临床样本中TREM2表达分析
检测CRC组织中TREM2的表达水平及定位,并分析其与预后的关系。
免疫组化、Western blot和免疫荧光检测CRC及癌旁组织中TREM2表达,结合TCGA数据库分析其与患者生存的相关性。
Elevated Triggering Receptor Expressed on Myeloid Cells 2 Expression in Tumor-Associated Macrophages Suppresses Cytotoxic T Cell Infiltration and Facilitates Immune Escape in Colorectal Cancer
包含临床标本免疫组化、TCGA数据挖掘、体外细胞共培养、Trem2敲除小鼠体内肿瘤模型及TGF-β中和/救援实验,涵盖体外功能验证和体内机制验证。
结直肠癌临床标本 TCGA结直肠癌数据队列 小鼠原代腹腔巨噬细胞与NIH3T3成纤维细胞共培养体系 MC38细胞皮下移植瘤模型(WT与Trem2 KO小鼠)
临床标本来自2020年4月至9月宁夏医科大学总医院未接受术前放化疗的CRC患者,共31例 Trem2 KO小鼠通过CRISPR/Cas9技术构建,购自Cyagen Biosciences 肿瘤模型中MC38细胞与NIH3T3成纤维细胞或小鼠肺成纤维细胞以1:3比例共注射1×10^6细胞于小鼠右腋窝皮下 TGF-β中和实验使用抗TGF-β抗体(BioXcell, Catalog BE0057)10 mg/kg腹腔注射每72小时一次 救援实验使用TGF-β(Novoprotein, Catalog C16W)3 μg/kg腹腔注射每48小时一次
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
检测CRC组织中TREM2的表达水平及定位,并分析其与预后的关系。
免疫组化、Western blot和免疫荧光检测CRC及癌旁组织中TREM2表达,结合TCGA数据库分析其与患者生存的相关性。
探究TREM2表达是否与胶原沉积及CD8+ T细胞浸润位置相关。
免疫组化检测CRC组织中TREM2和CD8分布,免疫荧光检测胶原I/III,Masson三色染色显示胶原纤维,TCGA数据分析TREM2与纤维成分表达相关性和生存分析。
验证TREM2+巨噬细胞是否通过TGF-β信号激活成纤维细胞。
分离WT和Trem2 KO小鼠原代腹腔巨噬细胞,与NIH3T3成纤维细胞共培养,用ox-LDL刺激,检测FAP和α-SMA表达;检测TGF-β水平;用抗TGF-β抗体处理;检测TREM2与TGF-β共定位;双向调控实验。
探究TREM2是否通过调控MMP13影响基质降解。
敲低或敲除TREM2后用转录组分析和qPCR检测MMP表达,Western blot检测MMP13蛋白,ECM降解实验评估巨噬细胞降解能力,人CRC标本免疫组化分析MMP13与TREM2表达的相关性。
在体内验证TREM2缺失对肿瘤生长和CD8+ T细胞浸润的影响。
将MC38细胞与成纤维细胞注射入WT和Trem2 KO小鼠皮下,测量肿瘤体积和重量,免疫组化检测F4/80、TREM2、FAP、CD8表达,并比较肿瘤中心和边缘的浸润差异。
验证TREM2-TGF-β-CAF通路在体内的功能必要性。
对荷瘤小鼠进行TGF-β中和抗体处理,或在Trem2 KO小鼠中给予外源性TGF-β,检测FAP表达和肿瘤生长。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 杜氏改良 Eagle 培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Biological Industries | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | -- | |
| 支原体去除剂 Myco-3 | AppliChem | -- | |
| 病毒感染 | 腺相关病毒 | Hanheng Bioengineering Co. | -- |
| Western blot | RIPA裂解液 | Applygen | -- |
| 蛋白酶抑制剂 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 磷酸酶抑制剂 | Sigma-Aldrich | -- | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | -- | -- | |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| 增强化学发光试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Fusion FX 成像系统 | Vilber Lourmat | -- | |
| TREM2抗体 | Cell Signaling Technology | 91068 | |
