患者队列建立与C3aR表达定量
评估C3aR在IDH野生型GBM中的表达水平及其分布特征。
收集2018-2024年间114例IDH野生型GBM患者的FFPE肿瘤样本,通过免疫组化染色C3aR,使用QuPath软件对四个高倍视野中的阳性细胞进行计数,并以阳性细胞总数作为C3aR表达评分。
Complement receptor C3aR marks heterogeneous tumor-associated macrophage states associated with improved survival in IDH-wildtype glioblastoma
包含患者组织样本的免疫组化定量、组织芯片双重染色、单细胞和 bulk 转录组数据及生存分析,涉及体外和体内证据层级,且包含功能验证(生存)和机制验证(巨噬细胞状态关联)。
IDH野生型胶质母细胞瘤患者队列(n=114) 组织芯片中的GBM肿瘤样本(n=35,其中33例有定量数据) 人GBM单细胞RNA测序数据集(Darmanis、Neftel、Wang) TCGA-GBM bulk转录组数据(n=160)
C3aR免疫组化染色条件:克隆D12,稀释度1:200,使用Leica BOND-III自动染色系统 C3aR表达定量方法:QuPath软件,对四个高倍视野(x200)阳性细胞计数求和,组织微阵列采用均值 MGMT启动子甲基化检测方法:亚硫酸氢盐转换后甲基化特异性qPCR或EpiMelt™ MS-HRM 生存分析模型:Kaplan-Meier法、log-rank检验、Cox比例风险回归,调整年龄、体能状态、手术类型和MGMTp状态 统计分析软件:R软件版本4.5.2
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估C3aR在IDH野生型GBM中的表达水平及其分布特征。
收集2018-2024年间114例IDH野生型GBM患者的FFPE肿瘤样本,通过免疫组化染色C3aR,使用QuPath软件对四个高倍视野中的阳性细胞进行计数,并以阳性细胞总数作为C3aR表达评分。
验证C3aR表达是否与巨噬细胞区室相关,并评估其与不同巨噬细胞表型标志物的关联。
从35例患者的FFPE样本构建组织芯片,对C3aR与CD68、HLA-DR、CD206、CD163、Arginase I、CD209进行单染和双染,定量各标志物阳性细胞数,并进行Spearman相关性分析。
在转录组水平验证C3AR1在髓系/巨噬细胞中的表达及与巨噬细胞极化程序的关联。
分析三个公开的单细胞RNA测序数据集(Darmanis、Neftel、Wang)和TCGA-GBM bulk数据,评估C3AR1在恶性细胞和髓系/巨噬细胞中的表达,及其与M1、M2、小胶质细胞和TAM基因特征的Spearman相关性。
评估C3aR表达与MGMT启动子甲基化状态、总生存期及其他临床变量的关联。
使用Kruskal-Wallis检验和卡方检验评估C3aR表达与MGMTp甲基化状态的关联,使用Kaplan-Meier和Cox回归分析C3aR表达分组与总生存期的关联。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫组化染色 | Leica Biosystems BOND-III自动染色系统 | Leica Biosystems | -- |
| BOND聚合物精炼检测试剂盒 | Leica | Ref Ds9800 | |
| BOND聚合物精炼红色检测试剂盒 | Leica | DS9390 | |
| C3aR免疫组化 | C3aR抗体(克隆D12) | Santa Cruz | -- |
| 巨噬细胞标志物免疫组化 | CD68抗体(克隆514H12) | Leica | -- |
| CD163抗体(克隆10D6) | Leica | -- | |
| CD209抗体(克隆B-2) | Santa Cruz | -- | |
| CD206抗体(克隆D-1) | Santa Cruz | -- | |
| HLA-DR抗体(克隆CR3/43) | Santa Cruz | -- | |
| 精氨酸酶I抗体(克隆ep-201) | Bio SB | -- | |
| 定量分析 | QuPath软件(版本0.6.0) | -- | -- |
| MGMT启动子甲基化检测 | EpiMelt™ MGMT MS-HRM检测 | MethylDetect | -- |
| ROCHE LC480 qPCR仪 | ROCHE | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| C3aR免疫组化与定量 | C3aR抗体克隆和稀释度(D12,1:200)、染色平台(BOND-III)、定量方法(QuPath,四个HPF的阳性细胞总数)、切点值(18个阳性细胞)。 阅读提示:参见Methods 2.2 和 Figure 1 |
| 组织微阵列双染 | TMA核心数量(每个患者2个核心)、抗体稀释度(C3aR 1:100)、双染检测试剂盒(BOND Polymer Refine和Refine Red) 阅读提示:参见Methods 2.3 和 Figure 2A |
| MGMT启动子甲基化检测 | 检测方法(甲基化特异性qPCR或EpiMelt™ MS-HRM)、亚硫酸氢盐转换 阅读提示:参见Methods 2.4 |
| 生存分析 | C3aR分组(低≤18,高>18)、调整变量(年龄、体能状态、手术类型、MGMTp状态)、患者纳入标准(有体能状态信息)、随访终点(总生存期) 阅读提示:参见Methods 2.6、Results 3.5 和 Figure 4 |