P-CoA升高的功能验证
验证细胞内P-CoA/PLC池升高是否促进前列腺癌细胞生长和定植。
使用PLC处理或PCCA敲低升高P-CoA,在2D培养、3D球体、类器官和异种移植模型中评估对细胞增殖、球体生长、肿瘤生长和肺定植的影响。
Isoleucine and valine promote prostate cancer progression via propionyl-CoA-mediated cholesterol metabolism
包含体外细胞模型、3D球体/类器官、小鼠异种移植模型及患者样本代谢组学分析,并通过基因敲低、回补实验、同位素示踪和免疫印迹进行了功能与机制验证。
LNCaP细胞 C4-2细胞 小鼠前列腺类器官 裸鼠皮下异种移植瘤模型
LNCaP、C4-2等前列腺癌细胞系的使用及培养条件 PLC处理浓度200μM及处理时间 异亮氨酸和缬氨酸限制饮食(正常水平的25%) PCCA、ACAT1、ALDH6A1等基因的敲低及效果验证 胆固醇合成和雄激素水平的检测方法
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证细胞内P-CoA/PLC池升高是否促进前列腺癌细胞生长和定植。
使用PLC处理或PCCA敲低升高P-CoA,在2D培养、3D球体、类器官和异种移植模型中评估对细胞增殖、球体生长、肿瘤生长和肺定植的影响。
确定前列腺癌细胞中P-CoA的主要代谢来源。
通过培养基去除不同氨基酸、13C同位素示踪和基因敲低,检测细胞内PLC和P-CoA水平,并验证异亮氨酸和缬氨酸缺乏对体内肿瘤的影响。
研究P-CoA升高是否选择性促进胆固醇合成。
通过RNA-seq分析PCCA敲低后的转录组,并进行脂质组学分析,检测游离胆固醇和胆固醇酯水平,以及胆固醇合成基因的表达。
阐明P-CoA如何调控核SREBP2的稳定性和活性。
通过免疫印迹、免疫沉淀、质谱分析和突变体实验,检测SREBP2的丙酰化、泛素化水平和蛋白稳定性,并鉴定关键赖氨酸残基。
验证P-CoA介导的胆固醇合成是否促进雄激素生成和AR信号,并参与去势抵抗。
检测细胞内睾酮和DHT水平,使用CYP11A1敲低和ODM-208抑制雄激素合成,评估在雄激素剥夺条件下的增殖和AR靶基因表达。
探讨P-CoA介导的AR激活是否促进中性脂质积累和脂滴形成。
使用AdipoRed染色检测中性脂质水平,检测perilipin 2表达,并在体内异种移植瘤中评估脂质积累。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Corning | -- |
| 胎牛血清 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | -- | |
| 多聚赖氨酸 | Sigma-Aldrich | P1274 | |
| DMEM培养基 | Gibco | -- | |
| 脂蛋白缺乏胎牛血清 | Alfa Aesar | -- | |
| 无脂肪酸牛血清白蛋白 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 活性炭/葡聚糖处理胎牛血清 | Omega Scientific | FB-04 | |
| 类器官培养 | CellTiter-Glo 3D细胞活力检测试剂盒 | Promega | G9683 |
| 药物处理 | 美伐他汀 | Cayman Chemical | 10010340 |
| 25-羟基胆固醇 | Selleck Chemicals | S8091 | |
| 白桦脂醇 | MedChemExpress | HY-N0083 | |
| PF-429242 | Cayman Chemical | 15140 | |
| ODM-208 | Selleck Chemicals | E1650 | |
| 恩杂鲁胺 | Selleck Chemicals | S1250 | |
| 脂质染色 | AdipoRed试剂 | Lonza | PT-7009 |
| 免疫荧光 | 抗perilipin 2抗体 | Cell Signalling Technology | -- |
| Alexa Fluor 488偶联二抗 | -- | -- | |
| Dako荧光封片剂 | Agilent Technologies | -- | |
| 免疫组化 | 抗Ki-67抗体 | Cell Signalling Technology | -- |
| VECTASTAIN ABC试剂 | Vector Laboratories | -- | |
| 球体培养 | 超低吸附96孔板 | S-Bio | MS-9096UZ |
| 免疫印迹 | NE-PER核和胞质提取试剂 | Thermo Fisher Scientific | 78833 |
| DC蛋白定量试剂盒II | Bio-Rad | -- | |
| 免疫沉淀 | 抗FLAG M2亲和凝胶 | Sigma-Aldrich | A2220 |
| 免疫印迹 | 硝酸纤维素膜 | GE Healthcare | -- |
| Odyssey封闭缓冲液 | LI-COR | -- | |
| 驴抗兔二抗 | LI-COR Biosciences | 926-32213 | |
| 驴抗小鼠二抗 | LI-COR Biosciences | 926-32212 | |
| 蛋白泛素化分析 | MG132 | -- | -- |
| 抗泛素抗体 | Cell Signalling Technology | 58395 | |
| RNA提取 | PureLink RNA小提试剂盒 | Ambion/Life Technologies | -- |
| DNase I | Sigma-Aldrich | -- | |
| cDNA合成 | iScript cDNA合成试剂盒 | Bio-Rad | -- |
| qPCR | SYBR Green预混液 | Life Technologies | -- |
