患者入组与分组
建立治疗-切除临床研究,比较消融与非消融对肿瘤免疫的影响。
纳入早期NSCLC患者,分为消融组(n=34)和对照组(n=7),对照组补充非患者来源的切除样本(n=22);消融组患者接受诊断性活检后立即行消融术,对照组仅接受活检,两组均在约21天后行手术切除。
Pulsed Electric Field Ablation Reprograms Tumor Immunity and Stimulates Germinal Center Formation in Tertiary Lymphoid Structures in Patients with Non-Small Cell Lung Cancer
前瞻性临床研究中结合组织病理学、单细胞RNA测序、流式细胞术及细胞因子分析等多层级证据,并进行功能验证。
早期非小细胞肺癌患者肿瘤组织 外周血样本 配对消融前后肿瘤活检样本
患者分组:消融组(n=34)与对照组(n=7) 消融能量输送方式:支气管镜或经皮穿刺,三维影像引导 主要终点评估时间点:消融后约21天手术切除 配对样本分析:17例消融患者匹配活检和切除样本用于TLS和GC定量 生发中心定义标准:含>13个CD20+AID+Ki67+三重阳性细胞
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立治疗-切除临床研究,比较消融与非消融对肿瘤免疫的影响。
纳入早期NSCLC患者,分为消融组(n=34)和对照组(n=7),对照组补充非患者来源的切除样本(n=22);消融组患者接受诊断性活检后立即行消融术,对照组仅接受活检,两组均在约21天后行手术切除。
评估消融后肿瘤组织中TLS和相关细胞耗竭区(CDZ)的存在。
对活检和切除的组织进行HE染色和免疫组化(PanCK、CD20、CD4、CD8),使用Visiopharm软件进行图像分析以识别免疫细胞聚集体(ICA)和TLS,并通过深度学习分类器鉴定生发中心(GC)。
分析消融前后肿瘤微环境中免疫细胞组成和基因表达变化。
使用BD Rhapsody平台对消融前活检和消融后切除肿瘤组织进行单细胞RNA测序和表面蛋白(AbSeq)分析,进行无监督聚类和差异表达分析。
在组织水平验证TLS及GC的结构和细胞组成。
对部分样本进行多光谱免疫荧光染色(Opal 6-Plex),包括CD20、CD4、AID、Ki67、CD21、PNAd等标记物,并通过QuPath软件进行图像分析以定量淋巴细胞结构。
评估全身和局部的细胞因子变化。
收集血清和肿瘤组织样本,采用Luminex多重分析检测71种细胞因子/趋化因子,并分析HMGB1等免疫相关分子。
评估消融对循环免疫细胞的影响。
收集外周血并利用多参数流式细胞术测量多种免疫细胞亚群,包括CD4+、CD8+ T细胞的活化状态和记忆表型。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 消融设备 | Aliya 系统 | Galvanize Therapeutics, Inc. | -- |
| 抗体 | PanCK 抗体 | Abcam | ab234297 |
| CD20 抗体 | Abcam | ab9475 | |
| CD4 抗体 | Abcam | ab213215 | |
| CD8 抗体 | Abcam | ab17147 | |
| 多重免疫荧光染色 | Opal 6-plex 检测试剂盒 | Akoya Biosciences | NEL871001KT |
| 封闭液 | Renaissance 背景降低稀释液 | Biocare | PD905H |
| 单细胞RNA测序 | BD Rhapsody 单细胞分析系统 | BD Biosciences | 633701 |
| BD AbSeq 免疫发现 panel | BD Biosciences | 625970 | |
| BD Horizon Dri 肿瘤和组织解离试剂 | BD Biosciences | 661563 | |
| 样本标签 | BD Biosciences | 633781 | |
| 流式细胞术 | Live/Dead Fixable Blue 染料 | Thermo Fisher Scientific | L23105 |
| Brilliant 染色缓冲液 Plus | BD Biosciences | 566385 | |
| BD FACS 裂解液 | BD Biosciences | 349202 | |
| Aurora Cytek 流式细胞仪 | Cytek Biosciences | -- | |
| CytoFLEX LX 流式细胞仪 | Beckman Coulter Life Sciences | -- | |
| 数据分析 | SpectroFlo 软件 | Cytek Biosciences | -- |
| Kaluza 分析软件 | Beckman Coulter Life Sciences | A84174 | |
| 细胞因子检测 | 人细胞因子/趋化因子 71-403 多重检测panel | Eve Technologies | HD71 |
| HMGB1检测 | HMGB1 ELISA 试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | EEL047 |
| IgG1检测 | HRP标记的抗人IgG1检测抗体 | Jackson ImmunoResearch Labs | 109-035-088 |
| 图像分析 | Visiopharm Integrator 系统 | Visiopharm Corporation | -- |
| QuPath 软件 | -- | -- | |
| 扫描仪 | Olympus 自动切片扫描仪 | Evident Scientific, Inc. | VS200 |
| 多重免疫荧光成像 | PhenoImager HT 2.0 平台 | Akoya Biosciences | -- |
| 自动染色 | Leica BOND Rx 自动染色机 | Leica Biosystems | -- |
| 数据测序 | Illumina NovaSeq 测序仪 | Illumina | -- |
| 酶标仪 | 酶标仪 | Molecular Devices | FilterMax F3 |
| 数据分析 | SoftMax Pro 软件 | Molecular Devices | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者入组与分组 | 患者年龄、性别、吸烟史、肿瘤分期、组织学类型;消融组与对照组样本量;对照组补充样本来源 阅读提示:Materials and Methods: Clinical study design; Table 1 |
| 消融操作 | 消融能量输送方式(支气管镜或经皮穿刺);图像引导方式;能量输送参数(文中未明确说明) 阅读提示:Materials and Methods: Galvanize Aliya System; 图1A |
| 组织病理学分析 | 切片准备:福尔马林固定石蜡包埋;TLS定义标准:ICA大小、细胞数量阈值;生发中心定义标准 阅读提示:Materials and Methods: Histopathology; Brightfield IHC staining and imaging; 图1B |
| 单细胞RNA测序 | 组织解离方法;样本数量:消融前活检n=20,消融后n=25;细胞捕获平台;测序深度(约50,000 reads/cell);数据分析参数(Seurat版本等) 阅读提示:Materials and Methods: scRNA-seq; scRNA-seq analyses |
| 免疫组化及多光谱成像 | 抗体克隆号和稀释度(需查阅补充表S2);多重染色方案(Opal 6-Plex);扫描平台(PhenoImager HT 2.0) 阅读提示:Materials and Methods: Multispectral IHC staining and imaging; 补充表S2 |
| 流式细胞术 | 抗体panel组成(44个表面标记);染色和裂解方案;样本量:对照组n=6,消融组n=26;检测时间点:基线和消融后晚期(第17天以上) 阅读提示:Materials and Methods: Flow cytometry analysis; 补充表S4 |
| 细胞因子检测 | 检测平台(Luminex);分析物列表(71种);样本处理;组织来源(活检和切除);分析软件(文中未明确说明) 阅读提示:Materials and Methods: Cytokine profiling |