共生菌来源的乙酰胆碱增强黏膜免疫教育

Commensal-derived acetylcholine enhances mucosal immune education

作者信息Deguang Song, Brianna Duncan-Lowey, Varnica Khetrapal, Randy Hamchand, Tong Deng, Hailey Brown, Anchi Wu, Anjelica L Martin, Kaylyn M Bauer, Yanyu Zhao, Mytien T Nguyen, Nicole D Sonnert, Shana R Leopold, Qihao Wu, Jason M Crawford, Noah W Palm
PMID42236946
期刊Nature
发布时间2026-07
DOI10.1038/s41586-026-10592-7

实验完整度

实验包含GPCR筛选、体外酶学鉴定、基因敲除突变体构建、小鼠体内功能和机制验证(定植、肠道运动、免疫表型、感染保护、菌群分析),涵盖多层级证据链。

主要模型

GF小鼠单菌定植模型 SPF小鼠定植模型 短双歧杆菌NWP289及其Δchat突变体 多重GPCR筛选报告细胞系

重点核对

细菌菌株和培养条件:100株系统发育多样的菌株,厌氧或需氧培养 体内定植条件:GF小鼠单菌定植2周 乙酰胆碱检测:质谱定量 GPCR激活检测:PRESTO-Salsa和PRESTO-Tango B. breve突变体构建:BbChAT基因插入失活

摘要

微生物群产生数千种具有潜在生物活性的小分子1–3。体外共生菌培养的高通量生物活性筛选已揭示了通过激活多种G蛋白偶联受体(GPCRs)来影响宿主生理的微生物代谢物4–7。然而,由于技术限制,体内代谢组的GPCRome-wide生物活性(由复杂的饮食-微生物-宿主相互作用产生)仍不清楚。在这里,我们使用一种多重GPCR筛选技术来评估在无菌小鼠体内单菌定植或在细菌培养基中体外生长的100种共生菌株的GPCRome-wide生物活性。体内和体外的共生代谢组表现出不同的GPCR激活模式,原因是:(1)宿主介导的代谢物降解;(2)体内微生物代谢重编程;(3)饮食底物的生物转化。值得注意的是,我们发现多种共生菌株通过转化饮食中的胆碱在体内产生乙酰胆碱(ACh),包括在生命早期主导微生物组的特定双歧杆菌菌株和一株益生菌片球菌菌株。在机制上,我们鉴定并表征了介导短双歧杆菌和戊糖片球菌中这种生物转化的细菌酶,并产生了一个缺乏ACh生产的等基因突变体短双歧杆菌菌株。定植了产生ACh的短双歧杆菌的小鼠表现出增强的肠道免疫球蛋白A(IgA)产生、改变的微生物群组成和对肠道感染的抵抗力增强。这些发现强调了体内环境对微生物群代谢的深远影响,并揭示了一个增强黏膜免疫防御和强化宿主-微生物互惠的饮食-微生物组-宿主轴。 主题词:微生物组,黏膜免疫学 一个饮食-微生物组-宿主轴增强黏膜免疫防御并强化宿主-微生物互惠。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
体内共生菌代谢组与体外培养代谢组在GPCR激活模式上的差异及其对宿主生理的影响。
核心机制
短双歧杆菌等共生菌通过新型细菌胆碱乙酰转移酶(BbChAT/PpChAT)将膳食胆碱转化为乙酰胆碱,后者通过烟碱型乙酰胆碱受体增强肠道IgA产生和菌群生态,增强宿主对肠道感染的抵抗力。
主要证据
使用PRESTO-Salsa和PRESTO-Tango筛选发现体内而非体外代谢组激活CHRM4;质谱检测到体内ACh;体外酶学实验证实BbChAT/PpChAT催化aach合成;Δchat突变体证实其必需性;体内实验(单菌和SPF模型)显示WT B. breve增强IgA产生、改变菌群组成并提高对S. Tm ΔssaV的抵抗力。
研究意义
揭示饮食-微生物组-宿主轴通过微生物产生的ACh增强黏膜免疫防御并强化宿主-微生物互惠,为理解微生物代谢在宿主生理中的作用提供了新视角。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

构建体内外代谢组库

比较100种共生菌在体外培养和体内定植条件下产生的代谢物谱差异。

将100株菌分别体外培养并用三种溶剂提取代谢物;同时将各菌株单菌定植于GF小鼠,2周后收集盲肠内容物提取代谢物,共获得597个代谢组库。

2

GPCRome筛选

比较体内外代谢组对几乎所有非嗅觉GPCR的激活模式,识别体内特有的GPCR激活。

使用PRESTO-Salsa技术将597个代谢组筛选314个GPCR,并分析差异激活的GPCR。

3

鉴定ACh产生菌株

确认哪些共生菌在体内产生ACh并激活CHRM4,排除体外培养的干扰。

从筛选结果中选出多个激活CHRM4的菌株(如B. longum、B. caccae、P. pentosaceus等),用PRESTO-Tango验证,并用质谱检测盲肠内容物中的ACh。

