单细胞转录组分析揭示NK/ILC异质性
定义腹水中NK和ILC亚群的转录状态
对卵巢癌腹水和健康供体外周血分离的NK细胞进行scRNA-seq,鉴定8个亚群以及ILC1/ILC2,并通过轨迹分析评估分化状态。
Ascites reprograms innate lymphoid immune cells in ovarian cancer by promoting ILC2 enrichment and dysfunctional NK-cell states
包含单细胞RNA测序、流式细胞术、功能性NK细胞检测、蛋白质组学和临床样本分析等多层级验证,明确机制和功能验证。
卵巢癌腹水来源的NK/ILC细胞 健康供体外周血NK细胞
scRNA-seq样本:卵巢癌腹水(n=6)和健康供体外周血(n=3) NK细胞体外培养:健康供者NK细胞暴露于25%腹水(5例患者混合) TGF-β抑制剂:SB-431542 10μM NK细胞杀伤实验:效应细胞与OVCAR-4靶细胞比例100:1 ILC2临床分层:PFS≤12个月(n=8)对比PFS≥24个月(n=8)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
定义腹水中NK和ILC亚群的转录状态
对卵巢癌腹水和健康供体外周血分离的NK细胞进行scRNA-seq,鉴定8个亚群以及ILC1/ILC2,并通过轨迹分析评估分化状态。
在蛋白水平验证转录组发现的NK和ILC亚群差异
使用流式细胞术检测NK细胞表面受体和ILC亚群频率。
测试腹水是否能诱导健康NK细胞的功能障碍
将健康供者NK细胞与腹水共培养,测定脱颗粒、细胞毒性、受体表达,并测试阻断NKp30或DNAM-1的影响。
检验TGF-β是否介导腹水诱导的NK细胞抑制
在腹水培养中加入TGF-β抑制剂,评估受体表达和脱颗粒的恢复。
鉴定腹水中与免疫抑制和ILC2积累相关的可溶性因子
使用SOMAscan对腹水和匹配血浆进行蛋白质组学分析,比较关键细胞因子和免疫调节因子水平。
评估ILC2频率和PD-1表达与患者无进展生存期的关系
根据PFS分层患者,比较总ILC和ILC2频率及PD-1表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 单细胞测序 | BD Rhapsody单细胞分析系统 | Becton Dickinson | -- |
| 细胞捕获磁珠 | Becton Dickinson | 664887 | |
| 钙黄绿素AM | Thermo Fisher Scientific | C1430 | |
| Draq7 | -- | 564904 | |
| BD人类单细胞样本多重标记试剂盒 | Becton Dickinson | 633781 | |
| NK细胞分离 | NK细胞分离试剂盒 | Miltenyi Biotec | -- |
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | -- | -- |
| 谷氨酰胺补充剂I | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 细胞因子刺激 | 重组人IL-2 | PeproTech | 200-02-50 |
| 重组人IL-15 | PeproTech | 200-15-10 | |
| RNA提取与逆转录 | NucleoSpin RNA提取试剂盒 | Macherey-Nagel | -- |
| RevertAid第一链cDNA合成试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 抑制剂处理 | SB-431542 | Cayman Chemical/Biomol | 10 µM |
| 流式抗体 | 抗NKp30阻断抗体 | BioLegend | 325204 |
| 抗DNAM-1阻断抗体 | Miltenyi Biotec | 130-092-479 | |
| 细胞标记 | 细胞示踪染料紫BMQC | Invitrogen | -- |
| 凋亡检测 | 7-AAD | -- | -- |
| 脱颗粒检测 | 抗CD107a-PE抗体 | -- | -- |
| 蛋白质组学 | SOMAscan检测 | SomaLogic | -- |
| 流式细胞术 | FACSCanto II流式细胞仪 | BD Biosciences | -- |
| FACSCelesta流式细胞仪 | BD Biosciences | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 单细胞RNA测序 | 样本来源、数量、捕获细胞数、测序平台、分析软件及参数 阅读提示:Methods:Single-cell sequencing and library preparation;Bioinformatic analysis |
| 流式细胞术 | 抗体克隆号、染色条件、仪器设置、样本量 阅读提示:Methods:Flow cytometric characterization;Figure legends |
| NK细胞功能实验 | 腹水浓度、培养时间、效应细胞与靶细胞比例、阻断抗体浓度 阅读提示:Methods:NK cell culturing with ascites or medium;Results;Figure 5 legend |
| TGF-β抑制实验 | 抑制剂浓度、处理时间、培养条件、检测指标 阅读提示:Results:Ovarian cancer ascites promotes type 2...;Figure 6 legend |
| 临床关联分析 | 患者队列、PFS分组标准、样本量 阅读提示:Methods:Flow cytometric characterization;Results;Figure 6 legend |