筛选关键分子
通过公共数据库识别与BA EMT相关的关键基因模块和分子。
对GEO数据集GSE122340进行WGCNA分析,鉴定核心基因模块,并进行GO和GSEA富集分析,筛选出SULT2B1和MMP7。
SULT2B1 promotes cholangiocyte epithelial-mesenchymal transition via Wnt/β-catenin/MMP7 pathway in biliary atresia
包含人组织样本分析(RNA-seq、免疫组化、免疫荧光)、细胞实验(TGF-β1诱导、siRNA敲低)和公共数据库分析,但缺乏动物体内功能验证和机制验证。
人类胆道闭锁肝脏组织样本 人类肝内胆管上皮细胞系HIBEpiC GEO数据集GSE122340
SULT2B1在BA肝脏中表达上调,与纤维化严重程度和预后相关 TGF-β1(10 ng/ml)处理HIBEpiC细胞的时间梯度 siRNA-SULT2B1敲低效率约70% Wnt/β-catenin通路相关蛋白(β-catenin、LRP6)及MMP7的表达变化
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
通过公共数据库识别与BA EMT相关的关键基因模块和分子。
对GEO数据集GSE122340进行WGCNA分析,鉴定核心基因模块,并进行GO和GSEA富集分析,筛选出SULT2B1和MMP7。
在独立队列中验证SULT2B1和MMP7的表达及其与临床病理特征的相关性。
对31例BA和20例对照肝脏样本进行RNA-seq、Western blot和免疫组化,检测SULT2B1、MMP7和EMT标志物表达,并进行相关性分析。
验证TGF-β1诱导的SULT2B1表达和EMT过程,并检测信号通路激活。
用人肝内胆管上皮细胞系HIBEpiC,使用TGF-β1(10 ng/ml)处理不同时间(0h、12h、24h、48h),通过Western blot检测SULT2B1、MMP7、β-catenin、LRP6及EMT标记物蛋白水平。
通过siRNA敲低SULT2B1,验证其对Wnt/β-catenin/MMP7通路及EMT的影响。
使用siRNA-SULT2B1转染HIBEpiC细胞,经TGF-β1处理后,通过qRT-PCR和Western blot检测SULT2B1、MMP7、β-catenin、LRP6、Snail和N-Cadherin的表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 人肝内胆管上皮细胞系 | Bluefcell | BFN608006125 |
| 杜尔贝科改良 Eagle 培养基 | Gibco | 11090099 | |
| 转化生长因子-β1 | Novoprotein | CA59 | |
| RNA提取和测序 | Trizol试剂 | -- | -- |
| qRT-PCR | SYBR Green 荧光染料 | -- | -- |
| ABI 7500 实时荧光定量PCR系统 | Life Technologies | -- | |
| Western blot | SULT2B1抗体 | Santa Cruz | sc-166423 |
| MMP7抗体 | Affinity Biosciences | AF0218 | |
| CK19抗体 | Abcam | ab15463 | |
| N-钙粘蛋白抗体 | CST | 13116T | |
| 波形蛋白抗体 | Proteintech | 60330-1-Ig | |
| Snail抗体 | Abcam | ab85931 | |
| Twist1抗体 | CST | 69366 | |
| ZEB1抗体 | CST | 3396 | |
| β-连环蛋白抗体 | Abmart | M24002F | |
| LRP6抗体 | Abmart | T58345F | |
| GAPDH抗体 | CST | 2118S | |
| β-肌动蛋白抗体 | CST | 8457T | |
| siRNA转染 | Lipofectamine RNAi MAX 转染试剂 | Invitrogen | -- |
| 免疫组织化学 | DAB底物 | -- | -- |
| ELISA | MMP7 酶联免疫吸附测定试剂盒 | R&D Systems | -- |
| Western blot检测 | Odyssey 成像系统 | LI-COR Biosciences | -- |
| Fusion Solo 成像系统 | VILBER | -- | |
| 免疫荧光 | Leica TCS SP8 共聚焦显微镜 | Leica Microsystems | -- |
| 免疫组织化学 | Olympus BX53 显微镜 | Olympus | -- |
| RNA测序 | Illumina NovaSeq 6000 测序系统 | Illumina | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本收集 | BA患者和健康对照的纳入标准、样本量(31例BA,20例HC)、临床指标(如胆红素、肝硬度) 阅读提示:Methods: Human liver specimens; Figure 3 |
| 细胞培养和TGF-β1处理 | HIBEpiC细胞来源(Bluefcell,BFN608006125)、培养条件(DMEM,10% FBS)、TGF-β1浓度(10 ng/ml)和处理时间 阅读提示:Methods: Cell culture; Figure 6 |
| siRNA转染 | siRNA序列(5'-GATCGAGATCATCTGCTTA-3')、转染浓度(40 nmol/L)、转染试剂(Lipofectamine RNAi MAX)和转染时间(48h) 阅读提示:Methods: siRNA transfection; Figure 7 |
| 蛋白表达检测 | 所用抗体(如SULT2B1, MMP7, β-catenin)的稀释比例(如有)、内参蛋白(GAPDH或β-actin) 阅读提示:Methods: Western blotting; Figures 5-7 |
| 生物信息学分析 | GEO数据集(GSE122340)的选择和处理(121例BA和7例正常)、WGCNA参数(软阈值、模块合并距离)、GSEA参数(基因集、最小基因集5,最大5000,重采样1000次) 阅读提示:Methods: GEO dataset collection, WGCNA, GSEA; Figures 1-2 |