整合患者BALF scRNA-seq数据分析免疫细胞组成
鉴定CIP患者与对照组BALF中差异免疫细胞亚群。
整合2个scRNA-seq数据集共174,886个BALF细胞,进行聚类和差异分析,发现CD8+T和CCR2+CXCL9/10+巨噬细胞扩增,AM减少。
Recruited Monocyte-Derived Macrophages Drive T Cell Inflammation in Immune Checkpoint Inhibitor-Mediated Pneumonitis
整合临床BALF单细胞测序、前瞻性队列流式验证及Foxp3-DTR-GFP小鼠模型,结合体内药理干预,多层次验证功能与机制。
CIP患者支气管肺泡灌洗液(BALF)样本队列 Foxp3-DTR-GFP小鼠抗PD-1诱导肺炎模型 LLC1-Luc及B16-F10-Luc荷瘤小鼠
CIP+患者BALF中CD8+T细胞和CCR2+MoMΦ的扩增 Foxp3-DTR-GFP小鼠模型中DT+anti-PD-1诱导的肺部炎症特征 CCR2+MoMΦ通过CXCL9/10-CXCR3轴招募CD8+T细胞的体外Transwell实验 IFN-γ刺激BMDMs中STAT1信号通路对CXCL9/10表达的调控 CVC或AMG487治疗后肺炎严重程度及免疫细胞亚群的变化
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定CIP患者与对照组BALF中差异免疫细胞亚群。
整合2个scRNA-seq数据集共174,886个BALF细胞,进行聚类和差异分析,发现CD8+T和CCR2+CXCL9/10+巨噬细胞扩增,AM减少。
在独立队列中验证scRNA-seq发现的CD8+T和CCR2+MoMΦ扩增。
采用流式细胞术检测BALF中CD4/CD8 T细胞和单核/巨噬细胞亚群。
诱导并验证小鼠模型中的肺炎表型及免疫细胞变化。
荷瘤小鼠经DT+anti-PD-1处理,通过micro-CT、组织病理学、scRNA-seq和流式细胞术分析肺部炎症和免疫细胞。
明确CCR2+MoMΦ的转录特征及其分化轨迹。
对人和小鼠单核/巨噬细胞进行差异基因、GO/KEGG富集及Palantir轨迹分析,验证CCR2+MoMΦ的促炎和IFN-γ响应特征。
验证IFN-γ通过STAT1通路诱导MoMΦ表达CXCL9/10。
用IFN-γ刺激BMDMs,并用ruxolitinib或siRNA抑制STAT1,检测Cxcl9/10的mRNA和蛋白水平。
验证CCR2+MoMΦ通过CXCL9/10-CXCR3轴招募CD8+T细胞。
将来自DT+anti-PD-1小鼠的肺T细胞置于上室,腹腔巨噬细胞置于下室,通过阻断CXCR3或CXCL9/10及补充重组蛋白,检测CD8+T迁移。
评估抑制CCR2/CCR5或CXCR3对CIP的治疗效果。
在DT+anti-PD-1处理前3天起每日腹腔注射CVC或AMG487,持续28天,评估生存率、肺炎严重程度及免疫细胞变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM(杜氏改良Eagle培养基) | Gibco, Thermo Fisher Scientific | -- |
| 胎牛血清 | Gibco, Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco, Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 细胞转染/慢病毒包装 | 聚乙烯亚胺 | Sigma-Aldrich | #246743 |
| 细胞筛选 | 嘌呤霉素 | Sigma-Aldrich | P8833 |
| 动物模型 | Foxp3-DTR-GFP小鼠 | Shanghai Model Organisms | -- |
| Ccr2-CreER小鼠 | -- | -- | |
| Rosa26-tdTomato报告小鼠 | Shanghai Model Organisms | -- | |
| CIP诱导 | 白喉毒素 | Sigma-Aldrich | D0564 |
| 抗PD-1抗体(RMP1-14) | Bio X Cell | BE0146 | |
| 对照IgG2a(2A3) | -- | -- | |
| 肺组织消化 | 胶原酶IV | Sigma-Aldrich | C5138 |
| 脱氧核糖核酸酶I | Vazyme | EN401 | |
| 红细胞裂解 | 红细胞裂解液 | BioLegend | #420302 |
| 细胞染色 | 细胞染色缓冲液 | BioLegend | #420201 |
| 7-AAD活力染料 | BioLegend | #420403 | |
| 单细胞测序 | Chromium单细胞V(D)J 5'试剂盒v2 | 10x Genomics | -- |
| 活体成像 | PerkinElmer Quantum GX系统 | PerkinElmer | -- |
| 生物发光成像 | D-荧光素 | Thermo Fisher Scientific | L2916 |
| IVIS Spectrum系统 | PerkinElmer | -- | |
| 蛋白定量 | BCA蛋白检测试剂盒 | Cell Signaling Technology | 7780S |
| 流式细胞术 | Zombie UV可固定活力染料 | BioLegend | #423108 |
| 多重免疫荧光 | Opal系统 | PerkinElmer | -- |
| DAPI | -- | -- | |
| 多重免疫荧光 - 抗体 | 抗CCR2抗体 | Thermo Scientific | MA5-41175 |
| 抗CXCL9抗体 | Thermo Scientific | #701117 | |
