患者筛选与基线特征评估
筛选免疫排斥型肿瘤患者,收集基线临床和病理信息。
入组具有免疫排斥表型(上皮内CD8+ T细胞<5个/HPF)的转移性实体瘤患者,接受LDRT联合免疫治疗(方案变化)。记录患者基线特征(如肿瘤类型、TMB、PD-L1状态等)。
Combinatorial Delivery of Low-Dose Radiotherapy and Immunotherapy to Patients with Immune-Excluded Tumors Enhances CD8+ T-cell Functionality
包含I期临床试验、配对肿瘤活检的单细胞测序、多重免疫荧光、bulk RNA-seq及靶向DNA测序等多层次验证,并进行功能与机制分析。
免疫排斥型实体瘤患者(多转移性) 卵巢癌和前列腺癌肿瘤样本 患者配对肿瘤活检组织
CD8+ T细胞基线密度(<5个/高倍镜视野)作为入组标准 LDRT剂量(0.5或1 Gy/次,每周2次,共6或12 Gy) LDRT后第10天活检时间点 应答定义基于活检病灶的CT变化(缩小 vs 非缩小) DNA修复基因突变状态(如ATM、CDK12、TP53)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
筛选免疫排斥型肿瘤患者,收集基线临床和病理信息。
入组具有免疫排斥表型(上皮内CD8+ T细胞<5个/HPF)的转移性实体瘤患者,接受LDRT联合免疫治疗(方案变化)。记录患者基线特征(如肿瘤类型、TMB、PD-L1状态等)。
评估LDRT联合免疫治疗的安全性和耐受性,确定剂量限制性毒性。
按多队列设计给予治疗,监测不良事件,进行剂量递增和队列扩展。记录DLT和BLT。
评估治疗的客观缓解率和疾病控制率。
通过影像学评估(CT、PET/CT)测量肿瘤大小变化,根据RECIST 1.1和PCWG3标准评估最佳总缓解。
探索LDRT对肿瘤微环境的影响及与疗效相关的生物标志物。
对配对活检(治疗前和第10天)进行IHC、mIF、bulk RNA-seq、scRNA-seq和靶向DNA测序分析,比较应答者和无应答者的免疫细胞组成、功能状态和DNA损伤相关信号。
验证DNA修复功能与CD8+ T细胞状态对LDRT联合ICB疗效的关联。
通过通路富集分析、单细胞聚类、突变分析等,在转录组和蛋白水平验证DNA损伤反应、CD8+ T细胞功能和免疫抑制细胞类型。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| IHC染色 | CONFIRM 2GV6 | Roche | 05278422001 |
| C8/144B | Dako | GA62361-2 | |
| ultraView通用DAB检测试剂盒 | Roche/Ventana | 05269806001 | |
| Ventana BenchMark ULTRA | Roche/Ventana | -- | |
| 多重免疫荧光 | DISCOVERY ULTRA染色模块 | Roche/Ventana | -- |
| DISCOVERY山羊IgG | Ventana | -- | |
| DISCOVERY抑制剂 | Ventana | -- | |
| DISCOVERY OmniMap抗兔HRP | Ventana | 760-4311 | |
| DISCOVERY OmniMap抗鼠HRP | Ventana | 760-4310 | |
| OPAL反应性荧光团 | Akoya Biosciences | -- | |
| Spectral DAPI | Akoya Biosciences | FP1490 | |
| 抗人PD-1抗体 | Biocare | API | |
| 抗CD3抗体 | Dako | IR50361-2 | |
| 抗人颗粒酶B抗体 | Monosan | MON7029C | |
| 抗人Ki67抗体 | Spring | MA5-14520 | |
| 抗泛细胞角蛋白抗体 | Dako | M351501-2 | |
| 抗CD8抗体 | Cell Marque | 108R-16 | |
| 抗CD4抗体 | Cell Marque | 104R-16 | |
| 抗FOXP3抗体 | Abcam | AB20034 | |
| 抗人CD56抗体 | Cell Marque | 156R-94 | |
| 抗pSTING抗体 | BioConcept | 50907S | |
| 抗gH2Ax抗体 | Millipore | 05-636 | |
| 抗pSTAT抗体 | Cell Signaling Technology | 39205 | |
| 抗CD11c抗体 | Cell Marque | 111M-14 | |
| 抗CD19抗体 | Novocastra | NCL-L-CD19-163 | |
| 抗CD68抗体 | Dako | IR61361-2 | |
| 多重免疫荧光图像采集 | PhenoImager | Akoya Biosciences | -- |
