遗传关联分析
检验HSD11B1变异是否与AD风险相关,并验证是否依赖于APOE4状态。
利用ADNI和ROSMAP队列的SNP数据,按APOE4状态分层,用逻辑回归分析HSD11B1 SNP与AD风险的关联。
Why 11β-HSD1 inhibitors show variable efficacy in Alzheimer's therapy: an APOE4-dependent HSD11B1 mechanism.
包含遗传关联分析、神经影像分析、细胞实验(HT-22、SH-SY5Y、原代神经元)、ChIP、qRT-PCR、Western blot、ELISA、药物抑制和基因敲低等多层级验证。
HT-22小鼠海马神经元细胞系 SH-SY5Y人神经母细胞瘤细胞系(APOE3/E3) 原代内嗅皮层神经元(C57BL/6J小鼠)
APOE4状态:APOE4携带者与非携带者分层 HSD11B1 SNP rs2282738基因型:CC、CT、TT 血浆皮质醇水平:高(>150 ng/ml)与低 内嗅皮层体积和 hippocampal 体积的 MRI 测量 APOE4蛋白处理:重组APOE4或APOE3(10 μg/mL)与VLDL/HDL(25 μg/mL)共处理3天
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
检验HSD11B1变异是否与AD风险相关,并验证是否依赖于APOE4状态。
利用ADNI和ROSMAP队列的SNP数据,按APOE4状态分层,用逻辑回归分析HSD11B1 SNP与AD风险的关联。
评估HSD11B1在脑区的表达模式,并比较APOE4携带者与非携带者间的差异。
利用Allen Brain Atlas和GSE48350数据集分析HSD11B1在EC和海马中的表达。
检验血浆皮质醇水平与脑萎缩和疾病进展的关系。
分析ADNI数据,比较不同APOE4状态和皮质醇水平的MCI患者的EC和海马体积变化及进展时间。
验证APOE4是否通过C/EBPβ上调HSD11B1并增加皮质醇生成。
用HT-22和SH-SY5Y细胞及原代EC神经元,给予重组APOE4/APOE3和脂蛋白,测量HSD11B1表达和皮质醇水平;使用siRNA敲低和抑制剂干预。
鉴定HSD11B1的转录调控因子并验证C/EBPβ的作用。
利用ARCHS4、Enrichr和UCSC数据库预测转录因子,并通过ChIP实验验证C/EBPβ与HSD11B1启动子的结合。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| MEM培养基 | Gibco | -- | |
| HT-22细胞系 | Sigma-Aldrich | SCC129 | |
| SH-SY5Y细胞系 | ATCC | CRL-2266 | |
| Neurobasal培养基 | -- | -- | |
| B27添加剂 | -- | -- | |
| L-谷氨酰胺 | -- | -- | |
| 青霉素/链霉素 | -- | -- | |
| 药物处理 | 极低密度脂蛋白 | Sigma-Aldrich | LP1 |
| 高密度脂蛋白 | Sigma-Aldrich | LP3 | |
| 重组人APOE3蛋白 | Sigma-Aldrich | SRP4696 | |
| 重组人APOE4蛋白 | Sigma-Aldrich | A3234 | |
| 可的松 | Sigma-Aldrich | C2755 | |
| 甘珀酸二钠 | MedChemExpress | HY-B1367 | |
| ELISA | 皮质醇ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-0157 |
| Western blot | 抗GAPDH抗体 | GeneTex | GTX100118 |
| 抗HSD11B1抗体 | ABClonal | A1619 | |
| 抗APOE4抗体 | Cell Signaling Technology | 8941 | |
| 抗C/EBPβ抗体 | ABclonal | A0711 | |
| 抗磷酸化C/EBPβ (T235)抗体 | Cell Signaling Technology | 3084 | |
| ChIP | 抗C/EBPβ抗体 | -- | -- |
| 蛋白A Plus琼脂糖珠 | -- | -- | |
| qRT-PCR | QuantStudio 1实时荧光定量PCR系统 | -- | -- |
| 转染 | Stealth siRNA | Invitrogen | -- |
| DharmaFECT转染试剂 | Dharmacon | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 遗传关联分析 | SNP rs2282738基因分型;APOE4状态分层;队列来源(ADNI/ROSMAP);样本量;统计模型(logistic回归,调整年龄和性别)。 阅读提示:见材料与方法“HSD11B1 SNP analysis using ADNI and ROSMAP datasets”及表1 |
| 脑组织表达分析 | HSD11B1表达数据来源(Allen Brain Atlas, GSE48350);APOE4携带者和非携带者的定义;年龄匹配;EC组织取材标准。 阅读提示:见材料与方法“Brain HSD11B1 and HSD11B2 expression data analysis”及图1 |
| 神经影像与血液分析 | 血浆皮质醇测量方法;高/低皮质醇阈值(>150 ng/ml);APOE4状态;EC和海马体积测量方法和时间点;MRI数据点数。 阅读提示:见材料与方法“Cortisol, APOE4, and brain changes in MCI progression”及图3 |
| 细胞实验 | 细胞系(HT-22、SH-SY5Y);APOE3/APOE4重组蛋白浓度(10 μg/mL);VLDL/HDL浓度(25 μg/mL);处理时间(3天);可的松浓度(0.4 μg/mL)和处理时间(24小时);Cbxl浓度(5-15 μM)。 阅读提示:见材料与方法“Cell lines and transfection”、“Cortisol ELISA assay”及图4 |
| ChIP实验 | 细胞类型(SH-SY5Y);处理(HDL和APOE3/APOE4,3天);抗体(anti-C/EBPβ, 4 μg);细胞数量(2×10^7);交联条件(1%甲醛,37°C);超声条件(Bioruptor plus, 低强度, 10次脉冲, 每次30秒)。 阅读提示:见材料与方法“Chromatin immunoprecipitation (ChIP) assay”及图5 |