临床样本和数据库分析评估PCK1表达
确定MASH-HCC中与代谢功能障碍相关的关键因子,特别是PCK1的表达变化。
整合分析多个GEO数据集,确定PCK1为下调基因。通过免疫组化验证PCK1蛋白在MASH-HCC肿瘤组织中较癌旁组织降低。
PCK1 deficiency promotes MASH-HCC progression by 12-HETE-induced CD8+ T cell dysfunction
包含临床样本分析、多种基因敲除小鼠模型、scRNA-seq、代谢组学、体外细胞实验及体内联合治疗验证,并进行了机制研究。
肝细胞特异性Pten和Pck1双基因敲除(cPtenf/fPck1f/f)小鼠的MASH-HCC模型 DEN联合GAN饮食诱导的MASH-HCC小鼠模型 SB诱导的MASH-HCC小鼠模型 人外周血CD8+ T细胞和Jurkat细胞
MASH-HCC小鼠模型中PCK1的表达变化 12-HETE在肿瘤微环境中的浓度 CD8+ T细胞中p38 MAPK通路的激活状态 BACH1与12-HETE的直接结合及对下游靶基因的调控 抗PD-1治疗联合PCK1恢复或12-HETE抑制对肿瘤生长的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定MASH-HCC中与代谢功能障碍相关的关键因子,特别是PCK1的表达变化。
整合分析多个GEO数据集,确定PCK1为下调基因。通过免疫组化验证PCK1蛋白在MASH-HCC肿瘤组织中较癌旁组织降低。
探讨肝细胞特异性PCK1敲除对MASH-HCC进展的影响。
使用cPtenf/fPck1f/f小鼠建立自发性MASH-HCC模型,评估肿瘤发生、肿瘤数量、生存率及肝功能指标。通过AAV-Pck1恢复PCK1表达,观察对肿瘤进展的影响。
分析PCK1缺乏对肿瘤免疫微环境,特别是CD8+ T细胞功能的影响。
对cPtenf/f和cPtenf/fPck1f/f小鼠肿瘤中的CD45+免疫细胞进行scRNA-seq,分析T细胞亚群和功能基因表达。通过mIHC和流式细胞术验证CD8+ T细胞浸润和功能。
探索PCK1缺乏引起的代谢变化,并识别关键的免疫调节代谢物。
对cPtenf/f和cPtenf/fPck1f/f小鼠肝脏进行非靶向代谢组学分析,筛选差异代谢物,并通过LC-MS/MS验证12-HETE水平。进一步分析12/15-LO表达和活性。
确证12-HETE是否直接抑制CD8+ T细胞的功能。
体外用12-HETE处理人外周血CD8+ T细胞,检测增殖、活化和效应功能。体内通过腹腔注射12-HETE到cPtenf/f小鼠,评估其对肿瘤浸润CD8+ T细胞的影响。
阐明12-HETE抑制CD8+ T细胞功能的分子机制。
通过RNA-seq分析12-HETE处理的CD8+ T细胞转录组,结合生信分析和实验验证BACH1为关键转录因子。采用DARTS、MST、分子对接、ChIP-qPCR等方法验证12-HETE与BACH1结合及其对下游p38通路调控。
评估PCK1恢复或12-HETE抑制联合抗PD-1治疗在MASH-HCC模型中的疗效。
在SB诱导的MASH-HCC小鼠模型中,通过AAV-Pck1或AAV-shAlox15过表达PCK1或敲低12/15-LO,联合或不联合抗PD-1治疗,评估肿瘤生长和CD8+ T细胞功能。同时,用NAC抑制ROS验证其对免疫治疗的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养与处理 | 抗CD3/CD28 | -- | -- |
| 12-羟基二十碳四烯酸 | -- | -- | |
| 细胞处理 | 佛波醇12-十四酸酯13-乙酸酯/离子霉素 | -- | -- |
| SB203580 | -- | -- | |
| 代谢物检测 | 12-羟基二十碳四烯酸标准品 | -- | -- |
| ROS检测 | 2',7'-二氯二氢荧光素二乙酸酯探针 | -- | -- |
| 蛋白质检测 | 抗BACH1抗体 | -- | -- |
| 抗12/15-脂氧合酶抗体 | -- | -- | |
| 动物实验 | 腺相关病毒-Pck1 | -- | -- |
| 腺相关病毒-shAlox15 | -- | -- | |
| 体内治疗 | 抗PD-1抗体 | -- | -- |
| 抗CD8抗体 | -- | -- | |
| 细胞处理 | N-乙酰半胱氨酸 | -- | -- |
| 代谢物检测 | 液相色谱-串联质谱 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| MASH-HCC小鼠模型建立 | 小鼠品系、基因型、诱导方法(DEN+GAN饮食、cPtenf/f、cPtenf/fPck1f/f、SB诱导)、观察时间点、每组小鼠数量 阅读提示:结果部分和图1、2、6、7的图注 |
| 细胞培养和体外处理 | 人类原代CD8+ T细胞分离方法、刺激条件(抗CD3/CD28)、12-HETE处理浓度和时间、SB203580浓度、BACH1/SP1 shRNA序列和转染方法 阅读提示:图4和图5的图注及补充材料中的方法 |
| 代谢组学和脂质检测 | LC-MS/MS检测平台和条件、12-HETE水平定量方法、肝脏样本处理步骤 阅读提示:图3的图注和补充材料中的方法 |
| 单细胞测序和流式细胞术 | 组织消化方案、CD45+细胞分选方法、scRNA-seq平台和分析流程、流式抗体克隆号及稀释比例 阅读提示:图2的图注和补充材料中的方法 |
| 体内治疗实验 | AAV载体构建和注射剂量、抗PD-1/抗CD8抗体给药时间和剂量、12-HETE给药剂量、NAC给药方案 阅读提示:图6和图7的图注及补充材料中的方法 |