | T细胞激活剂CD3/CD28 | Gibco | 11 161D |
| 单细胞测序 | Chromium | 10x Genomics | -- |
| RNA-seq | 诺禾致源 | Novogene | -- |
| 活细胞成像 | STELLARIS 5 | Leica | -- |
| Axio Observer 5 | Zeiss | -- | |
| 原子力显微镜 | Nanowizard V | JPK-Bruker | -- |
| AFM探针SAA-SPH-5UM | Bruker | -- | |
| 流式细胞术 | FACSCanto II | BD Biosciences | -- |
| Helios | Fluidigm | -- | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| RNAlater | Invitrogen | -- | |
| RNA逆转录 | cDNA合成试剂盒 | TOYOBO | FSQ-101 |
| PCR | QuantiNova SYBR Green PCR试剂盒 | QIAGEN | -- |
| 免疫组织化学 | 多重免疫组化试剂盒 | Panovue | -- |
| 细胞核染色 | DAPI | Sigma-Aldrich | -- |
| CyTOF | 顺铂 | Fluidigm | -- |
| MaxPar固定和透化缓冲液 | Fluidigm | -- | |
| MaxPAR抗体标记试剂盒 | Fluidigm | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 胃癌细胞系(SGC-7901, HGC-27, MFC)的培养条件和培养基 阅读提示:Methods: Cell lines and cell culture |
| 基因敲除和过表达 | CRISPR-Cas9敲除LASP1的guide RNA序列,过表达载体和转染方法 阅读提示:Methods: Knockout and overexpression of LASP1 |
| 体外杀伤实验 | PBMC的活化条件、效应-靶细胞比例(E:T)、共培养时间 阅读提示:Methods: In vitro killing assay |
| 免疫突触分析 | 活细胞成像和荧光染色的具体条件,包括Lifeact标记、Laurdan染色等 阅读提示:Methods: Immunofluorescence and live-cell imaging |
| 动物实验 | 615小鼠的周龄和性别、肿瘤细胞接种数量和途径、抗PD-1抗体和辛伐他汀的剂量及给药方案 阅读提示:Methods: Animal experiments |