临床样本关联分析
评估LARS2表达与鼻咽癌患者预后、CD8+ T细胞浸润及免疫治疗反应的关系
对39例接受PD-1/PD-L1抑制剂治疗的鼻咽癌患者组织样本进行多重免疫荧光和免疫组化染色,分析LARS2、CD8A、PD-L1表达,并结合公共数据库进行生存分析和免疫细胞浸润分析
LARS2 reprograms mitochondrial metabolism and epigenetically upregulates MHC-I to boost antitumor immunity in nasopharyngeal carcinoma
包含体外细胞共培养、免疫缺陷裸鼠异种移植模型、免疫活性小鼠原位肿瘤模型及患者样本分析等多层次证据,并进行了功能验证和机制验证。
鼻咽癌细胞系HK1和5-8F 小鼠口腔癌细胞系MOC1 BALB/c裸鼠异种移植模型 C57BL/6J小鼠同基因原位肿瘤模型
LARS2在鼻咽癌组织中的表达水平及其与CD8+ T细胞浸润和免疫治疗反应的相关性 LARS2过表达或敲低对CD8+ T细胞介导的肿瘤细胞杀伤的影响 LARS2对线粒体OXPHOS活性和MHC-I表达的影响 高亮氨酸饮食对LARS2表达和抗PD-1免疫治疗效果的增强作用
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估LARS2表达与鼻咽癌患者预后、CD8+ T细胞浸润及免疫治疗反应的关系
对39例接受PD-1/PD-L1抑制剂治疗的鼻咽癌患者组织样本进行多重免疫荧光和免疫组化染色,分析LARS2、CD8A、PD-L1表达,并结合公共数据库进行生存分析和免疫细胞浸润分析
验证LARS2对CD8+ T细胞介导的肿瘤细胞杀伤的影响
在HK1和5-8F细胞中过表达或敲低LARS2,与健康供者来源的激活CD8+ T细胞共培养,检测肿瘤细胞活力和凋亡,分析CD8+ T细胞中IFN-γ、TNF-α和GZMB的表达
在体内验证LARS2对CD8+ T细胞依赖性肿瘤生长的影响
将LARS2过表达或敲低的HK1细胞皮下植入裸鼠,部分小鼠经尾静脉注射体外激活的肿瘤特异性T细胞,监测肿瘤生长并分析肿瘤组织中CD8+ T细胞浸润和细胞毒性
验证CD8+ T细胞是否是LARS2介导肿瘤抑制的关键效应细胞
将Lars2过表达的MOC1细胞接种至免疫活性C57BL/6J小鼠,使用抗CD8抗体清除CD8+ T细胞,监测肿瘤生长
探究LARS2是否通过上调MHC-I促进肿瘤抗原呈递
检测LARS2过表达或敲低后HLA-ABC的表达和细胞表面丰度;在MOC1-OVA细胞中检测SIINFEKL肽呈递;并与OT-I小鼠来源的BMDCs和CD8+ T细胞共培养评估DC活化和T细胞激活
阐明LARS2对线粒体电子传递链和OXPHOS的调控作用
通过BN-PAGE检测ETC复合物蛋白水平,Seahorse分析OCR和ECAR,检测NAD+/NADH比值、ATP产生和线粒体膜电位
验证LARS2增强的OXPHOS产生的ATP是否促进TAP1介导的抗原肽转运
使用EtBr耗竭mtDNA或FCCP抑制OXPHOS,通过免疫荧光检测TAP1与内质网的共定位以及Cy5.5标记的SIINFEKL肽与TAP1和内质网的共定位,流式检测MOC1细胞表面SIINFEKL呈递
探究LARS2是否通过增强H3K27ac修饰表观遗传调控MHC-I表达
检测LARS2对乙酰辅酶A水平、整体蛋白乙酰化和H3K27ac水平的影响;ChIP-qPCR检测HLA-A、B、C启动子区域H3K27ac富集;使用ACSS2抑制剂和乙酸盐补充实验验证
验证亮氨酸能否通过上调LARS2增强MHC-I介导的肿瘤抗原呈递和CD8+ T细胞杀伤
用不同浓度亮氨酸处理NPC细胞和MOC1-OVA细胞,检测LARS2、MHC-I表达和SIINFEKL呈递,并与OT-I CD8+ T细胞共培养检测杀伤效果
验证高亮氨酸饮食能否增强抗肿瘤免疫和免疫检查点阻断疗效
在裸鼠异种移植模型和免疫活性小鼠原位模型中,给予1.5% (w/v)亮氨酸饮水,评估肿瘤生长、免疫细胞浸润和与抗PD-1联合治疗效果
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | C11995500BT |
| 胎牛血清 | Gibco | 10270106 | |
| 青霉素-链霉素 | BI | 03-03101B | |
| 细胞转染 | Neofect转染试剂 | Neofect Biotech | -- |
| Hiperfect转染试剂 | Qiagen | -- | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| 逆转录 | HiScript cDNA合成试剂盒 | Vazyme | R323-01 |
| qRT-PCR | 通用SYBR qPCR预混液 | Vazyme | Q511-02 |
| CFX Connect实时荧光定量PCR检测系统 | Bio-Rad | -- | |
| 蛋白提取 | RIPA裂解液 | Epizyme Biomedical | PC101 |
| 蛋白定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 23227 |
| Western blot | SDS-PAGE凝胶 | Servicebio | G2177 |
| PVDF膜 | Millipore | IPVH00010 | |
| 化学发光成像系统 | Servicebio | G2020 | |
| 线粒体分离 | 线粒体分离缓冲液 | Beyotime | -- |
| 蓝绿PAGE | NativePAGE 3-12% Bis-Tris蛋白凝胶 | Thermo Fisher Scientific | BN1001BOX |
| 代谢分析 | Seahorse XF HS Mini分析仪 | Agilent | -- |
| 免疫荧光 | Hoechst 33342染料 | Abmole | -- |
