ACLY表达分析
评估ACLY在ccRCC组织中的表达水平
利用GEPIA2、GEO、UALCAN数据库和Western blotting比较ccRCC组织与正常肾组织中ACLY的表达。
The prognostic value and its relationship with immune infiltration of ACLY in clear cell renal cell carcinoma.
包含生物信息学分析、临床样本IHC、体外细胞功能实验及机制验证(EMT、mTORC1通路)。
786-O细胞 A498细胞 ccRCC患者组织样本 ccRCC数据队列
ACLY和p-ACLY在肿瘤组织中的表达水平(IHC评分) siRNA转染效率和敲低效果(qPCR和WB验证) CCK-8增殖实验中细胞密度及检测时间点 Transwell实验中细胞数量和培养时间 mTORC1通路蛋白(p-mTOR、p-AKT)的表达变化及乙酸盐处理
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估ACLY在ccRCC组织中的表达水平
利用GEPIA2、GEO、UALCAN数据库和Western blotting比较ccRCC组织与正常肾组织中ACLY的表达。
探讨ACLY表达与ccRCC患者预后的关系
通过IHC检测145例ccRCC组织中ACLY和p-ACLY的表达,结合Kaplan-Meier生存分析和Cox回归分析评估其与生存的关系。
评估ACLY表达与肿瘤免疫浸润的关系
使用TIMER2和TISIDB数据库分析ACLY表达与多种免疫细胞及免疫抑制因子的相关性。
验证ACLY对ccRCC细胞增殖、凋亡、迁移、侵袭和脂滴形成的影响
使用siRNA敲低ACLY或抑制剂HCA处理786-O和A498细胞,通过CCK-8、流式细胞术、伤口愈合、Transwell、油红O染色和透射电镜检测细胞功能。
探索ACLY影响ccRCC进展的潜在分子机制
通过Western blotting检测EMT相关蛋白和AKT/mTORC1通路蛋白的表达,并使用乙酸盐实验验证乙酰辅酶A的作用。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | HyClone | -- |
| 药物处理 | (-)-羟基柠檬酸 | MCE | 27750-10-3 |
| 柠檬酸钾 | Damao chemical | 3389 | |
| 醋酸钠 | Proteintech | 127-09-03 | |
| 基因敲低 | 脂质体2000 | Invitrogen | -- |
| 蛋白质印迹 | 抗ACLY抗体 | Abcam | ab40793 |
| 抗p-ACLY (S455)抗体 | Cell Signaling Technology | #4331 | |
| 抗mTOR抗体 | Abcam | ab32028 | |
| 抗p-mTOR (S2448)抗体 | Abcam | ab109268 | |
| 抗AKT抗体 | Cell Signaling Technology | #4691 | |
| 抗p-AKT (S473)抗体 | Cell Signaling Technology | #4060 | |
| 抗GβL抗体 | Cell Signaling Technology | #3227 | |
| 抗Raptor抗体 | Proteintech | 20984-1-AP | |
| 抗E-钙黏蛋白抗体 | Proteintech | 20874-1-AP | |
| 抗N-钙黏蛋白抗体 | Proteintech | 22018-1-AP | |
| 抗波形蛋白抗体 | Proteintech | 10366-1-AP | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | Proteintech | 66009-1-Ig | |
| 抗GAPDH抗体 | Beyotime | AF5009 | |
| DAB显色液 | Beyotime | P0202 | |
| ECL化学发光液 | Millipore | WBKlS0100 | |
| RNA提取及PCR | RNAeasy试剂盒 | Beyotime | -- |
| PrimeScript逆转录试剂盒 | Takara | -- | |
| SYBR Green qPCR混合液 | Beyotime | -- | |
| StepOne Plus实时荧光定量PCR仪 | ABI | -- | |
| 免疫组织化学 | 抗PD-L1抗体 | Service | GB11339A |
| 抗p-ACLY抗体 | Cell Signaling Technology | #4331 | |
| 细胞增殖 | CCK-8溶液 | Dojindo | -- |
| 细胞凋亡 | Annexin V-FITC | Neobioscience | -- |
| 碘化丙啶 | Neobioscience | -- | |
| 流式细胞术 | Guava easyCyte流式细胞仪 | Millipore | -- |
| 油红O染色 | 油红O | Solarbio | -- |
| 透射电镜 | TH7700透射电镜 | Hitachi | -- |
| 迁移和侵袭实验 | Transwell小室 | Corning Costar | -- |
| 基质胶 | BD Biosciences | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 组织样本 | 患者样本量、肿瘤分期、分级、转移状态、随访时间 阅读提示:Materials and methods: Patient samples and cell culture |
| 细胞培养 | 细胞系(786-O、A498、ACHN、293T)、培养基(RPMI-1640)、血清浓度、抗生素、培养条件 阅读提示:Materials and methods: Patient samples and cell culture |
| 基因敲低 | siRNA序列、转染试剂、转染时间、敲低效率验证 阅读提示:Materials and methods: RNA interference and cell transfection |
| 药物处理 | HCA浓度、处理时间、对照(柠檬酸钾)、溶解介质 阅读提示:Materials and methods: Patient samples and cell culture |
| 免疫组化 | 抗体稀释度、评分标准(强度0-3,频率0-4)、分类阈值 阅读提示:Materials and methods: Immunohistochemistry |
| 增殖实验 | 细胞接种密度、CCK-8孵育时间、检测波长 阅读提示:Materials and methods: CCK-8 assay |
| 凋亡实验 | 细胞数量、染料、流式细胞仪、分析时间点 阅读提示:Materials and methods: Cell apoptosis |
| 迁移和侵袭实验 | 细胞数量、基质胶包被、培养时间、计数倍数 阅读提示:Materials and methods: Transwell migration and invasion |
| 脂滴检测 | 油红O染色步骤、细胞数量、观察和定量方法 阅读提示:Materials and methods: Oil red O staining |
| 机制检测 | 抗体清单、蛋白上样量、乙酸盐浓度及处理时间 阅读提示:Materials and methods: Western blotting; Results: ACLY inhibition attenuates EMT and mTORC1 pathways |