多组学整合分析筛选自身抗原
鉴定银屑病中由DNA低甲基化激活的自身抗原
整合GSE117405转录组、GSE115797甲基化组和免疫肽组数据,筛选在银屑病中上调且启动子低甲基化的基因,与免疫肽组数据取交集。
Transcobalamin 1 is a keratinocyte-derived autoantigen driving psoriasis through T helper 17 cell activation.
包括多组学分析、细胞实验(增殖、共培养)、单细胞测序、免疫组化、免疫肽组分析等,且包含功能验证和机制验证。
HaCaT细胞 原代正常人表皮角质形成细胞(NHEK) THP-1来源的成熟树突状细胞(mDC) CD4+ T细胞共培养体系
TCN1启动子甲基化水平及表达水平 5-Aza-CdR处理浓度(0、25、50μM)和处理时间(48小时) HaCaT和NHEK细胞中TCN1过表达效率 rTCN1蛋白处理浓度(10μg/ml)和共培养时间(48小时) 血清TCN1水平检测的ELISA试剂盒及阈值
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定银屑病中由DNA低甲基化激活的自身抗原
整合GSE117405转录组、GSE115797甲基化组和免疫肽组数据,筛选在银屑病中上调且启动子低甲基化的基因,与免疫肽组数据取交集。
确证TCN1在银屑病中由DNA低甲基化激活并特异性表达于角质形成细胞
通过RNA-seq、qRT-PCR、IHC和scRNA-seq分析TCN1在银屑病皮损中的表达,并检测启动子甲基化水平。
评估TCN1过表达对角质形成细胞增殖的促进作用
在HaCaT和NHEK细胞中稳定过表达TCN1,进行CCK-8、EdU、集落形成和细胞周期实验,并通过RNA-seq分析基因表达变化。
验证TCN1能否被APC摄取并呈递给CD4+ T细胞,促进TH17分化
通过免疫沉淀验证TCN1分泌,ELISA检测血清水平,mIHC观察TCN1与HLA-DRB1共定位,共培养实验检测对TH17分化的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| DNMT抑制剂处理 | 5-氮杂-2′-脱氧胞苷 | ApexBio | A1906 |
| 细胞培养 | 杜氏改良Eagle培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素/链霉素 | -- | -- | |
| 细胞因子处理 | 白介素-1α | NeoBioscience Technology Co. Ltd. | -- |
| 白介素-17A | NeoBioscience Technology Co. Ltd. | -- | |
| 白介素-22 | NeoBioscience Technology Co. Ltd. | -- | |
| 肿瘤坏死因子-α | NeoBioscience Technology Co. Ltd. | -- | |
| 抑瘤素M | NeoBioscience Technology Co. Ltd. | -- | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| 逆转录 | PrimeScript RT试剂盒(Perfect Real Time) | Takara | -- |
| qRT-PCR | One Step TB Green PrimeScript RT-PCR试剂盒II | Takara | -- |
| ELISA | 人转钴胺素-1 ELISA试剂盒 | FineTest | EH0104 |
| 免疫沉淀 | 抗FLAG抗体 | -- | -- |
| RNA测序 | NEBNext Ultra RNA文库制备试剂盒(Illumina) | New England Biolabs | -- |
| IHC | 抗TCN1抗体 | Proteintech | 16078-1-AP |
| 抗Ki-67抗体 | Servicebio Technology | GB151499 | |
| mIHC | 抗IL-17A抗体 | Proteintech | 13082-1-AP |
| 抗HLA-DRB1抗体 | Servicebio Technology | GB115523 | |
| 抗SPRR1B抗体 | Proteintech | 11959-1-AP | |
| 抗KRT10抗体 | Servicebio Technology | GB112105 | |
| 抗原摄取实验 | Alexa Fluor 405 NHS酯 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 碘化丙啶 | -- | -- | |
| 重组人TCN1蛋白 | QYaoBio | 04040000327 | |
| 细胞分选 | Cytosinct CD4纳米磁珠 | GenScript | -- |
| 共培养 | IL-17A ELISA试剂盒 | ABclonal | RK00397 |
| Western blot | 抗TCN1抗体 | Proteintech | 16078-1-AP |
| 抗KRT1抗体 | ABclonal | A9776 | |
| 抗KRT4抗体 | ABclonal | A0013 | |
| 抗KRT10抗体 | ABclonal | A7908 | |
| 抗KRT13抗体 | ABclonal | A0411 | |
| 抗SPRR1B抗体 | Proteintech | 11959-1-AP | |
| 抗LCN2抗体 | ABclonal | A3176 | |
| 抗S100A7抗体 | ABclonal | A22271 | |
| 抗S100A8抗体 | ABclonal | A12018 | |
| 抗S100A9抗体 | ABclonal | A9842 | |
| 抗GAPDH抗体 | ABclonal | AC054 | |
| HRP标记二抗 | EarthOx | -- | |
| SuperLumia ECL HRP底物试剂盒 | Abbkine | -- | |
| Bio-Rad成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| 图像采集 | Leica激光显微切割系统 | Leica | -- |
| scRNA-seq数据整合 | Seurat V5.1 R包 | -- | -- |
| Harmony v1.2 R包 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 多组学数据获取 | 数据集编号、样本量、平台 阅读提示:Methods: Differentially expressed genes, DNA methylation analysis, Immunopeptidome analysis |
| 细胞处理 | 细胞系、处理药物浓度、时间 阅读提示:Methods: DNMT inhibitor treatment, M5 proinflammation cytokine treatment |
| TCN1过表达实验 | 过表达载体、转染方法、验证方法 阅读提示:Methods: Established cell lines |
| 共培养实验 | 细胞比例、共培养时间、IL-17A检测方法 阅读提示:Methods: Cell coculture system |
| IHC/mIHC | 抗体、稀释度、染色方案 阅读提示:Methods: Immunohistochemistry assay, mIHC assay |