| QuantStudio 6实时荧光定量PCR系统 | Life Technologies | -- | |
| 基因沉默 | psPAX2包装质粒 | Addgene | 12260 |
| pMD2.G包膜质粒 | Addgene | 12259 | |
| X-tremeGENE HP DNA转染试剂 | Roche | -- | |
| 聚凝胺 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 嘌呤霉素 | Sigma-Aldrich | -- | |
| Lipofectamine RNAiMAX转染试剂 | Invitrogen | 13778075 | |
| 基因过表达 | pLenti6.3-SREBP2-V5质粒 | DNASU | HsCD00954081 |
| Phusion高保真DNA聚合酶 | Thermo Fisher Scientific | F530L | |
| pENTR-FS-N载体 | -- | -- | |
| pENTR4载体 | Addgene | 17424 | |
| XhoI限制性内切酶 | NEB | R0146S | |
| XbaI限制性内切酶 | NEB | R0145S | |
| pLenti-CMV-puro DEST载体 | Addgene | 17452 | |
| LR Clonase II酶混合物 | Thermo Fisher Scientific | 11791-100 | |
| 定点突变 | Q5定点突变试剂盒 | New England Biolabs | E0554 |
| IG 5-α化学感受态细胞 | Intact Genomics | 1031-24 | |
| QIAprep质粒小提试剂盒 | QIAGEN | 27106 | |
| 基因过表达 | pcDNA3.1-2×FLAG-SREBP1a质粒 | Addgene | 26801 |
| pShuttle-CMV-FLAG-SREBP-1c质粒 | Addgene | 237348 | |
| pcDNA3.1-2×FLAG-SREBP2质粒 | Addgene | 26807 | |
| Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | 11668019 | |
| 代谢物分析 | 安捷伦1290液相色谱系统 | Agilent | -- |
| 安捷伦6530四极杆飞行时间质谱仪 | Agilent | -- | |
| Bio-Bond C4色谱柱 | -- | -- | |
| 靶向代谢组学 | Q Exactive Orbitrap质谱仪 | Thermo Scientific | -- |
| Vanquish超高效液相色谱系统 | Thermo Scientific | -- | |
| Sequant ZIC-pHILIC色谱柱 | Millipore Sigma | -- | |
| 同位素示踪 | [U-13C6]-L-异亮氨酸 | Cayman Chemical | 9004090 |
| [U-13C5]-L-缬氨酸 | MedChemExpress | HY-N0717S6 | |
| 短链酰基辅酶A分析 | Imtakt Cadenza CD-C18色谱柱 | Imtakt | -- |
| 脂质组学 | MS-DIAL软件 | -- | -- |
| 胆固醇定量 | 胆固醇/胆固醇酯-Glo检测试剂盒 | Promega | J3191 |
| 类固醇测量 | 安捷伦6546四极杆飞行时间质谱仪 | Agilent | -- |
| Kinetex C18色谱柱 | Phenomenex | -- | |
| D3-双氢睾酮 | -- | -- | |
| 13C-胆固醇 | MedChemExpress | HY-N0322S5 | |
| 胆固醇-d4 | MedChemExpress | HY-N0322S6 | |
| RNA-seq | TruSeq链特异性mRNA样品文库制备试剂盒 | Illumina | -- |
| NovaSeq 6000测序仪 | Illumina | -- | |
| 2100生物分析仪 | Agilent Technologies | -- | |
| NanoDrop分光光度计 | Thermo Fisher Scientific | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | LNCaP、C4-2、C4-2B、22Rv1、PC3、DU145等细胞系的来源和培养条件(培养基、血清浓度、抗生素) 阅读提示:Methods: Cell culture |
| 药物处理 | PLC和LC的浓度(通常200μM)及处理时间;美伐他汀、25-HC、白桦脂醇、PF-429242、ODM-208、恩杂鲁胺等药物的浓度和溶剂 阅读提示:Methods: Drug treatment |
| 氨基酸限制 | 培养基中异亮氨酸和缬氨酸的去除或减少(如25%标准浓度);培养基补充10%透析FBS 阅读提示:Methods: Medium nutrient manipulation |
| 基因敲低 | siRNA和shRNA的靶基因、转染浓度(30nM)、转染试剂(Lipofectamine RNAiMAX)及敲低时间 阅读提示:Methods: Gene silencing |
| 体内实验 | 小鼠品系、周龄、饲养条件;细胞注射数量、途径;异亮氨酸/缬氨酸限制饮食的配方;观察时间 阅读提示:Methods: Animals |
| 胆固醇和类固醇检测 | 检测试剂盒(Cholesterol/Cholesterol Ester-Glo Assay)、样本细胞数、检测步骤;LC-MS参数和内部标准品 阅读提示:Methods: Cholesterol and cholesteryl ester quantification; Steroid measurements |