通过表位编辑实现非基因毒性移植和体内选择

Non-genotoxic transplantation and in vivo selection through epitope editing

作者信息Gabriele Casirati, Andrea Cosentino, Marta Freschi, Jing Zeng, Adele Mucci, Sébastien Levesque, Nola Neri, Enrico Drago, Viola Carzaniga, Francesco Romano, Varun Katta, Azusa Matsubara, Yichao Li, Mohammed S Mahmoud, Moisés Chávez-Navarro, Christian Brendel, John P Manis, Shengdar Tsai, Danilo Pellin, Daniel Bauer, Pietro Genovese
PMID42420446
期刊Nature
发布时间2026-09
DOI10.1038/s41586-026-10737-8

实验完整度

包含基于细胞系的表位筛选、原代CD34+ HSPCs的碱基/引导编辑、体外功能验证、NBSGW小鼠体内竞争性移植、二级移植及克隆追踪等至少两个独立证据层级。

主要模型

人动员外周血CD34+造血干/祖细胞 NBSGW小鼠异种移植模型 K562细胞系 镰状细胞病患者来源CD34+造血干/祖细胞

重点核对

KIT H378R和D121L突变对单克隆抗体结合的破坏效率及对KIT功能影响 BCL11A +58/+55增强子破坏效率及HbF诱导水平 编辑后HSPCs在体内外的富集程度、嵌合水平及谱系分布 体内编辑细胞的克隆多样性和长期重建能力 基因组安全评估,包括脱靶编辑和染色体重排

摘要

基因毒性预处理方案的短期和长期影响仍然是造血干/祖细胞移植和基因治疗更广泛应用的主要障碍。尽管靶向KIT的单克隆抗体已被提议作为化疗或放疗的替代方案,但其药代动力学因存在清除移植造血干/祖细胞的风险而阻碍了临床应用。为解决这一问题,我们鉴定出KIT胞外域中的氨基酸改变,这些改变可破坏两种治疗性单克隆抗体的结合,且不影响干细胞因子介导的信号传导、KIT表达或功能。我们利用腺嘌呤碱基编辑或引导编辑高效地在造血干/祖细胞中引入这些突变,并结合破坏BCL11A红系增强子以促进胎儿血红蛋白表达,这是治疗多种血红蛋白病的策略。该策略能够在体内共选择基因工程细胞,达到为镰状细胞病和β-地中海贫血患者提供治疗益处所需的阈值。我们在体外和体内均显示,在KIT单克隆抗体的选择压力下,KIT和BCL11A多重编辑的造血作用会进行性富集。我们报道,延长抗KIT方案的治疗可在避免克隆选择的情况下实现更好的体内富集,并通过慢病毒条形码文库进行了评估。最终,通过克服单克隆抗体药代动力学的限制,表位编辑使新型造血替代方案成为可能,该方案不受靶向移植物清除的限制,允许在无化疗放疗或无单克隆抗体清除的情况下,延长基于免疫的预处理以最大化造血龛清除。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
如何实现非基因毒性的造血干/祖细胞移植,并支持基因编辑细胞在体内的选择性富集?
核心机制
通过碱基编辑或引导编辑在KIT胞外域引入突变,破坏治疗性单克隆抗体的结合,同时不影响KIT功能,使编辑后的HSPCs在抗KIT单克隆抗体存在下获得选择性优势,从而在体内富集并支持移植;同时联合破坏BCL11A红系增强子,诱导胎儿血红蛋白表达。
主要证据
在NBSGW小鼠中进行竞争性移植,使用条形码慢病毒文库追踪克隆动态,显示编辑细胞在Fab-79D或SR-1抗体作用下进行性富集,且保留了克隆多样性和长期重建能力;二级移植和镰状细胞病患者细胞实验进一步验证了功能。
研究意义
提出一种可扩展的非基因毒性预处理平台,有望替代传统放化疗预处理,提高基因和细胞治疗的安全性和可及性。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

KIT表位突变设计和验证

确定能破坏治疗性抗体结合且不影响KIT功能的氨基酸突变。

通过结构分析和诱变筛选,鉴定KIT胞外域中H378、D121和S123等关键残基;构建人-鼠嵌合KIT和突变库,用流式细胞术评估抗体结合和SCF结合能力;在Ba/F3细胞中验证信号传导功能。

2

原代HSPCs的多重基因编辑

在CD34+ HSPCs中高效引入KIT突变和BCL11A增强子破坏。

使用碱基编辑或引导编辑在CD34+ HSPCs中引入KIT H378R/KITS123P/KITD121L等突变,并破坏BCL11A +58/+55增强子;优化电穿孔条件和培养条件;评估编辑效率和细胞表型。

