建立机械敏感磷酸化蛋白质组图谱
鉴定基质硬度依赖的磷酸化位点和信号通路。
将CCL-151细胞和原代人肺成纤维细胞(pHLFs)在纤维连接蛋白包被的PDMS底物(不同硬度)上培养120分钟,并进行定量磷酸化蛋白质组学分析。
Mechanosensitive phosphorylation of NFATC4 at S213/S217 drives fibroblast-to-myofibroblast transition and fibrosis
包含磷酸化蛋白质组学、细胞功能实验(siRNA敲低)、位点特异性磷酸化突变体功能验证以及人肺组织与多队列单细胞数据的整合分析,多层级证据支持。
CCL-151人肺成纤维细胞系 原代人肺成纤维细胞(pHLFs) IPF患者来源的成纤维细胞(MLT-018) 微CT分期IPF患者肺组织
基质刚度范围:0.5, 2, 8, 16, 32 kPa的纤维连接蛋白包被PDMS底物 细胞处理时间:120分钟(磷酸化蛋白质组学)或96小时(侵袭实验) 药物处理:TGFB(1或5 ng/mL)、FK-506、环孢素A、JNK抑制剂VIII 关键突变:NFATC4 S213D/S217D(磷酸化模拟)和S213A/S217A(磷酸化缺陷) NFATC4敲低效率:siRNA介导的敲低>70%持续2-3天
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定基质硬度依赖的磷酸化位点和信号通路。
将CCL-151细胞和原代人肺成纤维细胞(pHLFs)在纤维连接蛋白包被的PDMS底物(不同硬度)上培养120分钟,并进行定量磷酸化蛋白质组学分析。
验证磷酸化蛋白质组学预测的转录因子(包括NFATC4)在纤维化中的活性。
利用多队列IPF scRNA-seq数据进行pySCENIC调控子分析,评估NFATC4等转录因子的活性,并分析其靶基因。
评估NFATC4在IPF患者肺组织中的表达及其与疾病严重程度的关系。
对健康供体和IPF患者(轻度IPF1、中度IPF2、重度IPF3)的肺组织切片进行免疫荧光染色,检测NFATC4、CTHRC1和ACTA2的表达和共定位。
确定NFATC4在成纤维细胞激活中的功能必要性。
使用siRNA敲低NFATC4,检测肌成纤维细胞标志物表达、胶原凝胶收缩、细胞侵袭能力及细胞骨架形态。
验证NFATC4 S213/S217磷酸化对成纤维细胞向肌成纤维细胞转化的充分性和必要性。
过表达野生型、磷酸化模拟(S213D/S217D)和磷酸化缺陷(S213A/S217A)的NFATC4,在不同硬度基质和TGFB存在与否下检测肌成纤维细胞标志物表达。
确认JNK和钙调磷酸酶信号是NFATC4磷酸化开关的上游。
使用JNK抑制剂VIII、FK-506和环孢素A处理细胞,检测肌成纤维细胞标志物表达和NFATC4的核转位。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM/F-12培养基 | Thermo Fisher Scientific | 31330038 |
| 胎牛血清 | Sigma-Aldrich | S0615-500ML | |
| 青霉素/链霉素 | Thermo Fisher Scientific | 15140122 | |
| 磷酸化蛋白质组学 | 纤连蛋白 | Sigma-Aldrich | F1141-1MG |
| Titansphere TiO2 微珠 | GL Sciences | 5010-21315 | |
| 质谱分析 | Q Exactive Orbitrap 质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 蛋白质印迹 | GAPDH抗体 | Cell Signaling Technology | 5174S |
| CK IIα抗体 | Abcam | ab70774 | |
| 磷酸化CK2底物抗体 | Cell Signaling Technology | 8738 | |
| 磷酸化MLC2 Thr18/Ser19抗体 | Cell Signaling Technology | 3674 | |
| 磷酸化FOXO3a S7抗体 | Cell Signaling Technology | 14724S | |
| 磷酸化Paxillin S126抗体 | Life Technologies | 441022G | |
| 磷酸化CBX3 Ser93抗体 | Cell Signaling Technology | 2600 | |
| 抗兔IgG-HRP二抗 | Cell Signaling Technology | 7074 | |
| 抗小鼠IgG-HRP二抗 | Cell Signaling Technology | 7074 | |
| RNA干扰 | Lipofectamine RNAiMAX转染试剂 | Invitrogen | 13778100 |
| Opti-MEM培养基 | Thermo Fisher Scientific | 31985062 | |
| RT-qPCR | Quick-RNA 微量提取试剂盒 | Zymo | R1050 |
| GoScript逆转录酶 | Promega | A5000 | |
| GoTaq PCR预混液 | Promega | A6001 | |
| 免疫荧光 | DAPI核染色剂 | -- | -- |
| AF647标记鬼笔环肽 | Thermo Fisher Scientific | A22287 | |
| 桩蛋白抗体 | BD Biosciences | 610051 | |
| 胶原侵袭实验 | 鼠尾I型胶原 | Thermo Fisher Scientific | A1048301 |
| 细胞培养 | CytoSoft 6孔板 | Advanced BioMatrix | -- |
| 磷酸化蛋白质组学 | Bioruptor超声破碎仪 | Diagenode | -- |
| C18色谱柱 | Dr. Maisch | -- | |
| EASY-nLC 1000纳升液相色谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| SpeedVac浓缩仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 免疫荧光 | Zeiss LSM 710共聚焦显微镜 | Zeiss | -- |
| AXIO荧光显微镜 | Zeiss | -- | |
| ECM沉积 | CellCarrier 384孔板 | PerkinElmer | 6007550 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 磷酸化蛋白质组学(细胞培养) | CCL-151和pHLF细胞的代数;纤维连接蛋白包被浓度(10 μg/mL);PDMS底物硬度(0.5 kPa至32 kPa)及培养时间(120分钟);细胞接种密度(50万个/孔);重复数(文中未明确说明) 阅读提示:Methods: Phosphoproteome sample preparation |
| NFATC4敲低实验 | siRNA序列(s9484+s9483)和浓度(未明确说明);转染试剂Lipofectamine RNAiMAX用量;敲低效率验证(>70%下调持续2-3天);实验时间点(未明确说明) 阅读提示:Methods: RNAi and Figure 5 |
| NFATC4突变体过表达实验 | 质粒构建(WT, S213D/S217D, S213A/S217A);转染方法(未明确说明);转染后培养时间(未明确说明);基质硬度(0.5 kPa和32 kPa);TGFB浓度(5 ng/mL) 阅读提示:Methods: Plasmid generation and Figure 7 |
| 抑制剂处理 | JNK抑制剂VIII的浓度(未明确说明);FK-506和CsA的处理参数(未明确说明);TGFB浓度(5 ng/mL)及处理时间(未明确说明) 阅读提示:Methods: Cell culture and Figure 8; 补充图14 |
| ECM沉积实验 | 细胞接种密度(6000个/孔);siRNA处理时间(过夜);血清饥饿时间(24小时);TGFB浓度(1 ng/mL)和处理时间(3天) 阅读提示:Methods: ECM deposition |
| 胶原凝胶收缩实验 | 每组细胞数(1.5×10^5个/mL);胶原类型(I型)及来源(未明确说明);TGFB浓度(1.5 ng/mL和1 ng/mL);凝胶体积(500 μL);观察时间点(12-120小时) 阅读提示:Methods: Collagen gel contraction |