评估ASPN表达及功能富集分析
验证ASPN在胃癌组织中的过表达及其相关基因调控的通路。
利用TCGA-STAD、GSE27342、GSE63089数据集分析ASPN表达,并进行GO/KEGG富集分析。
Asporin regulates glycolysis and stemness of gastric cancer cells.
结合了转录组数据分析、体外细胞功能实验(敲低、MTT、流式、Transwell、克隆/成球)、代谢检测及体内异种移植模型,并进行HIF1α回补验证。
HGC27细胞系 GCIY细胞系 BALB/c裸鼠异种移植模型
ASPN敲低效率及shASPN-2序列的有效性 HGC27和GCIY细胞中ASPN敲低后的表型变化 HIF1α过表达对ASPN缺失表型的部分回复效果 异种移植模型中ASPN缺失对肿瘤生长的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证ASPN在胃癌组织中的过表达及其相关基因调控的通路。
利用TCGA-STAD、GSE27342、GSE63089数据集分析ASPN表达,并进行GO/KEGG富集分析。
获得ASPN功能缺失的细胞模型。
在HGC27和GCIY细胞中感染表达shASPN或shNC的慢病毒,经嘌呤霉素筛选建立稳定敲低细胞系。
检测ASPN敲低对胃癌细胞增殖、凋亡、迁移和侵袭的影响。
使用MTT、7-AAD、Annexin V/PI、Transwell等实验评估细胞活力、细胞周期、凋亡及迁移/侵袭能力。
确定ASPN是否调节胃癌细胞的糖酵解。
通过ECAR和OCR分析、葡萄糖消耗、乳酸、ATP、G6PD、pH测定及糖转运蛋白表达检测,评估ASPN敲低后的糖酵解变化。
确定ASPN是否维持胃癌细胞的干性。
通过集落形成、成球实验、CD44流式分析及干性标志物(OCT4, NANOG, MYC)Western blot检测,评估ASPN敲低后的干性变化。
验证HIF1α是否介导ASPN对糖酵解和干性的调控。
通过HIF反应性荧光素酶报告基因实验检测ASPN对HIF1α转录活性的影响;在ASPN敲低细胞中过表达HIF1α,观察对成球能力、糖酵解及相关蛋白表达的回复作用。
验证ASPN在体内对胃癌生长、糖酵解和干性的影响。
将ASPN缺陷或对照的HGC27细胞皮下注射到裸鼠,观察肿瘤生长,并通过IHC、TUNEL和Western blot评估增殖、凋亡、糖酵解和干性标志物。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| RPMI-1640培养基 | -- | -- | |
| MEM培养基 | -- | -- | |
| 慢病毒包装 | 病毒滴度测定试剂盒 | Takara | 631476 |
| 稳定细胞构建 | 聚凝胺 | YEASEN | 40804ES76 |
| 嘌呤霉素 | YEASEN | 60210ES25 | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Sigma-Aldrich | 20-188 |
| Pierce™ BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 23225 | |
| PVDF膜 | Sigma-Aldrich | -- | |
| ECL底物 | Thermo Fisher Scientific | 32106 | |
| ASPN抗体 | Proteintech | 27602-1-AP | |
| GLUT1抗体 | Proteintech | 21829-1-AP | |
| GLUT3抗体 | Proteintech | 20403-1-AP | |
| GLUT4抗体 | Abcam | ab33780 | |
| SCO2抗体 | Proteintech | 21223-1-AP | |
| NANOG抗体 | Proteintech | 14295-1-AP | |
| MYC抗体 | Proteintech | 10828-1-AP | |
| CD44抗体 | Proteintech | 15675-1-AP | |
| HIF1α抗体 | Proteintech | 20960-1-AP | |
| Actin抗体 | Proteintech | 20536-1-AP | |
| HRP标记的抗兔IgG | Proteintech | SA00001-2 | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| cDNA合成 | High-Capacity cDNA逆转录试剂盒 | Applied Biosystems | -- |
| qPCR | SYBR® Green荧光染料 | Roche | -- |
| 双荧光素酶实验 | 双荧光素酶报告基因检测试剂盒 | Vazyme | DL101-01 |
| 细胞活力检测 | MTT试剂 | Beyotime | ST316 |
| 细胞周期检测 | 7-AAD检测试剂盒 | ORiCells Biotechnology | ORCCY014A |
| 凋亡检测 | Annexin V-FITC/PI凋亡检测试剂盒 | Solarbio | CA1020 |
| 流式分析 | CD44抗体 | BioLegend | 397517 |
| 迁移与侵袭 | Transwell小室 | Corning | -- |
| 结晶紫 | Merck | -- | |
| 基质胶 | BD Sciences | 356235 | |
| 成球实验 | B27补充剂 | Gibco | 17504044 |
| 碱性成纤维细胞生长因子 | Novoprotein | -- | |
| 表皮生长因子 | Novoprotein | -- | |
| 胰岛素 | Gibco | -- | |
| 代谢指标检测 | 葡萄糖摄取比色检测试剂盒 | Merck | MAK083-1KT |
| L-乳酸检测试剂盒 | Elabscience | E-BC-K044-M | |
| G6PD检测试剂盒 | BestBio | BB-4720 | |
| ATP检测试剂盒 | Beyotime | S0026B | |
| pH计 | INESA | PHSJ-6 L | |
| 代谢分析 | Seahorse XFe96细胞外通量分析仪 | Agilent | -- |
| Seahorse XF96 V3 PS细胞培养微孔板 | Agilent | 101085-004 | |
| 寡霉素 | Merck | 495455 | |
| FCCP | Merck | 370-86-5 | |
| 鱼藤酮 | Merck | PHL22642 | |
| 免疫组化 | Ki67抗体 | Abcam | Ab15580 |
| 二抗 | Proteintech | B900210 | |
| TUNEL | TUNEL检测试剂盒 | Elabscience | E-CK-A320 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源和培养条件,如GCIY使用MEM+15%FBS,HGC-27使用DMEM+10%FBS 阅读提示:Materials and methods - Cell culture |
| 慢病毒感染与稳定细胞构建 | MOI=15,polybrene浓度8 µg/mL,嘌呤霉素筛选浓度2 µg/mL 阅读提示:Materials and methods - Plasm id construction and Stable cell construction |
| 细胞活力检测 | 细胞接种密度1×10⁴/孔,MTT处理时间4小时,OD490nm测量 阅读提示:Materials and methods - Cell viability measurement |
| 细胞周期与凋亡分析 | 7-AAD染色细胞数5×10⁵,Annexin V/PI染色细胞数1.5×10⁵,孵育时间和处理温度 阅读提示:Materials and methods - Flow cytometry assay |
| 迁移与侵袭实验 | Transwell细胞数3×10⁴,培养时间2天,Matrigel包被比例1:5,结晶紫染色浓度0.1% 阅读提示:Materials and methods - Migration and invasion assay |
| 代谢检测 | ECAR和OCR分析所用细胞数5×10⁴/孔,药物处理顺序和浓度(Oligomycin, FCCP, Rotenone, Antimycin A) 阅读提示:Materials and methods - Extracellular acidification rate (ECAR) and O2 consumption rate (OCR) measurement |
| 体内异种移植 | 小鼠周龄、每组数量(10只)、接种细胞数2×10⁶/只,测量时间点和肿瘤体积计算公式 阅读提示:Materials and methods - Xenograft assay |