分析IPF患者中ALOX15和TGF-β1的表达
验证ALOX15和TGF-β1在IPF患者中是否上调
利用GEO数据库(GSE134692和GSE150910)的RNA测序数据,分析IPF患者和正常肺组织中ALOX15和TGF-β1的表达。
Dual knockdown of Alox15 and TGF-β1 by lipid nanoparticle-delivered siRNA in bleomycin-induced pulmonary fibrosis.
包括细胞实验(MLE-12细胞和原代肺成纤维细胞)和动物模型(博来霉素诱导的IPF小鼠),并进行了功能验证(肺功能、羟脯氨酸)和机制验证(EMT标志物、4-HNE)。
博来霉素诱导的肺纤维化小鼠模型 MLE-12小鼠肺上皮细胞 原代小鼠肺成纤维细胞
LNP的组成和N/P比(DLin-MC3-DMA:胆固醇:DMG-PEG2000:DSPC=50:38.5:1.5:10,N/P=3) siRNA@LNP的给药剂量(0.125 mg/kg)和给药时间(第1、4、7天) 博来霉素诱导剂量(2 U/kg)和给药方式(气管内注射) 肺功能检测参数(气道阻力、组织弹性、静态顺应性、吸气容量) qPCR和Western blot检测Alox15和TGF-β1的表达
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证ALOX15和TGF-β1在IPF患者中是否上调
利用GEO数据库(GSE134692和GSE150910)的RNA测序数据,分析IPF患者和正常肺组织中ALOX15和TGF-β1的表达。
确认博来霉素诱导的IPF小鼠表现出肺功能下降和纤维化
对C57BL/6小鼠气管内注射博来霉素(2 U/kg)诱导肺纤维化,对照组注射生理盐水。在指定时间点(第2、4、7、14天)评估肺功能、组织学和胶原含量。
确认Alox15和TGF-β1在纤维化肺组织中表达上调
通过qPCR、Western blot和免疫组化检测肺组织中Alox15、TGF-β1和4-HNE的表达水平。
筛选能有效抑制Alox15和TGF-β1 mRNA的siRNA序列
在MLE-12细胞和原代小鼠肺成纤维细胞中,使用不同siRNA转染,并用博来霉素处理,通过qPCR检测靶基因mRNA水平。
验证LNP封装siRNA能提高细胞摄取和肺部靶向性
使用Cy5标记的siRNA(裸siRNA或LNP封装)处理细胞,通过流式细胞术和荧光显微镜检测摄取;通过气管内注射给小鼠,进行离体成像观察器官分布。
确认LNP递送siRNA在体内外无显著毒性
在细胞中测试不同浓度LNP的细胞活力(CCK-8);在小鼠中重复给药后检测体重、血常规、血清生化指标和主要器官的组织学。
验证单靶点或双靶点敲减Alox15和TGF-β1能否减轻肺纤维化并改善肺功能
对博来霉素诱导的IPF小鼠给予不同siRNA@LNP制剂(si-NC、si-Alox15、si-TGF-β1、si-Alox15/si-TGF-β1),检测肺功能、组织学、羟脯氨酸含量、目标基因和蛋白表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| LNP制备 | DLin-MC3-DMA | Nanosoft Polymers | -- |
| DMG-PEG 2000 | Avanti Polar Lipids | -- | |
| DSPC | Avanti Polar Lipids | -- | |
| 胆固醇 | Sigma-Aldrich | -- | |
| siRNA合成 | siRNA | Integrated DNA Technologies | -- |
| LNP表征 | Quant-iT RiboGreen RNA检测试剂盒 | Thermo Fisher | -- |
| NaNo Partica SZ-100纳米粒度分析仪 | HORIBA, Ltd. | -- | |
| 动物实验 | 博来霉素 | Sigma-Aldrich | -- |
| 阿佛丁 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 泮库溴铵 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 肺功能测量 | FlexiVent | SCIREQ | -- |
| 羟脯氨酸测定 | 羟脯氨酸比色测定试剂盒 | Abcam | ab222941 |
| SpectraMax M5多功能酶标仪 | Molecular Devices | -- | |
| qPCR | GENEzol试剂 | Geneaid biotech | -- |
| RevertAid第一链cDNA合成试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| EnTurbo™ SYBRGreen PCR SuperMix | ELK Biotechnology | -- | |
