构建体内外代谢组库
比较100种共生菌在体外培养和体内定植条件下产生的代谢物谱差异。
将100株菌分别体外培养并用三种溶剂提取代谢物;同时将各菌株单菌定植于GF小鼠,2周后收集盲肠内容物提取代谢物,共获得597个代谢组库。
Commensal-derived acetylcholine enhances mucosal immune education
实验包含GPCR筛选、体外酶学鉴定、基因敲除突变体构建、小鼠体内功能和机制验证(定植、肠道运动、免疫表型、感染保护、菌群分析),涵盖多层级证据链。
GF小鼠单菌定植模型 SPF小鼠定植模型 短双歧杆菌NWP289及其Δchat突变体 多重GPCR筛选报告细胞系
细菌菌株和培养条件:100株系统发育多样的菌株,厌氧或需氧培养 体内定植条件:GF小鼠单菌定植2周 乙酰胆碱检测:质谱定量 GPCR激活检测:PRESTO-Salsa和PRESTO-Tango B. breve突变体构建:BbChAT基因插入失活
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
比较100种共生菌在体外培养和体内定植条件下产生的代谢物谱差异。
将100株菌分别体外培养并用三种溶剂提取代谢物;同时将各菌株单菌定植于GF小鼠,2周后收集盲肠内容物提取代谢物,共获得597个代谢组库。
比较体内外代谢组对几乎所有非嗅觉GPCR的激活模式,识别体内特有的GPCR激活。
使用PRESTO-Salsa技术将597个代谢组筛选314个GPCR,并分析差异激活的GPCR。
确认哪些共生菌在体内产生ACh并激活CHRM4,排除体外培养的干扰。
从筛选结果中选出多个激活CHRM4的菌株(如B. longum、B. caccae、P. pentosaceus等),用PRESTO-Tango验证,并用质谱检测盲肠内容物中的ACh。
验证菌株在体外培养时是否缺乏ACh合成所需的前体(胆碱),以及补充胆碱后能否恢复ACh产生。
将菌株在含有1 mM胆碱的GMM培养基中培养,检测CHRM4激活和ACh产量。
鉴定并表征催化ACh合成的细菌酶。
从B. breve NWP289和P. pentosaceus NP38基因组中预测并克隆候选乙酰转移酶,重组表达纯化,体外酶活测定验证ACh合成。
构建BbChAT基因失活的B. breve突变体,用于验证该基因在ACh合成中的必要性。
利用非复制型质粒pFREM28在B. breve中插入失活BbChAT基因,PCR和测序确认,并验证突变体丧失ACh产生能力。
评估ACh产生对小鼠肠道生理和免疫的影响。
将GF小鼠或SPF小鼠定植WT或Δchat B. breve,配合AChEi处理,检测肠道运动、IgA产生、IgA包被细菌、菌群组成和抗感染能力。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细菌培养 | 肠道菌群培养基 | -- | -- |
| 强化梭菌培养基 | -- | -- | |
| MRS培养基 | -- | -- | |
| 小鼠饮水补充 | 胆碱 | Sigma-Aldrich | C1879 |
| 药物处理 | 利斯的明 | TCI America | R0093 |
| 美加明 | Cayman Chemical | 14602 | |
| 4-DAMP | Cayman Chemical | 14574 | |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | GeminiBio | 100-106 | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | 15140122 | |
| 嘌呤霉素 | Sigma-Aldrich | P8833 | |
| 转染 | PEI Max转染试剂 | Polysciences | 24765 |
| 细胞培养板涂层 | 多聚-D-赖氨酸 | Thermo Fisher Scientific | A3890401 |
| RNA提取 | RNeasy 96 试剂盒 | Qiagen | 74181 |
| cDNA合成 | iScript cDNA合成试剂盒 | Bio-Rad | 1708891 |
| 凝胶回收 | QIAquick凝胶回收试剂盒 | Qiagen | 28704 |
| 测序 | Illumina NovaSeq 6000测序仪 | Illumina | -- |
| 荧光素酶检测 | Bright-Glo荧光素酶检测系统 | Promega | E2620 |
| 质谱分析 | Agilent iFunnel 6550 四极杆飞行时间质谱仪 | Agilent | -- |
| 液相色谱 | Agilent 1290 Infinity 高效液相色谱系统 | Agilent | -- |
| 色谱柱 | Phenomenex Kinetex C18 色谱柱 | Phenomenex | -- |
| DNA提取 | DNeasy UltraClean微生物DNA提取试剂盒 | Qiagen | 12224-250 |
| 建库 | Nextera XT DNA文库制备试剂盒 | Illumina | FC-131-1024 |
| 蛋白纯化 | Ni-NTA树脂 | Qiagen | 30230 |
| 蛋白浓缩 | 3 kDa截留超滤管 | Millipore | UFC500324 |
| 蛋白凝胶成像 | Azure c200成像系统 | Azure Biosystems | -- |
| 质粒构建 | ZymoPURE II质粒中提试剂盒 | Zymo | D4201 |
| 质粒浓缩 | Amicon 30 kDa超滤离心管 | Sigma-Aldrich | UFC503024 |
| RNA保护 | RNAprotect细菌RNA保护试剂 | Qiagen | 76506 |
| RNA提取 | RNeasy Mini试剂盒 | Qiagen | 74106 |