4

体外ACh合成确认

验证菌株在体外培养时是否缺乏ACh合成所需的前体(胆碱),以及补充胆碱后能否恢复ACh产生。

将菌株在含有1 mM胆碱的GMM培养基中培养,检测CHRM4激活和ACh产量。

5

酶学表征

鉴定并表征催化ACh合成的细菌酶。

从B. breve NWP289和P. pentosaceus NP38基因组中预测并克隆候选乙酰转移酶,重组表达纯化,体外酶活测定验证ACh合成。

6

构建Δchat突变体

构建BbChAT基因失活的B. breve突变体,用于验证该基因在ACh合成中的必要性。

利用非复制型质粒pFREM28在B. breve中插入失活BbChAT基因,PCR和测序确认,并验证突变体丧失ACh产生能力。

7

体内功能验证

评估ACh产生对小鼠肠道生理和免疫的影响。

将GF小鼠或SPF小鼠定植WT或Δchat B. breve,配合AChEi处理,检测肠道运动、IgA产生、IgA包被细菌、菌群组成和抗感染能力。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
肠道菌群培养基----
强化梭菌培养基----
MRS培养基----
胆碱Sigma-AldrichC1879
利斯的明TCI AmericaR0093
美加明Cayman Chemical14602
4-DAMPCayman Chemical14574
DMEM培养基----
胎牛血清GeminiBio100-106
青霉素-链霉素Gibco15140122
嘌呤霉素Sigma-AldrichP8833
PEI Max转染试剂Polysciences24765
多聚-D-赖氨酸Thermo Fisher ScientificA3890401
RNeasy 96 试剂盒Qiagen74181
iScript cDNA合成试剂盒Bio-Rad1708891
QIAquick凝胶回收试剂盒Qiagen28704
Illumina NovaSeq 6000测序仪Illumina--
Bright-Glo荧光素酶检测系统PromegaE2620
Agilent iFunnel 6550 四极杆飞行时间质谱仪Agilent--
Agilent 1290 Infinity 高效液相色谱系统Agilent--
Phenomenex Kinetex C18 色谱柱Phenomenex--
DNeasy UltraClean微生物DNA提取试剂盒Qiagen12224-250
Nextera XT DNA文库制备试剂盒IlluminaFC-131-1024
Ni-NTA树脂Qiagen30230
3 kDa截留超滤管MilliporeUFC500324
Azure c200成像系统Azure Biosystems--
ZymoPURE II质粒中提试剂盒ZymoD4201
Amicon 30 kDa超滤离心管Sigma-AldrichUFC503024
RNAprotect细菌RNA保护试剂Qiagen76506
RNeasy Mini试剂盒Qiagen74106
IV型胶原酶Gibco17104019
脱氧核糖核酸酶ISigma-Aldrich10104159001
Percoll分离液----
Chromium Next GEM单细胞5'试剂盒v210x GenomicsPN-1000263
近红外活/死细胞染料InvitrogenL34976
Fc受体阻断剂BioLegend156604
抗CD45抗体BioLegend103149
抗B220抗体BioLegend103243
抗CD19抗体BioLegend115534
抗TACI抗体BioLegend133403
抗CD138抗体BioLegend142507
抗IgA抗体Thermo Fisher Scientific17-4204-82
抗IgM抗体eBioscience11-5790-81
CytoFLEX流式细胞仪Beckman Coulter--
SYTO9绿色荧光核酸染料Thermo Fisher ScientificS34854
抗小鼠IgA捕获抗体Abcamab97231
小鼠IgA标准品BD Biosciences553476
HRP标记的山羊抗小鼠IgASigma-AldrichA4789
TMB底物Thermo Fisher Scientific34022
小鼠Lipocalin-2 DuoSet ELISA试剂盒R&D SystemsDY1857
MagAttract PowerSoil DNA提取试剂盒Qiagen27100-4-EP
KAPA文库定量试剂盒Roche DiagnosticsKK4835
MiSeq试剂盒v2(500循环)IlluminaMS-102-2003
新霉素Sigma-AldrichN1876
甲硝唑Sigma-AldrichM1547
万古霉素Gold BiotechnologyV-200-25
潮霉素BInvitrogen10687010
氯化胆碱----
乙酰辅酶A----
酪胺标准品----
组胺标准品----
乙酰胆碱标准品----
琥珀酸标准品----
血清采集管SAI Infusion TechnologyPMTS-SG-1.1
Teklad 2018S 饲料Teklad--
微隔离笼具(ISO72P)Tecniplast--
螺帽管(72.693.005)Sarstedt--
尼龙网(100 μm)----

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
代谢组制备
细菌培养的培养基组成(GMM是否含胆碱)、培养时间(48h)、体内定植时间(2周)、提取溶剂和流程。
阅读提示:Methods: 'Bacterial growth and generation of in vitro bacterial metabolite libraries' 和 'Gnotobiotic mice and generation of in vivo bacterial metabolite libraries'
GPCR筛选
PRESTO-Salsa报告细胞系培养条件、转染量、代谢物刺激时间(9h)、RNA提取和cDNA合成方案。
阅读提示:Methods: 'Multiplexed GPCRome bioactivity screening'
ACh合成验证
体外酶活反应条件(胆碱、乙酰-CoA浓度、反应时间温度)、质谱定量方法、突变体构建策略。
阅读提示:Methods: 'Acetyltransferase in vitro assay' 和 'Construction of B. breve ChAT disruption strain'
小鼠定植实验
小鼠品系、周龄、性别、无菌状态、定植菌株和剂量、定植时间(2周或5周)、饮水补充剂(HMOs、胆碱、AChEi等)的浓度。
阅读提示:Methods: 'Mouse experiments' 和 'Chemical supplementation in mouse drinking water'
免疫表型检测
细胞分离方案、抗体克隆号和稀释度、流式细胞仪设置、IgA ELISA步骤和标准品。
阅读提示:Methods: 'LP immune cell isolation', 'Flow cytometry', 'IgA ELISA'
菌群分析
DNA提取方法、16S rRNA V4区扩增引物、测序平台和数据处理流程。
阅读提示:Methods: 'Bacterial 16S rRNA-seq'
感染实验
S. Tm ΔssaV菌株来源、培养条件、感染剂量(2×10^5 CFU/小鼠)、感染后取样时间点、CFU计数方法。
阅读提示:Methods: 'S. Tm ΔssaV infection'