| DAPI染料 | Invitrogen | D1306 | |
| 多重免疫荧光 | 增强型五标六色多重荧光染色试剂盒 | AiFang | AFIHC036 |
| Pannoramic SCAN II成像系统 | 3DHISTECH | -- | |
| 免疫组化 | Elivision Plus聚合物HRP(小鼠/兔)免疫组化试剂盒 | Maxim | Kit-9902 |
| Olympus BX51荧光显微镜 | Olympus | -- | |
| ELISA | 乙酰辅酶A ELISA试剂盒 | Sangon | D751001-0048 |
| TNF-α ELISA试剂盒 | ZCIBIO | ZC-M6765 | |
| GZMB ELISA试剂盒 | ZCIBIO | ZC-33834 | |
| IFN-γ ELISA试剂盒 | ZCIBIO | ZC-32271 | |
| SpectraMax M多功能酶标仪 | Molecular Devices | -- | |
| 流式细胞术 | Annexin V-FITC凋亡检测试剂盒 | Invitrogen | BMS500FI |
| 布雷菲德菌素A | Selleck | S7046 | |
| DxP Athena流式细胞仪 | Cytek Biosciences | -- | |
| 细胞培养(DC) | 粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子 | PeproTech | 315-03 |
| 白细胞介素-4 | PeproTech | 214-14 | |
| T细胞激活 | OVA257-264肽 | GenScript | RP10611CN |
| 慢病毒感染 | HitransG P病毒感染试剂 | 上海吉凯基因 | -- |
| 嘌呤霉素 | MCE | -- | |
| 细胞杀伤实验 | 荧光素酶检测试剂 | Vazyme | -- |
| PBMC分离 | Ficoll分离液 | Cytiva | -- |
| DC诱导(人) | 干扰素-γ | Sino Biological | 11725-HNAE |
| T细胞扩增(人) | CD3/CD28磁珠 | Miltenyi | 130-091-441 |
| 白细胞介素-2 | Sino Biological | -- | |
| 白细胞介素-7 | Sino Biological | -- | |
| 白细胞介素-15 | Sino Biological | -- | |
| 动物实验 | DiR荧光染料 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| L-亮氨酸 | Sigma | L8912 | |
| 抗PD-1抗体 | Selleck | A2122 | |
| CD8中和抗体 | Selleck | A2102 | |
| 荧光素底物 | Genomeditech | 040621 | |
| IVIS Spectrum小动物活体成像系统 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本分析 | 样本量(n=39)、患者治疗史、LARS2和CD8A表达评分标准、多重免疫荧光染色流程、免疫治疗反应判定标准 阅读提示:Materials and methods: Patient samples; Results: 图1D-H |
| 细胞培养与转染 | 细胞系HK1、5-8F和MOC1的培养条件、LARS2过表达质粒和siRNA序列、转染试剂及用量 阅读提示:Materials and methods: Cell culture, plasmids, and cell transfection |
| 体外T细胞共培养 | T细胞供者HLA分型与肿瘤细胞匹配、DC诱导和抗原负载方法、共培养比例和时间、细胞毒性和凋亡检测方法 阅读提示:Materials and methods: Generation of human DCs and tumor-specific T cells; Results: 图2A-D |
| 动物模型 | 小鼠品系、周龄和性别、细胞接种数量和部位、T细胞过继转移时间点和数量、肿瘤体积测量频率和计算方法 阅读提示:Materials and methods: Animal experiments; Results: 图2E-I |
| 线粒体功能检测 | BN-PAGE胶浓度和电泳条件、Seahorse检测细胞密度和试剂浓度(oligomycin、FCCP、rotenone/antimycin A)、ATP和NAD+/NADH检测试剂盒 阅读提示:Materials and methods: Mitochondrial isolation and blue native PAGE; Seahorse measurements; Results: 图4 |
| 抗原呈递检测 | SIINFEKL肽浓度和孵育时间、FCCP和EtBr处理浓度和时间、MHC-I流式抗体克隆号 阅读提示:Materials and methods: Immunofluorescence staining; Flow cytometry; Results: 图5 |
| 表观遗传分析 | ChIP实验细胞数量、抗体用量和来源、H3K27ac抗体克隆号、qPCR引物序列和HLA启动子区域 阅读提示:Materials and methods: Chromatin immunoprecipitation-quantitative PCR; Results: 图6D-E |
| 亮氨酸处理与饮食干预 | 亮氨酸处理浓度和时间、亮氨酸饮食浓度(1.5% w/v)、BCH抑制剂浓度、抗PD-1抗体剂量和给药方案 阅读提示:Materials and methods: Animal experiments; Results: 图7和图8 |