生物信息学筛选差异表达miRNAs
鉴定AS相关差异表达miRNAs并验证miR-126的差异表达。
利用R软件分析GEO数据集GSE96621中的血清miRNA表达矩阵,筛选显著差异表达miRNAs(p<0.05, logFC≥0.5或≤-0.5),并绘制热图和火山图。
Caesalpinia sappan L. ethyl acetate extract regulated angiogenesis in atherosclerosis by modulating the miR-126/VEGF signalling pathway.
包含生物信息学分析、细胞实验(增殖、凋亡、靶向验证)、动物实验(HE、油红O、IHC、RT-PCR、Western blot、ELISA),且有功能验证和机制验证。
人脐静脉血管内皮细胞(HUVECs) ApoE−/−小鼠动脉粥样硬化模型 GEO数据集GSE96621(AS患者血清miRNA表达数据)
AS患者血清miR-126显著下调(p=0.01, logFC=-1.09) miR-126与VEGF存在靶向结合位点(TargetScan预测) miR-126模拟物显著降低野生型VEGF报告基因荧光素酶活性(p<0.01) CSEAE含药血清浓度8.52±0.57 μg/mL(大鼠灌胃1.15 g/kg/d) CSEAE剂量3.125 g/kg/d灌胃4周降低MVD和斑块面积
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定AS相关差异表达miRNAs并验证miR-126的差异表达。
利用R软件分析GEO数据集GSE96621中的血清miRNA表达矩阵,筛选显著差异表达miRNAs(p<0.05, logFC≥0.5或≤-0.5),并绘制热图和火山图。
确认miR-126与VEGF的靶向结合关系。
使用TargetScan预测miR-126靶基因,并在HUVECs中共转染miR-126 mimic或NC mimic与VEGF-3'UTR野生型或突变型报告基因载体,检测相对荧光素酶活性。
评估CSEAE含药血清对Ox-LDL诱导的HUVECs损伤的影响。
以100 μg/mL Ox-LDL处理HUVECs 12h建立内皮细胞损伤模型,分5组处理:对照组、模型组、miR-126 mimic组、苏木提取物组、联合处理组,检测细胞增殖、凋亡及miR-126和VEGF mRNA表达。
评估CSEAE在体内对AS小鼠的疗效及对miR-126/VEGF通路的影响。
8周龄雄性ApoE−/−小鼠高脂饮食12周建立AS模型,随机分为模型组、阿托伐他汀组、苏木提取物组(每组10只),连续灌胃4周后,采集主动脉和血清,进行HE、油红O、IHC染色,RT-PCR、Western blot、ELISA检测。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | 11965092 |
| 胎牛血清 | Gibco | 10270-106 | |
| 青霉素-链霉素 | Keygen Biotech | KGY002 | |
| 细胞转染 | X-tremegene HP转染试剂 | ROCHE | 6366236001 |
| Opti-MEM培养基 | Gibco | 31985-070 | |
| 细胞处理 | 氧化低密度脂蛋白 | -- | -- |
| 双荧光素酶报告基因 | 双荧光素酶报告基因检测试剂盒 | Promega | E1910 |
| 细胞增殖 | CCK-8试剂盒 | BEYOTIME | C0038MTS |
| 流式凋亡 | Annexin V-FITC/PI凋亡检测试剂盒 | Neobioscience | FAK011.100 |
| 胰蛋白酶-EDTA | HyClone | J160004 | |
| 流式细胞仪 | BD | Canto II | |
| RT-PCR | TriQuick总RNA提取试剂 | Solarbio | R1100 |
| Hifair® II第一链cDNA合成试剂盒 | YEASEN | 11201ES10 | |
| Hieff® qPCR SYBR Green预混液 | YEASEN | 11201ES03 | |
| HE染色 | 二甲苯 | Sinopharm Chemical Reagent | 10023418 |
| 伊红 | Servicebio | G1001 | |
| 中性树胶 | Sinopharm Chemical Reagent | 10004160 | |
| IHC染色 | 柠檬酸抗原修复液 | Servicebio | G1202 |
| 磷酸盐缓冲液 | Servicebio | G0002 | |
| 牛血清白蛋白 | Servicebio | G5001 | |
| DAB显色剂 | Servicebio | G1211 | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Best Biological | BR0002 |
| BCA蛋白定量试剂盒 | BEYOTIME | P0012 | |
| PVDF膜 | Millipore | IPVH00010 | |
| 封闭液 | BD | 232100 | |
| 抗VEGF抗体 | Proteintech | 19003-1-AP | |
| 抗PI3K抗体 | Proteintech | 20584-1-AP | |
| 抗AKT1抗体 | Proteintech | 66444-1-Ig | |
| GAPDH抗体 | Proteintech | HRP-60004 | |
| TBS-Tween缓冲液 | Thermo Fisher Scientific | 21059 | |
| 辣根过氧化物酶标记二抗 | Cell Signaling Technology | 14708S | |
| 增强化学发光试剂盒 | Yeasen Biotech | S17851 | |
| 成像分析系统 | Clinx | 3200-97001 | |
| ELISA | 小鼠VEGFR2 ELISA试剂盒 | Jsjingmei | JM-12309M1 |
| 小鼠HIF-1 ELISA试剂盒 | Jsjingmei | JM-02676M1 | |
| 动物实验给药 | 阿托伐他汀钙片 | Pfizer Pharmaceutical | H20051407 |
| 药物制备 | 羧甲基纤维素 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 生物信息学分析 | GEO数据集编号(GSE96621)、差异表达分析参数(p<0.05, logFC≥0.5或≤-0.5)、样本量(4 AS vs 4 normal) 阅读提示:2.1节和3.1节 |
| 双荧光素酶报告基因实验 | HUVECs来源、转染试剂(X-tremegene HP 2 μL/μg质粒)、培养基(Opti-MEM)、报告基因载体(VEGF-3'UTR WT/Mut)、miR-126 mimic/NC浓度(未明确)、转染时间(未明确)、检测试剂盒(Promega E1910)、重复次数(n=6) 阅读提示:2.1.3节和3.1节 |
| 细胞实验 | HUVECs培养条件(DMEM + 10%FBS + 1%双抗)、Ox-LDL浓度(100 μg/mL)和处理时间(12h)、CSEAE含药血清浓度(1 μg/mL)和处理时间(12h)、分组及处理顺序(对照、模型、miR-126 mimic、苏木提取物、联合)、增殖检测时间点(0,24,48,72h)、凋亡检测方法(Annexin V-FITC/PI) 阅读提示:2.2节和3.2节 |
| 动物实验 | 动物品系(ApoE−/−雄性、8周龄)、高脂饮食时间(12周)、分组和给药(模型、阿托伐他汀4 mg/kg/d、苏木提取物3.125 g/kg/d,灌胃10 mL/kg/d,连续4周)、造模成功验证(HE染色)、样品采集和处理 阅读提示:2.3节和3.3节 |
| 分子检测 | RT-PCR引物序列(表1和表2)、内参基因(U6、GAPDH)、Western blot抗体稀释比例(anti-VEGF 1:1000, anti-PI3K 1:800, anti-AKT1 1:10000, GAPDH 1:30000)、ELISA试剂盒(VEGFR2, HIF-1) 阅读提示:2.2.6节、2.3.6节、2.3.7节、2.3.8节 |