鉴定RAS乳酰化位点
确定RAS蛋白上是否存在乳酰化修饰及其具体位点。
通过免疫沉淀和质谱分析,在HEK293T细胞中鉴定HRAS的乳酰化位点。
Lactylation of Mutation-Prone RAS Residues Mimics Oncogenic Mutations and Drives Constitutive Activation
包含质谱鉴定、位点特异性乳酰化系统、体外酶活实验、细胞功能实验、异种移植模型及临床样本分析等多个独立验证层级。
HEK293T细胞 NIH/3T3细胞 乳腺癌细胞系(Hs578T、MDA-MB-468等) BALB/c裸鼠异种移植模型 乳腺癌患者组织样本
乳酰化位点特异性:K117和K147 酶催化机制:TIP60负责乳酰化,SIRT2负责去乳酰化 功能影响:乳酰化激活下游ERK/MEK信号通路,促进集落形成和肿瘤生长 蛋白稳定性:K147乳酰化阻断K48泛素化,增加RAS稳定性 临床相关性:RAS乳酰化在乳腺癌组织中升高,与预后不良相关
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定RAS蛋白上是否存在乳酰化修饰及其具体位点。
通过免疫沉淀和质谱分析,在HEK293T细胞中鉴定HRAS的乳酰化位点。
检验乳酰化是否影响RAS的GTP结合和GTPase活性,从而影响其激活状态。
利用位点特异性乳酰化系统表达K117La/K147La HRAS,通过GTP-RBD pull-down和GTPase测定评估活性。
探究乳酰化是否通过影响泛素化来调节RAS蛋白的稳定性。
通过CHX追踪和泛素化实验分析K147乳酰化对RAS稳定性的影响。
验证乳酰化模拟突变是否在体内促进肿瘤生长。
将表达HRAS-WT或乳酰化模拟突变体(K117Q/K147Q)的细胞注入裸鼠,监测肿瘤生长。
评估RAS乳酰化在乳腺癌组织中的表达及其与预后的关系。
检测乳腺癌组织中RAS乳酰化水平,并分析其与患者生存的关系。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | 11965-092 |
| 胎牛血清 | Thermo Fisher | A5256701 | |
| Leibovitz's L-15培养基 | Thermo Fisher | 11415064 | |
| 稳定转染 | 嘌呤霉素 | Thermo Fisher | A1113803 |
| 位点特异性乳酰化 | 乳酰赖氨酸 | GL Biochem | -- |
| 质谱分析 | RIPA裂解液 | Cell Signaling Technology | 9806 |
| N-乙基马来酰亚胺 | Thermo Fisher | 23030 | |
| 免疫沉淀 | 抗Flag M2亲和凝胶 | Sigma-Aldrich | -- |
| Western blot | PVDF膜 | PALL | BSP0161 |
| 细胞培养 | 青霉素-链霉素 | -- | -- |
| 集落形成实验 | 琼脂糖 | Sigma-Aldrich | -- |
| 结晶紫 | Sigma-Aldrich | -- | |
| GTPase实验 | 磷酸盐检测试剂盒 | Sigma-Aldrich | -- |
| GTP结合实验 | GTP-琼脂糖 | Sigma-Aldrich | G9768 |
| 体外乳酰化 | GST-TIP60蛋白 | Sinobiological | K314-380G |
| 体外去乳酰化 | His-SIRT2蛋白 | -- | S36-30H |
| 细胞活力检测 | 司美替尼 | -- | -- |
| 司替戊醇 | -- | -- | |
| 草氨酸钠 | -- | -- | |
| 抗体 | 抗泛RAS抗体 | Proteintech | 12063-1-AP |
| 抗FLAG抗体 | Sigma-Aldrich | F3165 | |
| 抗ERK抗体 | Sigma-Aldrich | M5670 | |
| 抗磷酸化ERK抗体 | Cell Signaling Technology | 9102 | |
| 抗MEK1/2抗体 | Cell Signaling Technology | 8727 | |
| 抗磷酸化MEK抗体 | Cell Signaling Technology | 9154 | |
| 抗泛乳酰赖氨酸抗体 | PTM Bio | PTM-1401RM | |
| 抗GFP抗体 | Santa Cruz | sc-9996 | |
| 抗GST抗体 | Cell Signaling Technology | 2625 | |
| 抗HRAS抗体 | Abcam | ab32417 | |
| 抗NRAS抗体 | Abways | CY5418 | |
| 质谱分析 | Q Exactive HF-X质谱仪 | Thermo Scientific | -- |
| 分子动力学模拟 | BIOVIA Discovery Studio软件 | BIOVIA | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系(ATCC认证),培养基(DMEM或L-15),血清(10% FBS),培养条件(37°C,5% CO2) 阅读提示:Methods: Cell culture |
| 质谱鉴定 | 细胞系(HEK293T),Flag-HRAS表达,RIPA裂解缓冲液,蛋白酶抑制剂,NEM(20 mM),胰蛋白酶消化,LC-MS/MS参数 阅读提示:Methods: Mass spectrometry |
| 位点特异性乳酰化 | 质粒(HRAS-K117TAG或K147TAG),核酶-tRNA质粒,转染比例(3:1),Kla浓度(2 mM或5 mM),处理时间(48 h) 阅读提示:Methods: Intracellular expression of site-specific lactylated proteins |
| GTPase实验 | 蛋白纯化(Flag标签),GTP负载,磷酸盐检测试剂盒(Sigma-Aldrich),OD620读数 阅读提示:Methods: GTPase assay |
| 蛋白稳定性实验 | CHX浓度(50 μg/ml或25 μg/ml),处理时间点,泛素化检测 阅读提示:Methods: Immunoprecipitation and Western blotting |
| 体内肿瘤形成 | 小鼠品系(BALB/c裸鼠,5-6周龄),细胞数量(1×10^6),注射方式(皮下,双侧),基质胶比例(1:1),观察时间(28天) 阅读提示:Methods: Tumorigenesis assay |