样本收集与单细胞测序
描述HSCT前后免疫细胞的动态变化
从HSCT供者-受者配对收集外周血样本,经CD45+分选后进行单细胞RNA和TCRαβ测序,并利用Souporcell进行基因型去卷积。
Single-cell analysis of adaptive NK and CMV-specific T-cell dynamics after allogeneic HSCT
包括单细胞转录组和TCR测序、pMHC四聚体分选、TCRβ测序、功能评分和细胞间通讯预测等多个独立证据层级,并包含供者CMV血清状态比较的功能验证。
CD45+外周血单个核细胞(PBMC) CD8+ T细胞 NK细胞 CD4+ T细胞
供者CMV血清状态(CMV阳性或阴性) HLA-A*02等位基因 CMV再激活时间(平均移植后32天) 样本时间点(移植前、移植后2周、D+30、D+80等) 用于pMHC四聚体分选的样本量(5个样本,来自3名患者)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
描述HSCT前后免疫细胞的动态变化
从HSCT供者-受者配对收集外周血样本,经CD45+分选后进行单细胞RNA和TCRαβ测序,并利用Souporcell进行基因型去卷积。
识别CMV表位特异性T细胞并分析其克隆性
使用HLA-A*02:01-CMV pp65NLV四聚体对CD8+ T细胞进行分选,然后进行TCRβ测序,并与单细胞TCRαβ数据整合。
研究CMV再激活对NK细胞成熟和功能的影响
对NK细胞进行亚聚类,分析CD56bright、CD56dim和适应性NK细胞的比例和基因表达变化,并比较不同供者CMV血清状态。
描述CD4+和CD8+ T细胞的重建和克隆扩增
对CD4+和CD8+ T细胞进行亚聚类,分析克隆大小、表型成熟和供者/受者来源,并追踪pp65NLV特异性克隆。
推断免疫细胞间的动态相互作用
使用NicheNet和DIISCO分析配体-受体相互作用,预测不同供者CMV血清状态下细胞间通讯网络。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 单细胞测序 | Chromium单细胞5'文库与凝胶微珠试剂盒 | 10x Genomics | -- |
| 四聚体分选 | HLA-A02*01-CMV pp65NLV四聚体 | Proimmune | -- |
| pMHC测序 | dCODE Dextramers(葡聚糖四聚体) | Immudex | -- |
| TCRβ测序 | ImmunoSEQ检测 | Adaptive Biotechnologies | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 样本收集 | 患者HLA-A*02等位基因状态,供者CMV血清状态,样本采集时间点(移植前、移植后2周、D+30、D+80等) 阅读提示:Methods: Patients and samples; Figure 1B |
| 单细胞测序 | CD45+细胞分选,10x Genomics Chromium Single Cell 5'试剂盒,测序平台和分析参数(CellRanger版本、参考基因组GRCh38) 阅读提示:Methods: Single-cell RNA and TCRαβ sequencing and data analysis |
| CMV特异性T细胞分选 | HLA-A*02:01限制性pp65NLV四聚体(Proimmune)的使用,分选样本数(5个样本,3名患者),四聚体库(32个表位,7个阴性对照) 阅读提示:Methods: Antigen-specific T-cell profiling with pMHC tetramer panel; pp65NLV-specific TCRβ sequencing |
| 数据分析和统计 | 批次效应校正方法(scVI),差异表达分析(MAST)和多重检验校正(Bonferroni),非参数统计检验(Mann-Whitney U, Kruskal-Wallis) 阅读提示:Methods: Single-cell RNA and TCRαβ sequencing and data analysis; Statistics |