| StepOne™实时荧光定量PCR系统 | Applied Biosystems | -- | |
| 组织染色 | 天狼星红 | Sigma-Aldrich | -- |
| Olympus Provis AX70显微镜 | Olympus Corporation | -- | |
| Image-Pro Plus | Media Cybernetics | -- | |
| 免疫组化 | Alox15抗体 | Abcam | ab80221 |
| 4-HNE抗体 | Abcam | ab48506 | |
| TGF-β1抗体 | iReal Biotechnology | IR112-457 | |
| DAB | Dako | K5007 | |
| Western blot | Alox15抗体 | Abcam | ab244205 |
| 4-HNE抗体 | Abcam | ab48506 | |
| TGF-β1抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-130348 | |
| E-cadherin抗体 | iReal Biotechnology | IR55-180 | |
| Vimentin抗体 | GeneTex | GTX100619 | |
| α-SMA抗体 | Elabscience | E-AB-34268 | |
| GAPDH抗体 | Cell Signaling Technology | 2118 | |
| 化学发光系统 | PerkinElmer Life and Analytical Sciences | -- | |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Corning | -- |
| 胎牛血清 | Avantor, Inc. | -- | |
| DMEM/F12培养基 | Corning | -- | |
| 胰岛素 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 转铁蛋白 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 氢化可的松 | Sigma-Aldrich | -- | |
| β-雌二醇 | Sigma-Aldrich | -- | |
| L-谷氨酰胺 | Sigma-Aldrich | -- | |
| HEPES | Sigma-Aldrich | -- | |
| 青霉素G | Corning Incorporated | -- | |
| 链霉素 | Corning Incorporated | -- | |
| siRNA转染 | TransIT-X2 | Mirus Bio | MIR |
| Opti-MEM | Thermo Fisher | -- | |
| 细胞活力检测 | 细胞计数试剂盒-8 | Dojindo Laboratories | -- |
| 细胞摄取研究 | Hoechst 33342 | Invitrogen | -- |
| 流式细胞仪(FACS-Calibur) | Becton-Dickinson | -- | |
| 荧光显微镜(Axiovert 5) | Zeiss | -- | |
| 离体成像 | PhotonIMAGER Optima系统 | Biospace Lab | -- |
| 毒理学评估 | 自动血液分析仪(Advia 2120) | Bayer | -- |
| 生化分析仪(Hitachi 7080) | Hitachi, Ltd. | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| LNP制备 | 脂质成分摩尔比(DLin-MC3-DMA:胆固醇:DMG-PEG2000:DSPC=50:38.5:1.5:10),N/P比(3),微流控流速比(1:3)和总流速(12 mL/min) 阅读提示:Methods 2.2 节 |
| 动物模型建立 | 小鼠品系(六周龄雄性C57BL/6),博来霉素剂量(2 U/kg),给药方式(气管内注射),对照组处理(生理盐水) 阅读提示:Methods 2.3 节 |
| siRNA@LNP给药 | siRNA@LNP剂量(0.125 mg/kg),给药时间(第1、4、7天),给药方式(气管内注射,50 μL生理盐水稀释),分组 阅读提示:Methods 2.3 节 |
| 肺功能检测 | 麻醉药(avertin 240 mg/kg),肌松药(pancuronium 0.08 mg/kg),通气参数(潮气量10 mL/kg,频率150次/分,PEEP 3 cmH2O),检测指标(Rrs, Ers, Cst, IC) 阅读提示:Methods 2.4 节 |
| siRNA转染 | siRNA浓度(25 nM),转染试剂(TransIT-X2),处理时间(24 h),博来霉素浓度(10 mU/mL)和处理时间(24 h) 阅读提示:Methods 2.11 节 |