类器官模型药物敏感性测试
评估KRAS抑制剂对KRAS突变AA类器官的疗效。
从PDX模型衍生的AA类器官(AAPDO-01和AAPDO-16)暴露于不同浓度的MRTX1133和RMC-6236,使用Incucyte监测生长,并计算IC50。
KRAS inhibition is an effective therapy for appendiceal adenocarcinoma
研究包含类器官药物筛选、PDX模型验证(MRI、IHC、生存分析)、多组学分析(RNA-seq、RPPA、scRNA-seq)及患者临床队列,功能验证和机制验证明确。
KRAS突变阑尾腺癌类器官(AAPDO-01、AAPDO-16) 阑尾腺癌腹膜癌病PDX模型(AAPDX-01、AAPDX-16) 15例接受KRAS抑制剂治疗的阑尾腺癌患者队列
类器官模型:AAPDO-01 (KRASG12D) 和 AAPDO-16 (KRASG12V) 对药物敏感性验证 PDX模型:KRASG12D模型TM00351和KRASG12V模型AAPDX-16的肿瘤生长抑制 药物剂量:MRTX1133为15 mg/kg,腹腔注射,每日两次;RMC-6236为20 mg/kg,腹腔注射,每日一次 患者基因型:15例患者中包含KRAS G12D (n=8)、G12C (n=5)、G12V (n=2) 评价标准:mpRECIST和GCIG复合反应评分
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估KRAS抑制剂对KRAS突变AA类器官的疗效。
从PDX模型衍生的AA类器官(AAPDO-01和AAPDO-16)暴露于不同浓度的MRTX1133和RMC-6236,使用Incucyte监测生长,并计算IC50。
验证KRAS抑制剂对AA腹膜癌病PDX模型的肿瘤生长抑制作用。
将KRAS突变AA肿瘤植入NSG小鼠腹腔,建立腹膜癌病PDX模型,然后给予MRTX1133或RMC-6236治疗,通过MRI和mpRECIST评估肿瘤体积变化,并进行生存分析。
评估KRAS抑制对肿瘤细胞增殖、凋亡和信号通路蛋白的影响。
对PDX肿瘤组织进行H&E和IHC染色,检测Ki-67、cleaved caspase-3、pERK、Vimentin、CDX2等标志物,并量化H-score。
阐明KRAS抑制的分子机制和耐药相关通路。
对PDX肿瘤组织进行bulk RNA-seq和RPPA分析,鉴定差异表达基因、通路富集及蛋白表达变化。
解析KRAS抑制后肿瘤细胞和微环境中不同细胞类型的转录变化。
对治疗1周后的PDX肿瘤进行scRNA-seq,分析肿瘤细胞和基质细胞亚群的变化。
评估KRAS抑制剂对阑尾腺癌患者的疗效。
回顾性分析15例接受KRAS抑制剂治疗的AA患者,通过影像学(RECIST 1.1)和血清肿瘤标志物评估反应。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 类器官培养 | 基质胶 | Corning | -- |
| IntestiCult™类器官生长培养基 | STEMCELL Technologies | -- | |
| TrypLE Express | Gibco | -- | |
| 药物处理 | MRTX1133 | -- | -- |
| RMC-6236 | Selleck Chemicals | -- | |
| 类器官培养 | 胶原酶II | Sigma-Aldrich | -- |
| 分散酶II | Sigma-Aldrich | -- | |
| gentleMACS™ Octo Dissociator带加热器 | Miltenyi Biotec | -- | |
| 免疫组化 | 抗Ki-67抗体 | Abcam | Cat# 16667 |
| 抗裂解的caspase 3抗体 | Biocare Medical | CP229 a, b, c | |
| 抗磷酸化p44/42 MAPK (Erk1/2) (Thr202/Tyr204)抗体 | Cell Signaling | Cat# 4370 | |
| 抗CDX2抗体 | Abcam | Cat# ab76541 | |
| 抗KU80抗体 | Cell Signaling | Cat# 2180 | |
| 抗波形蛋白抗体 | Cell Signaling | Cat# 5741 | |
| 细胞培养 | 胎牛血清 | HyClone | -- |
| 青霉素和链霉素 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 样本制备 | 红细胞裂解液 | Roche | -- |
| 药物处理 | Captisol | -- | -- |
| 二甲基亚砜 | -- | -- | |
| 聚乙二醇300 | -- | -- | |
| 吐温80 | -- | -- | |
| 肿瘤成像 | 7T小动物磁共振成像系统 | Bruker Biospin MRI | -- |
| 类器官监控 | Incucyte SX5活细胞成像系统 | Sartorius | -- |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 类器官药物敏感性 | 类器官的KRAS突变状态(G12D vs G12V) 阅读提示:参见Figure 2和Materials and methods中的'Organoid culture'部分 |
| PDX模型建立 | 肿瘤来源、植入细胞数量、小鼠品系 阅读提示:参见Materials and methods中的'PDX model generation'部分 |
| 药物处理 | 给药剂量:MRTX1133为15 mg/kg,RMC-6236为20 mg/kg 阅读提示:参见Materials and methods中的'Drug treatment'部分 |
| 疗效评估 | 治疗时间:MRTX1133治疗4周,RMC-6236治疗周期;样本量:每组n=8或n=7 阅读提示:参见Figure 3图注及Results部分 |
| 转录组分析 | RNA-seq样本量(每组n=3),基因集分析参数 阅读提示:参见Materials and methods中的'Bulk RNA sequencing'部分及图例 |