KIT表位突变设计和验证
确定能破坏治疗性抗体结合且不影响KIT功能的氨基酸突变。
通过结构分析和诱变筛选,鉴定KIT胞外域中H378、D121和S123等关键残基;构建人-鼠嵌合KIT和突变库,用流式细胞术评估抗体结合和SCF结合能力;在Ba/F3细胞中验证信号传导功能。
Non-genotoxic transplantation and in vivo selection through epitope editing
包含基于细胞系的表位筛选、原代CD34+ HSPCs的碱基/引导编辑、体外功能验证、NBSGW小鼠体内竞争性移植、二级移植及克隆追踪等至少两个独立证据层级。
人动员外周血CD34+造血干/祖细胞 NBSGW小鼠异种移植模型 K562细胞系 镰状细胞病患者来源CD34+造血干/祖细胞
KIT H378R和D121L突变对单克隆抗体结合的破坏效率及对KIT功能影响 BCL11A +58/+55增强子破坏效率及HbF诱导水平 编辑后HSPCs在体内外的富集程度、嵌合水平及谱系分布 体内编辑细胞的克隆多样性和长期重建能力 基因组安全评估,包括脱靶编辑和染色体重排
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定能破坏治疗性抗体结合且不影响KIT功能的氨基酸突变。
通过结构分析和诱变筛选,鉴定KIT胞外域中H378、D121和S123等关键残基;构建人-鼠嵌合KIT和突变库,用流式细胞术评估抗体结合和SCF结合能力;在Ba/F3细胞中验证信号传导功能。
在CD34+ HSPCs中高效引入KIT突变和BCL11A增强子破坏。
使用碱基编辑或引导编辑在CD34+ HSPCs中引入KIT H378R/KITS123P/KITD121L等突变,并破坏BCL11A +58/+55增强子;优化电穿孔条件和培养条件;评估编辑效率和细胞表型。
验证编辑细胞在抗体存在下的增殖、集落形成和对胎儿血红蛋白的诱导。
通过体外培养、CFU分析、红细胞分化及HPLC检测HbF,评估抗体介导的选择性和编辑效果。
验证编辑细胞在体内的富集和功能。
NBSGW小鼠异种移植竞争性实验,将编辑细胞和对照细胞混合后移植,给予不同方案的Fab-79D或SR-1治疗,检测嵌合、编辑效率和克隆多样性。
验证表位编辑能否实现抗体介导的造血替换和长期重建。
进行连续移植实验,先用对照细胞重建,然后给予SR-1预处理并植入编辑细胞,评估嵌合和长期重建;进行二级移植。
评估编辑策略的脱靶和易位风险。
使用rhAmpSeq、CHANGE-seq、UDiTaS和ddPCR等技术分析编辑后细胞的脱靶位点、碱基编辑脱氨和染色体重排。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物实验 | NBSGW小鼠 | Jackson Laboratories | 026622 |
| 细胞培养 | StemSpan SFEMII培养基 | StemCell | 09655 |
| X-VIVO15培养基 | Lonza | 02-060Q | |
| IMDM培养基 | Gibco | 12440061 | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 细胞因子 | 干细胞因子 | Peprotech/CellGenix | 300-07 |
| FLT3配体 | Peprotech | 300-19 | |
| 促血小板生成素 | Peprotech | 300-18 | |
| 白细胞介素-3 | Peprotech | 200-03 | |
| 细胞培养添加剂 | StemRegenin-1 | StemCell | 72344 |
| UM171 | Sellekchem | S7608 | |
| 环孢素H | Sigma | -- | |
| 电穿孔 | Lonza 4D核转染仪 | Lonza | -- |
| 电穿孔缓冲液 | P3溶液 | Lonza | V4XP-3024 |
| 基因编辑试剂 | ABE8e | -- | -- |
| PE7 | -- | -- | |
| pegRNA | IDT | -- | |
| Vpx mRNA | -- | -- | |
| 脱氧核苷补充剂 | -- | -- | |
| 抗体 | Fab-79D | Genescript | -- |
| SR-1 | BioXcell | BE0380 | |
| briquilimab研究类似物 | Genescript | -- | |
| 104D2 | -- | -- | |
| 流式细胞术 | 抗CD34-BV421抗体 | Biolegend | -- |