| TREM2抗体 | R&D | AF1729 | |
| TREM2抗体 | Abclonal | A22134 | |
| FAP抗体 | BOSTER | BM5121 | |
| α-SMA抗体 | Abcam | ab5694 | |
| MMP13抗体 | Proteintech | 18165-1-AP | |
| β-肌动蛋白抗体 | SANTA | sc-47778 | |
| GAPDH抗体 | Cell Signaling Technology | 2118S | |
| Masson三色染色 | Masson三色染色试剂盒 | Solarbio | G1340 |
| 免疫组织化学 | TREM2抗体 | Cell Signaling Technology | 91068 |
| FAP抗体 | BOSTER | BM5121 | |
| F4/80抗体 | BOSTER | A08751 | |
| MMP13抗体 | Proteintech | 18165-1-AP | |
| CD8抗体 | ThermoFisher | MA5-14548 | |
| 胶原I抗体 | Abcam | ab34710 | |
| 细胞角蛋白抗体 | Abcarta Medtech | PA125 | |
| 免疫荧光 | TREM2抗体 | Cell Signaling Technology | 91068 |
| CD68抗体 | Abcam | Ab955 | |
| 胶原I抗体 | Abcam | ab34710 | |
| 细胞共培养 | Transwell共培养系统 | Corning | 3414 |
| 氧化低密度脂蛋白 | Solarbio | IO1300 | |
| 细胞粘附实验 | 线粒体红色荧光染料 | Dojindo | R237 |
| RT-qPCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596026 |
| 5× All-In-One 逆转录预混液 | ABM | -- | |
| SYBR Premix Ex Taq 试剂盒 | Applied Biosystems | -- | |
| ABI7500 实时荧光定量PCR仪 | Applied Biosystems | -- | |
| ECM降解实验 | 猪皮明胶(荧光素标记) | Thermo Fisher | G13187 |
| 蔗糖 | Solarbio | S8271 | |
| 鬼笔环肽(罗丹明标记) | Cytoskeleton | -- | |
| ELISA | 小鼠TGF-β1 ELISA试剂盒 | RayBiotech | ELM-TGFb1 |
| TGF-β中和实验 | 抗TGF-β抗体 | BioXcell | BE0057 |
| 救援实验 | 重组TGF-β | Novoprotein | C16W |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本分析 | 样本量31例,性别比例,年龄范围,诊断条件,术前未接受放化疗,取材时间跨度 阅读提示:Materials and Methods, Colorectal Cancer Tissue Acquisition, Table 1 |
| 动物模型 | C57BL/6J和Trem2 KO小鼠的周龄和来源,肿瘤细胞与成纤维细胞共注射比例和总数,注射部位,肿瘤测量时间点,处死时机 阅读提示:Materials and Methods, Animals and Cell Lines; Tumor-Bearing Mouse Model |
| 巨噬细胞分离与共培养 | 巨噬细胞分离方法,ox-LDL浓度,共培养时间6天,TREM2病毒感染的条件(MOI=20,感染时间) 阅读提示:Materials and Methods, Isolation and Transfection of Primary Peritoneal Macrophages and Primary Lung Fibroblasts; Cell Coculture and Cell Adhesion Assay |
| TGF-β相关处理 | TGF-β中和抗体剂量10 mg/kg和频率(每72小时),外源性TGF-β剂量3 μg/kg和频率(每48小时),给药途径为腹腔注射 阅读提示:Materials and Methods, Rescue experiments...; Transforming growth factor-β neutralization... |
| 分子检测 | 抗体货号和浓度,Western blot和IHC的具体条件,qPCR引物序列,ELISA试剂盒 阅读提示:Materials and Methods, Western Blot Analysis; Immunohistochemistry; Immunofluorescence Staining; RT-qPCR; ELISA |