临床样本表达分析
检测FAM30A在牙周炎患者和健康对照中的表达差异,评估其诊断价值。
收集108例牙周炎患者和100例对照的GCF,RT-qPCR检测FAM30A表达,ROC分析评估诊断准确性,logistic回归分析危险因素。
LncRNA FAM30A as a potential biomarker associated with periodontitis and its role in inflammatory responses and osteogenesis.
包含临床样本分析、细胞模型功能实验、机制验证(RIP/DLR/救援实验)等多个独立证据层级。
人口腔牙周膜细胞(hPDLCs) P.g-LPS诱导的牙周炎细胞模型 临床牙龈沟液样本(GCF)
GCF样本采集自192名受试者(108例牙周炎,100例对照) P.g-LPS浓度为10 µg/mL,处理24 h si-FAM30A#1序列 miR-28-5p抑制剂序列 成骨诱导培养7天
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
检测FAM30A在牙周炎患者和健康对照中的表达差异,评估其诊断价值。
收集108例牙周炎患者和100例对照的GCF,RT-qPCR检测FAM30A表达,ROC分析评估诊断准确性,logistic回归分析危险因素。
用P.g-LPS刺激hPDLCs模拟牙周炎环境,为后续功能实验提供模型。
用不同浓度(0、1、10 µg/mL)和不同时间(6、12、24 h)的P.g-LPS处理hPDLCs,检测FAM30A表达,选择10 µg/mL处理24 h作为后续实验条件。
验证FAM30A敲低对P.g-LPS诱导的炎症、细胞活力和凋亡的影响。
将si-FAM30A或si-NC转染至hPDLCs,随后P.g-LPS刺激,检测炎症因子(IL-6、IL-8、TNF)分泌、细胞活力和凋亡。
评估FAM30A敲低对P.g-LPS抑制的成骨分化及MMP分泌的影响。
hPDLCs经成骨诱导培养,第7天检测ALP活性、成骨标志物(OCN、OPN、RUNX2、BMP2)表达及MMP-1/MMP-3分泌。
确认FAM30A与miR-28-5p及KAT6A的靶向关系。
通过生物信息学预测、双荧光素酶报告实验和RIP实验验证FAM30A与miR-28-5p、miR-28-5p与KAT6A的相互作用。
验证FAM30A通过miR-28-5p发挥功能。
在si-FAM30A基础上,转染miR-28-5p抑制剂,观察炎症、细胞活力、凋亡、成骨分化及MMP分泌的变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | 11965-092 |
| 胎牛血清 | Gibco | 10438026 | |
| 青霉素-链霉素 | Sigma-Aldrich | M4655-500mL | |
| 药物处理 | 牙龈卟啉单胞菌脂多糖 | InvivoGen | tlrl-ppglps |
| 细胞转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | 1656200 |
| 成骨分化诱导 | 地塞米松 | Sigma-Aldrich | D4902-25MG |
| β-甘油磷酸 | Sigma-Aldrich | G6501 | |
| 抗坏血酸 | Sigma-Aldrich | G9422-10G | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Takara | D312 |
| RT-qPCR | Prime Script RT预混液 | Takara | RR047A |
| Mir-X miRNA第一链合成试剂盒 | Takara | 638315 | |
| SYBR Premix Ex Taq试剂盒 | Takara | RR420A | |
| miRcute Plus miRNA qPCR检测试剂盒 | TIANGEN | FP411 | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| 蛋白酶和磷酸酶抑制剂 | Cell Signaling Technology | 5872 | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | P0012S | |
| 抗OCN抗体 | Abcam | ab93876 | |
| 抗OPN抗体 | Abcam | ab8488 | |
| 抗RUNX2抗体 | Abcam | ab76956 | |
| 抗BMP2抗体 | Abcam | ab284387 | |
| 抗GAPDH抗体 | Abcam | ab9485 | |
| HRP偶联二抗 | Cell Signaling Technology | 7076 | |
| Beyo ECL Plus显影液 | Beyotime | P0018S | |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | Dojindo | CK04 |
| 凋亡检测 | Annexin V-FITC/PI凋亡检测试剂盒 | Solarbio | CA1020-20 |
| ELISA | 人IL-6 ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-H6156 |
| 人IL-8 ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-H6008 | |
| 人TNF-α ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-H0109 | |
| 人MMP-3 ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-H1446 | |
| 人MMP-1 ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-H6073 | |
| ALP活性检测 | ALP检测试剂盒 | Solarbio | BC2140 |
| 核质分离 | PARIS™试剂盒 | Life Technologies | AM1921 |
| 双荧光素酶报告实验 | 双荧光素酶报告基因检测试剂盒 | Beyotime | RG027 |
| RIP实验 | EZ-Magna RIP试剂盒 | Millipore | 17-701 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本收集 | 受试者纳入/排除标准、GCF采集方法、FAM30A和miR-28-5p表达检测 阅读提示:见Methods中的Participants、GCF collection和RT-qPCR部分 |
| 细胞培养和处理 | hPDLCs的细胞系(ScienCell cat#2630)、P.g-LPS浓度(10 µg/mL)和处理时间(24 h) 阅读提示:见Methods中的Cell culture and transfection部分 |
| siRNA和miRNA转染 | si-FAM30A#1序列、miR-28-5p抑制剂序列、转染试剂(Lipofectamine 3000)及转染时间 阅读提示:见Methods中的Cell Transfection部分 |
| 成骨分化诱导 | 成骨诱导培养基配方(地塞米松、β-甘油磷酸、抗坏血酸)、诱导时间(7天)、检测指标(ALP、成骨标志物) 阅读提示:见Methods中的Osteoblastic differentiation of hPDLCs部分 |
| 机制验证实验 | DLR和RIP实验的具体条件(抗体、载体构建) 阅读提示:见Methods中的Dual-luciferase reporter (DLR) assay和RNA Immunoprecipitation (RIP) assay部分 |