ACLY在透明细胞肾细胞癌中的预后价值及其与免疫浸润的关系

The prognostic value and its relationship with immune infiltration of ACLY in clear cell renal cell carcinoma.

作者信息Beibei Yin, Qiang Liu, Yabing Zheng, Huayu Gao, Yun Lin, Zuohui Zhao
PMID38970915
发布时间2024-09
DOI10.1016/j.tranon.2024.102056

实验完整度

包含生物信息学分析、临床样本IHC、体外细胞功能实验及机制验证(EMT、mTORC1通路)。

主要模型

786-O细胞 A498细胞 ccRCC患者组织样本 ccRCC数据队列

重点核对

ACLY和p-ACLY在肿瘤组织中的表达水平(IHC评分) siRNA转染效率和敲低效果(qPCR和WB验证) CCK-8增殖实验中细胞密度及检测时间点 Transwell实验中细胞数量和培养时间 mTORC1通路蛋白(p-mTOR、p-AKT)的表达变化及乙酸盐处理

摘要

ATP柠檬酸裂解酶(ACLY)在多种癌症中被激活,但其在透明细胞肾细胞癌(ccRCC)中的作用仍知之甚少。在此,我们研究了ACLY在ccRCC中的预后作用和潜在机制。使用基因表达谱交互分析2(GEPIA2)、基因表达综合数据库(GEO)、UALCAN和蛋白质印迹分析探究了ACLY在ccRCC中的表达谱。使用免疫组织化学(IHC)和Kaplan-Meier绘图分析研究了预后。使用肿瘤免疫估计资源2(TIMER2)和肿瘤免疫系统相互作用与DrugBank(TISIDB)数据库进一步评估了与免疫浸润的关系。通过体外实验探索了ACLY在ccRCC发病机制中的进一步生物学功能。ACLY水平在ccRCC中高于癌旁肾组织,Kaplan-Meier生存分析显示ACLY mRNA或蛋白是ccRCC患者预后不良的预测因子。重要的是,我们首次报道ACLY基因表达与ccRCC中的多种免疫细胞和免疫抑制因子显著相关。抑制ACLY显著损害细胞增殖,诱导细胞凋亡,减弱细胞迁移,减少脂滴形成,并抑制ccRCC的上皮间质转化(EMT)。此外,这些效应可能通过哺乳动物雷帕霉素靶蛋白复合物1(mTORC1)通路起作用。总之,ACLY不仅参与ccRCC的发生和进展,还可能影响免疫浸润和mTORC1通路。我们的发现可能为靶向ACLY治疗ccRCC提供新的治疗策略。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
ACLY在透明细胞肾细胞癌中的表达与预后及其与免疫浸润的关系,以及其可能的生物学功能。
核心机制
ACLY通过调节乙酰辅酶A水平影响AKT/mTORC1通路,并参与上皮间质转化(EMT)过程。
主要证据
基于GEPIA2、GEO、UALCAN数据库和临床样本的IHC实验显示ACLY高表达与不良预后相关;体外实验表明敲低或抑制ACLY可抑制细胞增殖、迁移、侵袭,诱导凋亡,减少脂滴形成,并影响EMT及mTORC1通路蛋白。
研究意义
靶向ACLY可能为ccRCC提供新的治疗策略,联合ACLY和免疫检查点抑制剂可能是一种有前景的抗癌策略。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

ACLY表达分析

评估ACLY在ccRCC组织中的表达水平

利用GEPIA2、GEO、UALCAN数据库和Western blotting比较ccRCC组织与正常肾组织中ACLY的表达。

2

ACLY表达与预后关联分析

探讨ACLY表达与ccRCC患者预后的关系

通过IHC检测145例ccRCC组织中ACLY和p-ACLY的表达,结合Kaplan-Meier生存分析和Cox回归分析评估其与生存的关系。

3

免疫浸润相关分析

评估ACLY表达与肿瘤免疫浸润的关系

使用TIMER2和TISIDB数据库分析ACLY表达与多种免疫细胞及免疫抑制因子的相关性。

4

体外功能实验

验证ACLY对ccRCC细胞增殖、凋亡、迁移、侵袭和脂滴形成的影响

使用siRNA敲低ACLY或抑制剂HCA处理786-O和A498细胞,通过CCK-8、流式细胞术、伤口愈合、Transwell、油红O染色和透射电镜检测细胞功能。