| 抗CD133-PE抗体 | Biolegend | -- | |
| 抗CD90-APC抗体 | Biolegend | -- | |
| 抗CD45RA-APC-Cy7抗体 | Biolegend | -- | |
| 抗KIT 104D2 BV711抗体 | BD | -- | |
| AnnexinV FITC | Biolegend | 640945 | |
| 7-AAD | Biolegend | 420404 | |
| 计数微球 | Biolegend | 424902 | |
| 细胞分选 | BD FACS Aria分选仪 | BD | -- |
| 抗体标记 | AlexaFluor-488抗体标记试剂盒 | Invitrogen | A20181 |
| AlexaFluor-647抗体标记试剂盒 | Invitrogen | A20186 | |
| 蛋白标记 | 人SCF | Peprotech | 300-07 |
| 分子生物学 | GoTaq G2 DNA聚合酶 | Promega | M7848 |
| HiFi克隆 | NEB | E2621L | |
| HiScribe T7体外转录试剂盒 | NEB | E2040S | |
| CleanCap AG | Trilink | N-7113 | |
| N1-甲基假尿苷 | Trilink | N-1103 | |
| 5-甲氧基尿苷 | Trilink | N-1093 | |
| 细胞分离 | CliniMACS CD34试剂 | Miltenyi | 130-017-501 |
| DNeasy血液和组织试剂盒 | Qiagen | 69504 | |
| 细胞因子 | 促红细胞生成素 | Amgen | 55513-144-10 |
| 抗体 | 抗人KIT抗体 | BioXcell | BE0380 |
| 流式细胞术 | mNeonGreen | -- | -- |
| mTagBFP | -- | -- | |
| 细胞分离 | QuickExtract溶液 | Lucigen | QE0905T |
| 分子生物学 | SV-Wizard PCR纯化试剂盒 | Promega | A9282 |
| sparQ PureMag磁珠 | QuantaBio | 95196-060 | |
| 细胞因子 | 白细胞介素-3 | Peprotech | 200-03 |
| 细胞培养添加剂 | StemRegenin-1 | StemCell | 72344 |
| 流式细胞术 | 抗CD34-BV421抗体 | Biolegend | -- |
| 造血分化 | Methocult H4034甲基纤维素培养基 | StemCell | 04034 |
| 血红蛋白分析 | 溶血试剂 | Helena Laboratories | 5125 |
| D-10血红蛋白分析仪 | Bio-Rad | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| HSPC编辑 | CD34+ HSPCs的来源(供体或患者)和冻存/复苏条件;电穿孔试剂、mRNA量和脉冲方案;sgRNA/pegRNA序列和浓度;培养和编辑后处理条件。 阅读提示:Methods部分:'CD34+ base editing and prime editing';补充信息:Extended Data Fig. 4 |
| 体外抗体选择 | 细胞密度,培养时间(3或7天),SCF浓度,抗体浓度梯度,分析时使用的流式标记和存活染料。 阅读提示:Methods部分:'In vitro antibody-mediated selection assays';图1l图例 |
| 动物体内选择实验 | NBSGW小鼠周龄和性别;移植细胞数量和途径;抗体的给药剂量、方案和给药方式(IV或IP);评估时间点。 阅读提示:Methods部分:'In vivo xeno-transplantation experiments';图2c和图3p图例 |
| 红细胞分化和HbF检测 | 红细胞分化培养基的组成和细胞因子补充方案;HPLC仪器和溶血试剂。 阅读提示:Methods部分:'In vitro erythroid differentiation'和'Haemoglobin HPLC' |
| 克隆性分析 | 条形码文库设计细节(PCR引物、UMI、barcode序列);测序平台和读取长度;生物信息学分析参数(DBSCAN聚类距离阈值等)。 阅读提示:Methods部分:'Barcode-based clonal tracking of edited HSPCs' |