模型建立与验证
建立肝细胞特异性PPARγ敲除小鼠模型,并验证敲除效率。
通过AAV8-TBG-Cre注射PPARγflox/flox小鼠,对照注射AAV8-TBG-GFP,喂食FFD 2或5个月,通过Western blot验证PPARγ蛋白敲除。
Hepatocyte-specific PPARγ Deletion Uncovers Role of an Antagonistic PPARγ-HNF4α Transcriptional Axis in Metabolic Dysfunction-Associated Steatotic Liver Disease Progression
包含体外模型(小鼠原代细胞?)、动物模型(FFD小鼠)、患者样本分析(单核RNA测序数据)、组学分析(RNA-seq)、机制验证(ChIP)等多个证据层级。
小鼠快餐饮食(FFD)模型 肝细胞特异性PPARγ敲除小鼠 MASLD患者肝细胞(单核RNA测序数据)
肝细胞特异性PPARγ敲除的效率和持久性(Western blot) FFD喂养2个月和5个月的时间点 PPARγ和HNF4α在Hnf4a基因调控区的直接结合(ChIP) GTT和ITT的禁食时间和剂量
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立肝细胞特异性PPARγ敲除小鼠模型,并验证敲除效率。
通过AAV8-TBG-Cre注射PPARγflox/flox小鼠,对照注射AAV8-TBG-GFP,喂食FFD 2或5个月,通过Western blot验证PPARγ蛋白敲除。
评估PPARγ敲除对肝脂肪变性、肝损伤、纤维化和葡萄糖稳态的影响。
通过组织学染色(HE、Oil Red O、Sirius Red)评估脂肪变性和纤维化,检测血清ALT/AST、胆固醇、甘油三酯,进行GTT和ITT。
比较PPARγ敲除和对照肝脏的基因表达,鉴定差异基因和通路。
提取肝脏RNA,进行RNA-seq,使用IPA和DAVID进行通路和上游调控因子分析。
验证PPARγ对Hnf4a的直接转录调控及HNF4α与PPARγ的共调控。
通过ChIP检测PPARγ和HNF4α在Hnf4a基因-6.3kb增强子区的结合,并整合公共ChIP-seq数据与RNA-seq数据分析HNF4α和PPAR共结合靶基因。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物模型建立 | AAV8-TBG-PI-Cre-rBG | Addgene | 107787-AAV8 |
| AAV8-TBG-PI-eGFP-WPRE-bGH | Addgene | 105535-AAV8 | |
| 动物饲养 | 快餐饮食 | Envigo | TD.88137 |
| 组织学染色 | Direct Red 80 | MilliporeSigma (Sigma-Aldrich) | 365548 |
| 油红O试剂盒 | StatLab Medical Products | KTORO | |
| 免疫组织化学 | α-平滑肌肌动蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 19245 |
| 肝甘油三酯定量 | Infinity甘油三酯试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 蛋白质印迹 | NuPAGE 4-12% Bis-Tris凝胶 | Invitrogen | -- |
| 聚偏二氟乙烯膜 | MilliporeSigma | -- | |
| GAPDH抗体 | Cell Signaling Technology | 5174S | |
| FASN抗体 | Cell Signaling Technology | 3180S | |
| ACC抗体 | Cell Signaling Technology | 3676S | |
| ACLY抗体 | Cell Signaling Technology | 4332S | |
| PPARγ抗体 | Cell Signaling Technology | 2435S | |
| SCD-1抗体 | Cell Signaling Technology | 2794S | |
| β-肌动蛋白-HRP抗体 | Cell Signaling Technology | 12262S | |
| SREBP-1抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-13551 | |
| TGF-β1抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-146 | |
| LPL抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-373759 | |
| HNF4α抗体 | R&D Systems | PP-H1415-00 | |
| PLIN2抗体 | Abcam | ab108323 | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | MilliporeSigma | -- |
| 染色质免疫沉淀 | truChIP染色质剪切组织试剂盒(含甲醛) | Covaris | 520237 |
| 自适应聚焦声学超声仪 | Covaris | -- | |
| ChIP-IT高灵敏度试剂盒 | Active Motif | 53040 | |
| PPARγ抗体 | Cell Signaling Technology | 2435 | |
| HNF4α抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-8987x |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型建立 | 雄性PPARγflox/flox小鼠(8周龄),AAV8-TBG-Cre或AAV8-TBG-GFP病毒滴度和注射方式(2.5×10^11病毒颗粒/只,腹腔注射),FFD饮食配方(高脂、胆固醇、蔗糖)及高果糖-葡萄糖饮用水,喂养时间(2或5个月) 阅读提示:Materials and Methods: Animal Models and Experimental Design |
| 代谢表型分析 | 血清ALT、AST、胆固醇、甘油三酯检测,GTT(禁食8小时,2 g/kg葡萄糖),ITT(禁食4小时,0.5 U/kg胰岛素),血糖测量时间点 阅读提示:Materials and Methods: Glucose and Insulin Tolerance Tests, Serum Biochemistry and Histology |
| 转录组分析 | RNA提取方法(TRIzol),测序平台(Novogene,mm10),DEG阈值(P<0.05,倍数≥1.3),通路分析工具(IPA、DAVID) 阅读提示:Materials and Methods: RNA Sequencing and Bioinformatics |
| 机制验证(ChIP) | ChIP实验条件(抗体用量、染色质量、超声处理),Hnf4a基因-6.3kb增强子引物,对照区域(-0.06kb),数据归一化方法 阅读提示:Materials and Methods: Chromatin Immunoprecipitation, Results: PPARγ Regulates HNF4α during MASLD |