5

机制验证

探索ACLY影响ccRCC进展的潜在分子机制

通过Western blotting检测EMT相关蛋白和AKT/mTORC1通路蛋白的表达,并使用乙酸盐实验验证乙酰辅酶A的作用。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
RPMI-1640培养基HyClone--
(-)-羟基柠檬酸MCE27750-10-3
柠檬酸钾Damao chemical3389
醋酸钠Proteintech127-09-03
脂质体2000Invitrogen--
抗ACLY抗体Abcamab40793
抗p-ACLY (S455)抗体Cell Signaling Technology#4331
抗mTOR抗体Abcamab32028
抗p-mTOR (S2448)抗体Abcamab109268
抗AKT抗体Cell Signaling Technology#4691
抗p-AKT (S473)抗体Cell Signaling Technology#4060
抗GβL抗体Cell Signaling Technology#3227
抗Raptor抗体Proteintech20984-1-AP
抗E-钙黏蛋白抗体Proteintech20874-1-AP
抗N-钙黏蛋白抗体Proteintech22018-1-AP
抗波形蛋白抗体Proteintech10366-1-AP
抗β-肌动蛋白抗体Proteintech66009-1-Ig
抗GAPDH抗体BeyotimeAF5009
DAB显色液BeyotimeP0202
ECL化学发光液MilliporeWBKlS0100
RNAeasy试剂盒Beyotime--
PrimeScript逆转录试剂盒Takara--
SYBR Green qPCR混合液Beyotime--
StepOne Plus实时荧光定量PCR仪ABI--
抗PD-L1抗体ServiceGB11339A
抗p-ACLY抗体Cell Signaling Technology#4331
CCK-8溶液Dojindo--
Annexin V-FITCNeobioscience--
碘化丙啶Neobioscience--
Guava easyCyte流式细胞仪Millipore--
油红OSolarbio--
TH7700透射电镜Hitachi--
Transwell小室Corning Costar--
基质胶BD Biosciences--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
组织样本
患者样本量、肿瘤分期、分级、转移状态、随访时间
阅读提示:Materials and methods: Patient samples and cell culture
细胞培养
细胞系(786-O、A498、ACHN、293T)、培养基(RPMI-1640)、血清浓度、抗生素、培养条件
阅读提示:Materials and methods: Patient samples and cell culture
基因敲低
siRNA序列、转染试剂、转染时间、敲低效率验证
阅读提示:Materials and methods: RNA interference and cell transfection
药物处理
HCA浓度、处理时间、对照(柠檬酸钾)、溶解介质
阅读提示:Materials and methods: Patient samples and cell culture
免疫组化
抗体稀释度、评分标准(强度0-3,频率0-4)、分类阈值
阅读提示:Materials and methods: Immunohistochemistry
增殖实验
细胞接种密度、CCK-8孵育时间、检测波长
阅读提示:Materials and methods: CCK-8 assay
凋亡实验
细胞数量、染料、流式细胞仪、分析时间点
阅读提示:Materials and methods: Cell apoptosis
迁移和侵袭实验
细胞数量、基质胶包被、培养时间、计数倍数
阅读提示:Materials and methods: Transwell migration and invasion
脂滴检测
油红O染色步骤、细胞数量、观察和定量方法
阅读提示:Materials and methods: Oil red O staining
机制检测
抗体清单、蛋白上样量、乙酸盐浓度及处理时间
阅读提示:Materials and methods: Western blotting; Results: ACLY inhibition attenuates EMT and mTORC1 pathways