单细胞转录组分析巨噬细胞亚群动态
鉴定急性胰腺炎期间CD11b+髓系细胞中巨噬细胞亚群及其动态变化。
对NaT诱导的AP小鼠模型在多个时间点分离胰腺CD11b+细胞进行scRNA-seq,经无监督聚类和再聚类鉴定出20个亚群,包括两种Trem2hi巨噬细胞亚群。
Triggering Receptor Expressed on Myeloid Cells 2+ Macrophages Promote Pancreatic Regeneration Through Cholesterol-Metabolism Reprogramming and Hedgehog Signaling Activation Following Acute Pancreatitis
包含单细胞转录组、谱系追踪、临床样本及LysMCreTrem2fl/fl小鼠体内功能实验和药物挽救实验。
C57BL/6J小鼠急性胆源性胰腺炎(NaT诱导)模型 小鼠雨蛙素诱导的胰腺再生(RAP)模型 Trem2ΔMye(LysMCreTrem2fl/fl)小鼠 急性胰腺炎患者胰腺组织及外周血样本
NaT诱导AP时逆行输注2.5% NaT以7.5μL/min速率进入胆胰管 雨蛙素给药方案构建RAP模型,最终注射定义为第0天 SAG以10 mg/kg腹腔注射(第0天)激活Hedgehog信号 BMDM极化处理:LPS 100 ng/mL + IFN-γ 10 ng/mL(促炎),IL-4 50 ng/mL(抗炎),处理24小时 Trem2过表达使用腺病毒载体,感染复数为500
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定急性胰腺炎期间CD11b+髓系细胞中巨噬细胞亚群及其动态变化。
对NaT诱导的AP小鼠模型在多个时间点分离胰腺CD11b+细胞进行scRNA-seq,经无监督聚类和再聚类鉴定出20个亚群,包括两种Trem2hi巨噬细胞亚群。
验证TREM2+巨噬细胞是否来源于单核细胞。
利用Ms4a3CreRosatdTomato小鼠和骨髓嵌合体实验,通过流式细胞术和免疫荧光追踪TREM2+巨噬细胞的命运。
评估髓系特异性TREM2缺失对胰腺再生的功能影响。
使用Trem2ΔMye小鼠和对照Trem2fl/fl小鼠诱导RAP模型,通过组织学染色、免疫荧光和增殖标志物分析胰腺再生情况。
探究TREM2对巨噬细胞极化和胆固醇代谢的影响。
对Trem2ΔMye和对照小鼠的胰腺巨噬细胞进行RNA-seq,并在BMDMs中分析极化标志物和胆固醇代谢基因表达。
验证TREM2+巨噬细胞是否通过Dhh激活Hedgehog信号促进再生。
检测Trem2ΔMye小鼠中Dhh表达和Hedgehog通路活性,并通过SAG药理学激活评估对再生的挽救效果。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 诱导急性胰腺炎 | 牛磺胆酸钠 | Sigma-Aldrich | 86,339-5G |
| 诱导胰腺再生模型 | 雨蛙素 | MedChemExpress | HY-A0190 |
| 激活Hedgehog信号 | Smo激动剂 | MedChemExpress | HY-12848 |
| 巨噬细胞极化 | 脂多糖 | -- | -- |
| 干扰素-γ | -- | -- | |
| 白细胞介素-4 | -- | -- | |
| TREM2过表达 | 腺病毒 | -- | -- |
| 单细胞RNA测序 | Chromium单细胞3'试剂v2试剂盒 | 10x Genomics | -- |
| Chromium单细胞控制器 | 10x Genomics | -- | |
| 组织染色 | 柠檬酸盐抗原修复液 | Sangon | E673002 |
| 免疫组织化学 | Vectastain Elite ABC试剂盒 | Vector Laboratories | PK-6101 |
| 免疫印迹 | 硝酸纤维素膜 | Millipore | -- |
| Odyssey CLx成像系统 | LI-COR | -- | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | -- | -- |
| RNeasy Micro试剂盒 | QIAGEN | -- | |
| 反转录 | PrimeScript RT预混液 | TAKARA | RR036A |
| qPCR | TB Green预混液 | TAKARA | RR420A |
| 抗体 | 抗淀粉酶抗体 | Santa Cruz | sc-46657 |
| 抗Ki67抗体 | Abcam | ab16667 | |
| 抗CK19抗体 | Abcam | ab52625 | |
| 抗TREM2抗体 | Abcam | ab305103 | |
| 抗F4/80抗体 | Cell Signaling Technology | 70076S | |
| 抗iNOS抗体 | Proteintech | 18985-1-AP | |
| 抗CD206抗体 | Abcam | ab64693 | |
| 抗F4/80抗体 | Proteintech | 28463-1-AP | |
| 抗CD45抗体 | Cell Signaling Technology | 70257 | |
| 抗CD68抗体 | Cell Signaling Technology | 76437 | |
| 抗Sox9抗体 | Cell Signaling Technology | 82630 | |
| 抗Gli1抗体 | Proteintech | 66905-1-Ig | |
| 抗Dhh单克隆抗体 | Abcam | ab270453 | |
| 抗Smo单克隆抗体 | HUABIO | ER64985 | |
| 抗β-肌动蛋白单克隆抗体 | Affinity | T0022 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 急性胰腺炎模型诱导 | NaT浓度、输注速率、小鼠品系及年龄、禁食状态 阅读提示:Materials and Methods部分“Animal Experiments”小节及Figure 1A-C图注 |
| 胰腺再生模型诱导 | 雨蛙素的剂量和给药方案、注射途径、时间点 阅读提示:Materials and Methods部分“Animal Experiments”小节及Figure 7A图注 |
| TREM2敲除小鼠 | LysMCreTrem2fl/fl (Trem2ΔMye) 小鼠的构建和敲除效率验证 阅读提示:Materials and Methods部分“Mice”小节及Figure 7B图注 |
| BMDM极化 | LPS(100 ng/mL)和IFN-γ(10 ng/mL)或IL-4(50 ng/mL)处理时间24小时 阅读提示:Materials and Methods部分“Isolation and Intervention of Bone Marrow–Derived Macrophages”小节及Figure 8F图注 |
| Hedgehog信号激活 | SAG给药剂量(10 mg/kg)、给药途径(腹腔注射)、给药时间(第0天)和溶剂 阅读提示:Materials and Methods部分“Animal Experiments”小节及Figure 10E图注 |
| 临床样本收集 | 患者纳入标准(修订版Atlanta分类)、排除标准、外周血收集时间窗口(48小时至14天)及sTREM2测量方法 阅读提示:Materials and Methods部分“Human Samples”和“Collection of Peripheral Blood Samples From Patients With Acute Pancreatitis”小节及Table 1 |