建立小鼠肺移植模型及单细胞RNA测序
评估FAP在CLAD小鼠模型中的表达动态和细胞定位
C57BL/6捐赠肺移植到C57BL/10受体,在静息、第7天和第28天收获样本(n=2/时间点),进行单细胞RNA测序;另分析公开数据集BALB/c→C57BL/6模型(静息、第7天、第35天)。
Exploring fibroblast activation protein as an early biomarker in chronic lung allograft dysfunction
结合两个小鼠原位肺移植模型的单细胞RNA测序、人体组织单细胞测序和病理验证、以及240例患者的临床队列和生存分析,包含功能与机制验证。
小鼠原位肺移植模型(C57BL/6→C57BL/10) 小鼠原位肺移植模型(BALB/c→C57BL/6) 人肺组织(对照组和CLAD患者各5例) 240例肺移植受者的临床队列(经支气管活检)
模型:C57BL/6→C57BL/10小鼠原位肺移植模型,时间点:静息、第7天、第28天 模型:BALB/c→C57BL/6小鼠模型,时间点:静息、第7天、第35天 临床队列:240例肺移植受者,62例CLAD和178例对照,活检时间在移植后1年内 FAP阳性面积阈值:10.8%,用于区分CLAD 统计模型:Cox比例风险模型,调整变量包括白蛋白、ICU住院天数、移植后最佳FEV1
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估FAP在CLAD小鼠模型中的表达动态和细胞定位
C57BL/6捐赠肺移植到C57BL/10受体,在静息、第7天和第28天收获样本(n=2/时间点),进行单细胞RNA测序;另分析公开数据集BALB/c→C57BL/6模型(静息、第7天、第35天)。
验证单细胞发现的FAP在活化成纤维细胞中富集,并评估纤维化程度
对小鼠肺切片进行H&E、三色染色、PSR、Collagen-1、α-SMA和FAP免疫组化,并用Orbit Image Analysis量化FAP阳性面积。
比较CLAD患者和对照肺组织中的FAP表达和成纤维细胞亚群
对5例对照和5例CLAD(BOS)患者肺组织进行单细胞RNA测序,并对成纤维细胞亚群进行聚类和FAP表达分析。
验证人CLAD肺组织中纤维化和FAP表达增加
对人肺组织切片进行同样的染色和FAP定量。
评估FAP表达是否可作为CLAD早期诊断标志物并预测预后
对240例肺移植受者的经支气管活检进行FAP免疫组化和定量,进行ROC分析、Kaplan-Meier生存分析和Cox回归。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 单细胞RNA测序 | Cell Ranger | -- | -- |
| Seurat | -- | -- | |
| 图像分析 | Orbit图像分析软件 | -- | -- |
| 单细胞RNA测序 | 10x Genomics | 10x Genomics | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 小鼠肺移植模型 | 小鼠品系、移植方向、时间点、每个时间点的样本量(n=2) 阅读提示:见'Materials and methods'中的'Overall design'及图1A |
| 单细胞RNA测序 | 样本类型、数量、分析流程(Cell Ranger/Seurat) 阅读提示:见'Materials and methods'中的'Single-cell profiling' |
| 免疫组化 | 抗体、染色方法、图像分析模型(Orbit) 阅读提示:见'Materials and methods'中的'Histology/IHC and image analysis' |
| 临床队列 | 患者纳入/排除标准、TBLB时间、CLAD定义、FAP阳性面积阈值 阅读提示:见'Materials and methods'中的'Clinical cohort'及图5 |
| 统计分析 | 统计方法、ROC分析、Cox模型协变量 阅读提示:见'Materials and methods'中的'Statistics' |