3

体外功能性验证

验证编辑细胞在抗体存在下的增殖、集落形成和对胎儿血红蛋白的诱导。

通过体外培养、CFU分析、红细胞分化及HPLC检测HbF,评估抗体介导的选择性和编辑效果。

4

体内竞争移植和选择实验

验证编辑细胞在体内的富集和功能。

NBSGW小鼠异种移植竞争性实验,将编辑细胞和对照细胞混合后移植,给予不同方案的Fab-79D或SR-1治疗,检测嵌合、编辑效率和克隆多样性。

5

移植替代和长期重建评估

验证表位编辑能否实现抗体介导的造血替换和长期重建。

进行连续移植实验,先用对照细胞重建,然后给予SR-1预处理并植入编辑细胞,评估嵌合和长期重建;进行二级移植。

6

基因组安全性分析

评估编辑策略的脱靶和易位风险。

使用rhAmpSeq、CHANGE-seq、UDiTaS和ddPCR等技术分析编辑后细胞的脱靶位点、碱基编辑脱氨和染色体重排。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
NBSGW小鼠Jackson Laboratories026622
StemSpan SFEMII培养基StemCell09655
X-VIVO15培养基Lonza02-060Q
IMDM培养基Gibco12440061
胎牛血清----
干细胞因子Peprotech/CellGenix300-07
FLT3配体Peprotech300-19
促血小板生成素Peprotech300-18
白细胞介素-3Peprotech200-03
StemRegenin-1StemCell72344
UM171SellekchemS7608
环孢素HSigma--
Lonza 4D核转染仪Lonza--
P3溶液LonzaV4XP-3024
ABE8e----
PE7----
pegRNAIDT--
Vpx mRNA----
脱氧核苷补充剂----
Fab-79DGenescript--
SR-1BioXcellBE0380
briquilimab研究类似物Genescript--
104D2----
抗CD34-BV421抗体Biolegend--
抗CD133-PE抗体Biolegend--
抗CD90-APC抗体Biolegend--
抗CD45RA-APC-Cy7抗体Biolegend--
抗KIT 104D2 BV711抗体BD--
AnnexinV FITCBiolegend640945
7-AADBiolegend420404
计数微球Biolegend424902
BD FACS Aria分选仪BD--
AlexaFluor-488抗体标记试剂盒InvitrogenA20181
AlexaFluor-647抗体标记试剂盒InvitrogenA20186
人SCFPeprotech300-07
GoTaq G2 DNA聚合酶PromegaM7848
HiFi克隆NEBE2621L
HiScribe T7体外转录试剂盒NEBE2040S
CleanCap AGTrilinkN-7113
N1-甲基假尿苷TrilinkN-1103
5-甲氧基尿苷TrilinkN-1093
CliniMACS CD34试剂Miltenyi130-017-501
DNeasy血液和组织试剂盒Qiagen69504
促红细胞生成素Amgen55513-144-10
抗人KIT抗体BioXcellBE0380
mNeonGreen----
mTagBFP----
QuickExtract溶液LucigenQE0905T
SV-Wizard PCR纯化试剂盒PromegaA9282
sparQ PureMag磁珠QuantaBio95196-060
白细胞介素-3Peprotech200-03
StemRegenin-1StemCell72344
抗CD34-BV421抗体Biolegend--
Methocult H4034甲基纤维素培养基StemCell04034
溶血试剂Helena Laboratories5125
D-10血红蛋白分析仪Bio-Rad--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
HSPC编辑
CD34+ HSPCs的来源(供体或患者)和冻存/复苏条件;电穿孔试剂、mRNA量和脉冲方案;sgRNA/pegRNA序列和浓度;培养和编辑后处理条件。
阅读提示:Methods部分:'CD34+ base editing and prime editing';补充信息:Extended Data Fig. 4
体外抗体选择
细胞密度,培养时间(3或7天),SCF浓度,抗体浓度梯度,分析时使用的流式标记和存活染料。
阅读提示:Methods部分:'In vitro antibody-mediated selection assays';图1l图例
动物体内选择实验
NBSGW小鼠周龄和性别;移植细胞数量和途径;抗体的给药剂量、方案和给药方式(IV或IP);评估时间点。
阅读提示:Methods部分:'In vivo xeno-transplantation experiments';图2c和图3p图例
红细胞分化和HbF检测
红细胞分化培养基的组成和细胞因子补充方案;HPLC仪器和溶血试剂。
阅读提示:Methods部分:'In vitro erythroid differentiation'和'Haemoglobin HPLC'
克隆性分析
条形码文库设计细节(PCR引物、UMI、barcode序列);测序平台和读取长度;生物信息学分析参数(DBSCAN聚类距离阈值等)。
阅读提示:Methods部分:'Barcode-based clonal tracking of edited HSPCs'