| 抗CXCL10抗体 | R&D Systems | MAB4661 | |
| 抗CD8α抗体 | Abcam | ab217344 | |
| BMDM刺激/培养 | 巨噬细胞集落刺激因子 | -- | -- |
| BMDM刺激 | 干扰素-γ | BioLegend | #575306 |
| 鲁索替尼 | MedChemExpress | INCB18424 | |
| BMDM敲低 | Stat1小于扰RNA | Thermo Scientific | AM16708 |
| 对照siRNA | Thermo Scientific | AM4611 | |
| 转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Thermo Scientific | L3000015 |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解液 | -- | -- |
| 蛋白质印迹 - 抗体 | 抗STAT1抗体 | Cell Signaling Technology | #9172 |
| 抗磷酸化STAT1抗体 | Cell Signaling Technology | #9167 | |
| 抗CXCL9抗体 | -- | -- | |
| 抗CXCL10抗体 | Cell Signaling Technology | #42912 | |
| 蛋白质印迹 - 内参 | 抗β-肌动蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | #4970 |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| cDNA合成 | 第一链cDNA合成试剂盒 | Thermo Scientific | K1612 |
| qPCR | SYBR Green通用预混液 | Applied Biosystems | #4309155 |
| ELISA | 人干扰素-γ ELISA试剂盒 | Thermo Scientific | KHC4021 |
| 流式抗体(表S4未列出具体名称) | 流式抗体 | -- | -- |
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | -- | -- |
| 细胞培养添加剂 | HEPES | -- | -- |
| β-巯基乙醇 | -- | -- | |
| 重组白细胞介素-2 | -- | -- | |
| Transwell实验 - CXCR3阻断 | 抗CXCR3抗体 | Bio X Cell | -- |
| 同型IgG对照 | Bio X Cell | -- | |
| Transwell实验 - 趋化因子阻断 | 抗CXCL9抗体 | R&D Systems | AF492-SP |
| 抗CXCL10抗体 | R&D Systems | AF466-SP | |
| Transwell实验 - 重组趋化因子补充 | 重组鼠源CXCL9 | Thermo Scientific | #250-18-20UG |
| 重组鼠源CXCL10 | Thermo Scientific | #250-16-25UG | |
| 药理干预 | Cenicriviroc(CCR2/CCR5拮抗剂) | Cayman Chemical | -- |
| RS102895 | Cayman Chemical | -- | |
| 马拉维罗 | Cayman Chemical | -- | |
| AMG487 | Cayman Chemical | -- | |
| 蛋白质印迹 - 二抗 | 辣根过氧化物酶标记的抗兔IgG二抗 | -- | -- |
| 蛋白质印迹检测 | 增强化学发光底物 | -- | -- |
| 统计分析 | GraphPad Prism | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者队列与BALF收集 | CIP诊断标准、BALF收集时机(开始皮质类固醇治疗前) 阅读提示:Materials and Methods: Patient cohort, CIP diagnosis, and BALF collection |
| 小鼠CIP模型 | 小鼠品系(Foxp3-DTR-GFP)、肿瘤细胞系(LLC1-Luc/B16-F10-Luc)、接种细胞数(8x10^5)、DT剂量(300ng)、anti-PD-1剂量(250μg/mouse)、给药方案(DT三剂,间隔两天,anti-PD-1五剂,间隔两天) 阅读提示:Materials and Methods: Mouse model、Experimental tumor models and CIP induction; Figure 2A |
| 肺组织单细胞制备 | 消化酶(胶原酶IV、DNase I)浓度、消化时间(20 min) 阅读提示:Materials and Methods: Single-cell suspension preparation of mouse lung tissue |
| 流式细胞术分析 | 抗体克隆及稀释度(见表S4) 阅读提示:Materials and Methods: Flow cytometry staining; Table S4 |
| Transwell迁移实验 | T细胞激活条件(anti-CD3/anti-CD28浓度)、迁移时间(2h)、阻断抗体浓度及处理时间 阅读提示:Materials and Methods: In vitro Transwell system for CXCR3, CXCL9, and CXCL10 blockade |