GXBD提取物制备与化学谱分析
鉴定GXBD的主要化学成分,并评估其药物相似性。
按经典处方比例制备GXBD,通过UHPLC-QE-MS/MS鉴定化学成分,利用网络药理学数据库预测活性成分靶点。
Multi-Omics Evidence Linking Gualou Xiebai Banxia Decoction Intervention to Atherosclerosis Mitigation and Gut Microbiota-Bile Acid Signatures in ApoE-/- Mice.
包含体外化学谱分析、网络药理学预测、体内动物模型(ApoE-/-小鼠)验证、16S rRNA测序、靶向胆汁酸代谢组学及RT-qPCR等多层次实验,并进行了功能验证和机制验证。
ApoE-/-小鼠高脂饮食诱导动脉粥样硬化模型 肠道菌群分析(粪便样本) 主动脉组织 肝脏组织
ApoE-/-小鼠,雄性,8周龄,20-30g,SPF级,随机分为6组,每组8只 高脂饮食(21%脂肪,0.15%胆固醇),灌胃给药14周 GXBD高剂量组(2.50 g/kg)用于机制研究 RT-qPCR检测MMP9、CASP3、PPARG、SIRT1、ZO-1、Occludin等基因表达 16S rRNA测序(V3-V4区)和靶向胆汁酸代谢组学分析
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定GXBD的主要化学成分,并评估其药物相似性。
按经典处方比例制备GXBD,通过UHPLC-QE-MS/MS鉴定化学成分,利用网络药理学数据库预测活性成分靶点。
预测GXBD抗动脉粥样硬化的潜在分子靶点。
利用TCMSP、HERB、SwissADME等数据库筛选活性成分,预测靶点;与AS相关基因取交集;整合GEO数据集(GSE100927、GSE43292、GSE28829)鉴定核心靶点。
评估GXBD对高脂饮食诱导的ApoE-/-小鼠动脉粥样硬化的改善作用。
ApoE-/-小鼠随机分为对照组、模型组、GXBD低、中、高剂量组和辛伐他汀组,灌胃给药14周,检测体重、血脂、血糖,主动脉和肝脏组织学分析。
探究GXBD对肠道菌群组成和功能的影响。
对粪便样本进行16S rRNA V3-V4区测序,分析α多样性和β多样性,LEfSe鉴定差异菌属,PICRUSt2预测功能。
检测粪便中胆汁酸的组成变化。
采用LC-MS/MS对粪便样本进行靶向胆汁酸代谢组学分析,通过OPLS-DA和VIP>1, FC≥2筛选差异胆汁酸。
验证GXBD对核心靶基因和肠道屏障功能的影响。
通过RT-qPCR检测主动脉组织中MMP9、CASP3、PPARG、SIRT1、MTOR的表达,以及回肠组织中紧密连接蛋白ZO-1、Occludin和炎症因子IL-1β、IL-6、TNF-α的表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 化学谱分析 | 沃特世ACQUITY UPLC I-Class系统 | Waters | -- |
| HSS T3色谱柱 | Waters | -- | |
| 赛默飞Q-Exactive HF-X质谱仪 | Thermo | -- | |
| 血清生化分析 | TNF-α ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-M3063 |
| IL-6 ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-M0044 | |
| IL-1β ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-M0037 | |
| RT-qPCR | TRIzol试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| PrimeScript RT Master Mix试剂盒 | Takara Bio | -- | |
| SYBR Premix Ex Taq II | Takara Bio | -- | |
| CFX96实时荧光定量PCR检测系统 | Bio-Rad | -- | |
| 肠道菌群测序 | Illumina HiSeq 6000测序平台 | Illumina | -- |
| 靶向胆汁酸代谢组学 | SCIEX QTRAP 6500+质谱仪 | SCIEX | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型与给药 | 雄性ApoE-/-小鼠,8周龄,SPF级;高脂饮食(21%脂肪,0.15%胆固醇);GXBD高剂量2.50 g/kg,灌胃给药,每日一次,持续14周 阅读提示:见Materials and Methods 2.7节,图4A |
| 化学谱分析 | 色谱柱:HSS T3(100×2.1mm, 1.8μm);柱温45°C;流动相:0.1%甲酸水/乙腈,线性梯度5%-100% B,14分钟;流速0.35 mL/min;质谱:正负离子模式,全扫描/dd-MS2,分辨率60,000(MS1)和15,000(MS2) 阅读提示:见Materials and Methods 2.2节 |
| 肠道菌群分析 | 16S rRNA V3-V4区;Illumina HiSeq 6000;QIIME2(2020.2)分析;LEfSe LDA>4;比较Control、Model、GXBD-H组 阅读提示:见Materials and Methods 2.11节 |
| 靶向胆汁酸代谢组学 | 粪便样本20 mg;LC-MS/MS(SCIEX QTRAP 6500+);MRM模式;16点校准曲线(0.1-4000 ng/mL, R2>0.99) 阅读提示:见Materials and Methods 2.12节 |
| RT-qPCR | RNA提取:TRIzol;逆转录:PrimeScript RT Master Mix;qPCR:SYBR Premix Ex Taq II,CFX96系统;内参GAPDH;2-ΔΔCt法 阅读提示:见Materials and Methods 2.14节 |