| 肠道组织消化 | IV型胶原酶 | Gibco | 17104019 |
| 脱氧核糖核酸酶I | Sigma-Aldrich | 10104159001 | |
| 细胞分离 | Percoll分离液 | -- | -- |
| 单细胞测序 | Chromium Next GEM单细胞5'试剂盒v2 | 10x Genomics | PN-1000263 |
| 流式细胞术 | 近红外活/死细胞染料 | Invitrogen | L34976 |
| Fc受体阻断剂 | BioLegend | 156604 | |
| 抗CD45抗体 | BioLegend | 103149 | |
| 抗B220抗体 | BioLegend | 103243 | |
| 抗CD19抗体 | BioLegend | 115534 | |
| 抗TACI抗体 | BioLegend | 133403 | |
| 抗CD138抗体 | BioLegend | 142507 | |
| 抗IgA抗体 | Thermo Fisher Scientific | 17-4204-82 | |
| 抗IgM抗体 | eBioscience | 11-5790-81 | |
| CytoFLEX流式细胞仪 | Beckman Coulter | -- | |
| 细菌染色 | SYTO9绿色荧光核酸染料 | Thermo Fisher Scientific | S34854 |
| IgA ELISA | 抗小鼠IgA捕获抗体 | Abcam | ab97231 |
| 小鼠IgA标准品 | BD Biosciences | 553476 | |
| HRP标记的山羊抗小鼠IgA | Sigma-Aldrich | A4789 | |
| ELISA | TMB底物 | Thermo Fisher Scientific | 34022 |
| LCN2 ELISA | 小鼠Lipocalin-2 DuoSet ELISA试剂盒 | R&D Systems | DY1857 |
| DNA提取 | MagAttract PowerSoil DNA提取试剂盒 | Qiagen | 27100-4-EP |
| qPCR定量 | KAPA文库定量试剂盒 | Roche Diagnostics | KK4835 |
| 16S测序 | MiSeq试剂盒v2(500循环) | Illumina | MS-102-2003 |
| 抗生素处理 | 新霉素 | Sigma-Aldrich | N1876 |
| 甲硝唑 | Sigma-Aldrich | M1547 | |
| 万古霉素 | Gold Biotechnology | V-200-25 | |
| 细胞培养 | 潮霉素B | Invitrogen | 10687010 |
| 酶活缓冲液 | 氯化胆碱 | -- | -- |
| 乙酰辅酶A | -- | -- | |
| 质谱定量 | 酪胺标准品 | -- | -- |
| 组胺标准品 | -- | -- | |
| 乙酰胆碱标准品 | -- | -- | |
| 琥珀酸标准品 | -- | -- | |
| 血清采集 | 血清采集管 | SAI Infusion Technology | PMTS-SG-1.1 |
| 动物饲养 | Teklad 2018S 饲料 | Teklad | -- |
| 微隔离笼具(ISO72P) | Tecniplast | -- | |
| 细菌接种 | 螺帽管(72.693.005) | Sarstedt | -- |
| 免疫细胞分离 | 尼龙网(100 μm) | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 代谢组制备 | 细菌培养的培养基组成(GMM是否含胆碱)、培养时间(48h)、体内定植时间(2周)、提取溶剂和流程。 阅读提示:Methods: 'Bacterial growth and generation of in vitro bacterial metabolite libraries' 和 'Gnotobiotic mice and generation of in vivo bacterial metabolite libraries' |
| GPCR筛选 | PRESTO-Salsa报告细胞系培养条件、转染量、代谢物刺激时间(9h)、RNA提取和cDNA合成方案。 阅读提示:Methods: 'Multiplexed GPCRome bioactivity screening' |
| ACh合成验证 | 体外酶活反应条件(胆碱、乙酰-CoA浓度、反应时间温度)、质谱定量方法、突变体构建策略。 阅读提示:Methods: 'Acetyltransferase in vitro assay' 和 'Construction of B. breve ChAT disruption strain' |
| 小鼠定植实验 | 小鼠品系、周龄、性别、无菌状态、定植菌株和剂量、定植时间(2周或5周)、饮水补充剂(HMOs、胆碱、AChEi等)的浓度。 阅读提示:Methods: 'Mouse experiments' 和 'Chemical supplementation in mouse drinking water' |
| 免疫表型检测 | 细胞分离方案、抗体克隆号和稀释度、流式细胞仪设置、IgA ELISA步骤和标准品。 阅读提示:Methods: 'LP immune cell isolation', 'Flow cytometry', 'IgA ELISA' |
| 菌群分析 | DNA提取方法、16S rRNA V4区扩增引物、测序平台和数据处理流程。 阅读提示:Methods: 'Bacterial 16S rRNA-seq' |
| 感染实验 | S. Tm ΔssaV菌株来源、培养条件、感染剂量(2×10^5 CFU/小鼠)、感染后取样时间点、CFU计数方法。 阅读提示:Methods: 'S. Tm ΔssaV infection' |