| RNA提取 | TRIzol | -- | -- |
| 组织研磨仪 | Invitrogen | -- | |
| RNeasy Mini试剂盒 | QIAGEN | -- | |
| RNeasy Micro试剂盒 | QIAGEN | -- | |
| RNA质量评估 | NanoDrop分光光度计 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Fragment Analyzer | Agilent Technologies | -- | |
| RNA定量 | Qubit HS RNA检测试剂盒 | Invitrogen | -- |
| RNA建库测序 | Illumina TruSeq链特异性总RNA试剂盒 | Illumina | -- |
| NovaSeq测序仪 | Illumina | -- | |
| RNA建库测序(低输入量) | Ovation RNA-Seq系统V2 | TECAN | -- |
| Illumina DNA Prep试剂盒 | Illumina | -- | |
| scRNA-seq组织处理 | 胶原酶I | -- | -- |
| 胶原酶IV | -- | -- | |
| 脱氧核糖核酸酶I | -- | -- | |
| RNasin(核糖核酸酶抑制剂) | -- | -- | |
| FACS分选 | MoFlo Astrios | Beckman Coulter | -- |
| scRNA-seq建库 | Chromium | 10x Genomics | -- |
| Next GEM单细胞5'文库和凝胶珠试剂盒1.1版 | 10x Genomics | -- | |
| Qubit dsDNA HS检测试剂盒 | Invitrogen | -- | |
| scRNA-seq测序 | HiSeq 4000测序仪 | Illumina | -- |
| NovaSeq 6000测序仪 | Illumina | -- | |
| 靶向DNA测序 | Maxwell 16 FFPE Plus LEV DNA纯化试剂盒 | Promega | -- |
| Maxwell 16 LEV血液DNA试剂盒 | Promega | -- | |
| KAPA HyperPlus文库制备试剂盒 | Roche | -- | |
| ME220聚焦超声仪 | Covaris | -- | |
| xGen Lockdown探针 | Integrated DNA Technologies | -- | |
| MiSeq测序仪 | Illumina | -- | |
| NextSeq 550测序仪 | Illumina | -- | |
| PD-L1检测 | Ventana PD-L1 (SP263)克隆 | Ventana | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者入组筛选 | 免疫排斥型表型:上皮内CD8+ T细胞<5个/高倍镜视野(HPF);ECOG PS 0-1;既往治疗线数及类型(包括是否使用过免疫检查点抑制剂) 阅读提示:Patients and Methods - Study participants/patients (入组标准部分) |
| 治疗方案 | LDRT剂量(0.5或1 Gy/次,每周2次,总剂量6或12 Gy);基础药物(纳武利尤单抗、伊匹木单抗、环磷酰胺、阿司匹林或塞来昔布)的给药剂量和频率;队列3中是否联合环磷酰胺或伊匹木单抗 阅读提示:Patients and Methods - Cohorts 1 and 2, Cohorts 3, arms A and B; Figure 1A |
| 活检与样本采集 | 配对活检来源于同一照射病灶,治疗前和第10天;第10天活检在ICB给药前;部分样本来源不同病灶(如患者3) 阅读提示:Results - Exploratory outcomes - Biopsied metastases responses; Figure S2A |
| TME分析(IHC和mIF) | 抗体克隆号、稀释度、抗原修复条件、染色平台(Ventana)、图像分析软件(IFQuant) 阅读提示:Patients and Methods - IHC, tumor-infiltrating lymphocyte assessment, and scoring; Multispectral immunofluorescence tissue staining and image analyses |
| 转录组分析 | 测序平台(NovaSeq 6000);比对参考基因组(GRCh37或GRCh38);数据分析软件版本(STAR, edgeR, Seurat等) 阅读提示:Patients and Methods - Bulk RNA processing and sequencing; scRNA-seq processing |