生物信息学筛选候选基因
鉴定子宫内膜癌中与铁死亡相关的差异表达基因。
基于GEO数据库的三个转录组数据集(GSE63678、GSE106191、GSE115810)进行差异表达分析,与FerrDb铁死亡相关基因取交集,获得9个候选基因,并通过TCGA-UCEC队列验证表达。
COX7A1-mediated mitochondrial dysfunction can induce ferroptosis in endometrial cancer cells.
研究包含生物信息学分析、体外细胞功能实验(增殖、铁死亡指标、线粒体功能)和蛋白表达检测,但缺乏体内实验验证。
Ishikawa人子宫内膜癌细胞 AN3 CA人子宫内膜癌细胞
COX7A1过表达和敲低模型:Ishikawa细胞转染过表达质粒,AN3 CA细胞转染siRNA,孵育48小时。 细胞增殖检测:EDU实验转染后48小时,CCK-8实验在0、24、48、72小时测定。 铁死亡指标:Fe2+、MDA、GSH/GSSG比值、ROS水平、线粒体超微结构观察。 线粒体功能指标:JC-1检测线粒体膜电位,Western blot检测VDAC1、Cytochrome C、ATP5A1、OPA1蛋白表达。 关键蛋白表达:Western blot检测GPX4、ACSL4、SLC7A11蛋白水平。
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定子宫内膜癌中与铁死亡相关的差异表达基因。
基于GEO数据库的三个转录组数据集(GSE63678、GSE106191、GSE115810)进行差异表达分析,与FerrDb铁死亡相关基因取交集,获得9个候选基因,并通过TCGA-UCEC队列验证表达。
评估COX7A1在正常子宫内膜细胞和多种子宫内膜癌细胞系中的表达水平。
利用RT-qPCR和Western blot检测COX7A1在HEEpiC-SV40、Ishikawa、AN3 CA、HEC-50B、KLE、RL95-2细胞中的mRNA和蛋白表达。
建立COX7A1功能获得和功能丧失的体外模型。
在Ishikawa细胞中转染COX7A1过表达质粒(oeCOX7A1),在AN3 CA细胞中转染siRNA(siCOX7A1-1、siCOX7A1-2),并设置相应的阴性对照(oeNC、siNC)。转染后通过RT-qPCR和Western blot验证敲低和过表达效率。
评估COX7A1表达变化对子宫内膜癌细胞增殖的影响。
通过EDU染色和CCK-8实验检测细胞增殖和活力。
验证COX7A1是否诱导子宫内膜癌细胞铁死亡。
检测细胞内Fe2+、MDA、GSH/GSSG比值、ROS水平,通过透射电镜观察线粒体超微结构,并通过Western blot检测GPX4、ACSL4、SLC7A11蛋白表达。
探讨COX7A1诱导铁死亡是否通过线粒体功能障碍。
通过JC-1荧光染色检测线粒体膜电位,通过Western blot检测VDAC1、Cytochrome C、ATP5A1、OPA1蛋白表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | VivaCell | C3117-0500 |
| 胎牛血清 | Sigma | F2442 | |
| 青霉素-链霉素 | CellMax | CPS101.02 | |
| 胰蛋白酶-EDTA溶液 | Yeasen Biotechnology (Shanghai) Co., Ltd. | 40101ES25 | |
| 细胞计数器 | BioAces (Shanghai) Life Science Co., Ltd. | CytScop® | |
| CO2培养箱 | Shanghai Boxun Medical Biological Instrunent Corp. | BX-100CB | |
| 水浴锅 | BKMAMLAB | 110805002 | |
| 转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | L3000001 |
| COX7A1过表达质粒 | Hunan Fenghui Biotechnology Co., Ltd. | FH1750 | |
| siRNA | Hunan Fenghui Biotechnology Co., Ltd. | SC2020030900 | |
| 细胞增殖检测 | CCK-8试剂盒 | LABLEAD | CK001 |
| EDU试剂盒 | RiboBio | C10310-1 | |
| DAPI染色液 | Beyotime | C1002 | |
| 倒置荧光显微镜 | Leica Microsystems | Leica | |
| 酶标仪 | Tecan | Sunrise | |
| 线粒体膜电位检测 | JC-1染色试剂盒 | Elabscience | E-CK-A301 |
| ROS检测 | DCFH-DA | Shanghai Maokang Biotechnology Co., Ltd. | MX4802-50MG |
| MDA检测 | MDA检测试剂盒 | Suzhou Grace Biotechnology Co., Ltd. | G0109W |
| 酶标仪 | Beijing Liuyi Biotechnology Co., Ltd. | WD-9417B | |
| 透射电镜 | 柠檬酸铅 | Shanghai Acmec Biochemical Technology Co., Ltd. | L26640-5g |
| 超薄切片机 | Lebo Science | UM10 | |
| 透射电子显微镜 | Thermo Fisher Scientific | Spectra | |
| RT-qPCR | 细胞总RNA提取试剂盒 | Servicebio | G3013-100ML |
| cDNA合成试剂盒 | TIANGEN | KR118 | |
| 实时荧光定量PCR试剂盒 | TIANGEN | FP205-02 | |
| PCR仪 | Thermo Fisher Scientific | 4376600 | |
| Nanodrop紫外分光光度计 | Thermo Fisher Scientific | NanoDrop2000/2000c | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime Biotechnology | P0013B |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime Biotechnology | P0011 | |
| 涡旋混匀器 | Servicebio | SWV-4500B |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养条件(DMEM+10% FBS+1%双抗)、温度37°C、5% CO2 阅读提示:Methods:Cell culture |
| 转染 | Ishikawa细胞转染过表达质粒,AN3 CA细胞转染siRNA;转染试剂Lipofectamine 3000;转染后孵育时间48小时 阅读提示:Methods:Construction of COX7A1 knockdown and overexpression cell models |
| 细胞增殖检测 | CCK-8:接种密度3000细胞/孔,检测时间0、24、48、72小时;EDU:接种密度1×10^5细胞/孔,转染后48小时 阅读提示:Methods:Cell counting Kit-8, EDU staining |
| 铁死亡指标检测 | 检测Fe2+、MDA、GSH/GSSG、ROS;JC-1检测线粒体膜电位;Western blot检测GPX4、ACSL4、SLC7A11 阅读提示:Methods:Determination of MDA, Fe2+ and GSH/GSSG, JC-1 fluorescence, ROS fluorescence |
| 线粒体功能检测 | JC-1染色检测膜电位;Western blot检测VDAC1、Cytochrome C、ATP5A1、OPA1 阅读提示:Methods:JC-1 fluorescence, Western blot |