鉴定TROP2为不良预后标志物
评估TROP2表达与结直肠癌患者预后及转移的相关性
分析公共数据集(TCGA等)中TROP2表达与生存期、分期及分子亚型的关系;在病例对照队列(n=246)和UICC II期队列(n=189)中检测TROP2表达;进行单细胞RNA测序分析肿瘤细胞状态
TROP2 targeting reveals therapy-driven cell state dynamics in colorectal cancer
包含单细胞测序、类器官、基因工程小鼠模型、患者样本及体内移植瘤模型等多个独立证据层级,并进行了功能验证(克隆形成、极限稀释成瘤)和机制验证(谱系追踪、细胞状态轨迹分析)。
患者来源类器官(PDOs) 患者来源类器官异种移植瘤(PDOXs) 基因工程小鼠来源类器官(MDOs) 基因工程小鼠模型(GEMMs)
TROP2表达水平在人CRC队列(n=246)及16个公共队列(n=1336)中与转移及生存期的关联 患者来源类器官(PDOs)的TROP2表达异质性及TROP2靶向ADC(SG)的疗效依赖性 FOLFIRI或FOLFOX化疗诱导TROP2表达的剂量和时间(96小时) SG联合化疗在PDOX模型中的生存获益 单细胞RNA测序中LGR5+与TROP2+细胞状态的动态转换
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估TROP2表达与结直肠癌患者预后及转移的相关性
分析公共数据集(TCGA等)中TROP2表达与生存期、分期及分子亚型的关系;在病例对照队列(n=246)和UICC II期队列(n=189)中检测TROP2表达;进行单细胞RNA测序分析肿瘤细胞状态
验证TROP2+细胞是否具有癌症干细胞特性
通过流式分选TROP2+/-细胞,进行体外克隆形成实验和体内极限稀释移植实验,评估致瘤能力;利用Lgr5-tdTomato报告系统比较LGR5+/-细胞的干性
检测TROP2+细胞是否具有更高的转移能力
从皮下肿瘤分选TROP2和LGR5不同组合的细胞,通过脾内注射建立肝转移模型,比较转移结节数量和面积
评估TROP2靶向ADC(SG)的治疗效果及其对细胞状态的影响
在PDOX模型中进行SG治疗,记录生存期;对治疗肿瘤进行单细胞RNA测序,分析细胞状态变化;进行体外药物处理时间课程及洗脱实验
验证化疗(FOLFIRI/FOLFOX)诱导TROP2表达,并评估联合治疗疗效
用FOLFIRI或FOLFOX处理PDOs和MDOs,检测TROP2表达变化;在PDOX模型中联合化疗和SG治疗,测量肿瘤生长和生存期
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 组织处理和免疫组化 | Ventana BenchMark ULTRA自动染色仪 | -- | -- |
| 免疫组化 | 抗TROP2抗体(克隆SP295) | Abcam | ab227691 |
| 免疫荧光 | 蔡司LSM 710显微镜 | ZEISS | -- |
| 原位杂交 | RNAscope 2.5 HD双链检测试剂盒 | Advanced Cell Diagnostics | 322500 |
| Western blot | RIPA裂解液 | Cell Signaling Technology | 9806S |
| Pierce BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 23225 | |
| Trans-Blot Turbo转印系统 | Bio-Rad | 1704150 | |
| RT-qPCR | Arcturus PicoPure RNA提取试剂盒 | Applied Biosystems | KIT0204 |
| High-Capacity cDNA逆转录试剂盒 | Applied Biosystems | 4374966 | |
| PowerUp SYBR Green预混液 | Thermo Fisher Scientific | A25778 | |
| 流式细胞术 | Fusion细胞分选仪 | -- | -- |
| BD LSRFortessa流式细胞仪 | BD | -- | |
| 肿瘤解离 | 肿瘤解离试剂盒 | Miltenyi Biotec | 130-095-929 |
| gentleMACS Octo组织解离器(带加热功能) | Miltenyi Biotec | 130-096-427 | |
| 类器官培养 | Cultrex低生长因子基底膜提取物(BME) | R&D Systems | 3433-005-01 |
| Advanced DMEM/F-12培养基 | Gibco | 12634028 | |
| TrypLE消化酶 | Gibco | 12605010 | |
| 药物处理(化疗) | 5-氟尿嘧啶 | Selleckchem | S1209 |
| 伊立替康 | Selleckchem | S2217 | |
| 奥沙利铂 | Selleckchem/BIOZOL | S1224 | |
| 药物处理(ADC) | sacituzumab govitecan(SG) | MedChemExpress | HY-132254 |
| sacituzumab tirumotecan(Sac-TMT) | MedChemExpress | HY-164789 | |
| 药物处理(对照ADC) | IgG1-SN-38 | MedChemExpress | HY-164668 |
| 药物处理(SN-38) | SN-38 | TargetMol | T1703 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床队列分析 | 病例对照队列的匹配标准(性别、年龄、分期、分级、原发部位) 阅读提示:Methods (Clinical cohorts) |
| 类器官培养 | PDO培养基配方(成分、浓度)、BME浓度(70%)、培养时间和传代方法 阅读提示:Methods (Patient-derived organoids) |
| 小鼠模型 | 小鼠品系(C57BL/6J、NSG)、年龄、性别、饲养条件 阅读提示:Methods (Mouse lines) |
| 药物处理(体外) | FOLFIRI:5-FU和伊立替康浓度(5 μM),处理时间(96小时);SG浓度(5 μM),处理时间(3或96小时) 阅读提示:Methods (In vitro drug treatment) |
| 药物处理(体内) | 5-FU剂量(10 mg/kg,每周5次)、伊立替康剂量(45 mg/kg,每周2次)、SG剂量(25 mg/kg,每周2次) 阅读提示:Methods (In vivo drug treatment) |
| 致瘤性和转移实验 | 皮下注射细胞数量、脾内注射细胞数量、终点时间 阅读提示:Methods (Subcutaneous injection and tumour monitoring; Intra-splenic injection) |