模型建立与初步观察
评估CD1d缺乏对乳腺癌肿瘤生长和免疫浸润的影响
将EO771细胞原位注射到WT和CD1d-KO小鼠的乳腺脂肪垫,监测肿瘤生长,并在第15天分析免疫细胞浸润。
CD1d remodels the tumor-infiltrating myeloid populations controlling antitumor immunity
包含基因敲除小鼠模型、抗体治疗、体外巨噬细胞极化、混合骨髓嵌合体、单细胞RNA测序及人类数据集分析等多个实验层级,并进行功能验证和机制研究。
EO771乳腺癌细胞系(C57BL/6小鼠) 4T1乳腺癌细胞系(BALB/c小鼠) CD1d-KO小鼠模型 混合骨髓嵌合体小鼠 人类乳腺癌患者样本(scRNA-seq数据集)
CD1d-KO与WT小鼠的肿瘤生长比较(EO771模型,n=25,8个独立实验) αCD1d抗体治疗剂量(200 μg/鼠/次,隔3-4天注射)及时间点(第0天或第4天开始) 混合骨髓嵌合体(WT:CD1d-KO 50:50)构建方法及肿瘤免疫浸润分析 αIFNAR阻断对αCD1d抗肿瘤效果的影响 人类乳腺癌数据集中基因签名(c3_Inflam-Mono)与临床结果的相关性
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估CD1d缺乏对乳腺癌肿瘤生长和免疫浸润的影响
将EO771细胞原位注射到WT和CD1d-KO小鼠的乳腺脂肪垫,监测肿瘤生长,并在第15天分析免疫细胞浸润。
测试抗CD1d抗体对肿瘤生长和免疫浸润的影响,及与抗PD-1的协同作用
对荷瘤小鼠腹腔注射αCD1d抗体(或同型对照),部分实验联合抗PD-1,监测肿瘤生长,分析免疫细胞。
确定CD1d对髓系细胞的作用是否为细胞内在性
构建WT和CD1d-KO混合骨髓嵌合体,肿瘤接种后分析不同来源细胞的浸润。
验证CD1d缺乏或阻断对巨噬细胞极化的直接影响
从WT和CD1d-KO小鼠产生BMDMs,或用αCD1d抗体处理,用IFN-γ、LPS或IL-4刺激,检测M1/M2标记基因表达。
揭示CD1d缺乏对肿瘤髓系细胞转录程序的影响
对WT和CD1d-KO肿瘤中的髓系细胞进行scRNA-seq,聚类分析,轨迹分析,差异表达和通路富集。
检验小鼠炎性单核细胞特征与人类乳腺癌结局和免疫治疗反应的关系
利用已发表的人类乳腺癌scRNA-seq数据集和METABRIC队列,进行基因签名评分、生存分析和免疫治疗反应分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| RPMI GlutaMAX培养基 | Gibco | -- | |
| 细胞因子 | 巨噬细胞集落刺激因子 | BioLegend | -- |
| 干扰素-γ | BioLegend | -- | |
| 白细胞介素-4 | BioLegend | -- | |
| 刺激物 | 脂多糖 | InvivoGen | -- |
| 抗体治疗 | 抗CD1d抗体(克隆19G11) | BioXCell | -- |
| 抗PD-1抗体(克隆RPM1-14) | BioXCell | -- | |
| 抗IFN-γ抗体(XMG1.2) | BioXCell | -- | |
| 抗IFNAR抗体(MAR1-5A3) | BioXCell | -- | |
| 大鼠IgG1同型对照(HRPN) | BioXCell | -- | |
| 体外抗体 | 抗CD1d抗体(克隆51.1) | BioLegend | -- |
| 体外同型对照 | 小鼠IgG2b同型对照(MPC-11) | BioLegend | -- |
| 细胞分离 | CD14磁珠 | Miltenyi Biotec | -- |
| 小鼠肿瘤解离试剂盒 | Miltenyi Biotec | -- | |
| CD45磁珠 | Miltenyi Biotec | -- | |
| 流式染色 | 抗CD16/32抗体(TruStain FcX) | BioLegend | -- |
| Zombie可固定活/死染料 | BioLegend | -- | |
| CD1d四聚体(PBS-57) | NIH Tetramer Facility | -- | |
| 流式细胞术 | BD Cytofix/Cytoperm溶液盒 | BD Biosciences | -- |
| Foxp3/转录因子染色缓冲液套装 | eBioscience | -- | |
| CellTrace紫细胞增殖试剂盒 | Invitrogen | -- | |
| BD Fortessa流式细胞仪 | BD Biosciences | -- | |
| qPCR | RNeasy RNA提取试剂盒 | Qiagen | -- |
| iScript Select cDNA合成试剂盒 | Bio-Rad | -- | |
| iTaq Universal SyBR Green预混液 | Bio-Rad | -- | |
| ABI7900HT实时荧光定量PCR系统 | Applied Biosystems | -- | |
| 细胞分选 | BD FACSAria II流式分选仪 | BD Biosciences | -- |
| scRNA-seq | Chromium Next GEM单细胞3'试剂盒v3.1(双索引) | 10x Genomics | -- |
| Chromium芯片G | 10x Genomics | -- | |
| NovaSeq X Plus测序平台 | Illumina | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 肿瘤模型建立 | EO771或4T1细胞数量(4×10^5)、注射部位(乳腺脂肪垫)、Matrigel基质胶(Cultrex)使用、小鼠品系和性别 阅读提示:Materials and methods, 'In vivo tumor cell implantation and therapeutic intervention' |
| 抗体治疗 | 抗体剂量(200 μg/鼠)、给药途径(腹腔注射)、给药频率(每3-4天)、开始时间(第0或4天)、抗体克隆(αCD1d 19G11, αPD-1 RPM1-14, αIFN-γ XMG1.2, αIFNAR MAR1-5A3) 阅读提示:Materials and methods, 'In vivo tumor cell implantation and therapeutic intervention' |
| 免疫浸润分析 | 肿瘤消化方法(Mouse Tumor Dissociation Kit)、CD45阳性分选、流式抗体克隆和稀释度、死活染料(Zombie)、Fc阻断(TruStain FcX) 阅读提示:Materials and methods, 'Tumor processing and flow cytometry' |
| 体外极化实验 | BMDMs分化条件(M-CSF 20 ng/ml)、刺激浓度(IFN-γ 20 ng/ml, LPS 2 ng/ml, IL-4 20 ng/ml)、αCD1d浓度(小鼠2 μg/ml, 人10 μg/ml) 阅读提示:Materials and methods, 'In vitro stimulation and pharmacological modulation of BMDMs, MDMs, and EO771 cells' |
| 单细胞RNA测序 | 样本数(每组3只)、分选门控(CD11b+和/或CD11c+CD45+NK1.1-CD19-CD3-Ly6G-Siglec-F-Zombie-)、10x Genomics 3' v3.1试剂盒、目标细胞数(10,000/样)、测序深度(150bp配对末端) 阅读提示:Materials and methods, 'Myeloid cell sorting and scRNA-seq' |
| 数据分析 | Cell Ranger版本(9.0.1)、参考基因组(GRCm39)、Seurat版本(5.3.1)、过滤标准(基因数200-7500,线粒体<5%)、差异表达方法(DESeq2)、GSEA方法(fgsea, GSEA) 阅读提示:Materials and methods, 'Analysis of scRNA-seq data' |