网络药理学与分子对接分析
预测EMP治疗HUA-CI的潜在靶点和通路,并评估AF与MAP2K1的结合能力。
利用Swiss Target Prediction预测EMP成分靶点,从Genecards、OMIM、Drugbank收集疾病靶点,构建PPI网络和成分-靶点-通路网络,进行GO和KEGG富集分析,并使用AutoDock Vina进行分子对接。
Albiflorin-Mediated MAP2K1 Targeting and HIF-1 Signaling Inhibition Contribute to the Therapeutic Efficacy in Hyperuricemia-Associated Cognitive Impairment.
包含体内动物模型、体外细胞实验、分子对接、CETSA、网络药理学等多层级验证,功能验证和机制验证完整。
C57BL/6J小鼠高尿酸血症相关认知障碍模型 BV2小胶质细胞 HT22海马神经元细胞
HUA-CI模型诱导:腹腔注射氧嗪酸钾(200 mg/kg)和次黄嘌呤(300 mg/kg),连续7天 EMP给药剂量:低(12.5 mg/kg/天)、中(50 mg/kg/天)、高(100 mg/kg/天),腹腔注射7天 AF给药剂量:100 mg/kg/天,腹腔注射7天 FG4592(HIF-1α激活剂)剂量:10 mg/kg/天(体内)或10 μM(体外) 分子对接结合能:AF与MAP2K1结合能为−7.472 kcal/mol
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
预测EMP治疗HUA-CI的潜在靶点和通路,并评估AF与MAP2K1的结合能力。
利用Swiss Target Prediction预测EMP成分靶点,从Genecards、OMIM、Drugbank收集疾病靶点,构建PPI网络和成分-靶点-通路网络,进行GO和KEGG富集分析,并使用AutoDock Vina进行分子对接。
评估EMP和AF对HUA-CI小鼠的认知改善、海马病理、炎症、氧化应激和凋亡的影响,并验证HIF-1信号通路的作用。
建立HUA-CI小鼠模型,分组给药,通过Morris水迷宫、HE染色、ELISA、TUNEL、Western blot等检测相关指标。
在细胞水平验证AF对UA诱导的小胶质细胞活化和神经元凋亡的影响及其对MAP2K1/HIF-1通路的调控。
使用UA刺激BV2小胶质细胞和HT22神经元细胞,检测细胞活力、炎症因子、氧化应激指标、凋亡和信号通路蛋白表达。
验证AF与MAP2K1的直接结合及其对MAP2K1表达的影响。
采用CETSA检测AF对MAP2K1热稳定性的影响,并通过Western blot检测MAP2K1表达。
通过MAP2K1过表达验证AF的作用是否依赖于MAP2K1。
在BV2和HT22细胞中过表达MAP2K1,检测对AF保护效应的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物模型诱导 | 氧嗪酸钾 | Sigma-Aldrich | -- |
| 次黄嘌呤 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 药物处理 | 芍药苷 | Sigma-Aldrich | A14007 |
| FG4592 | Selleck Chemicals | S7665 | |
| YC-1 | MedChemExpress | HY-10064 | |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Thermo Fisher Hyclone | -- |
| 胎牛血清 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | Dojindo Laboratories | CK04 |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596026 |
| RT-qPCR | SYBR Green PCR预混液 | Applied Biosystems | 4309155 |
| 蛋白提取 | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Roche | 11836153001 | |
| 蛋白定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 23225 |
| Western blot | PVDF膜 | Millipore | IPVH00010 |
| GLUT9抗体 | Abcam | ab223470 | |
| URAT1抗体 | Abcam | ab172614 | |
| ABCG2抗体 | Abcam | ab207732 | |
| OAT1抗体 | Abcam | ab172614 | |
| HIF-1α抗体 | Abcam | ab1 | |
| Bax抗体 | Abcam | ab32503 | |
| Caspase-3抗体 | Abcam | ab32351 | |
| IBA1抗体 | Abcam | ab178846 | |
| CD86抗体 | Abcam | ab239075 | |
| ARG1抗体 | Abcam | ab133543 | |
| MAP2K1抗体 | Abcam | ab32134 | |
| p-ERK抗体 | Abcam | ab201015 | |
| ERK抗体 | Abcam | ab32537 | |
| GAPDH抗体 | Abcam | ab8245 | |
| ELISA | IL-1β ELISA试剂盒 | RayBiotech | ELM-IL1B-1 |
| IL-6 ELISA试剂盒 | RayBiotech | ELM-IL6-1 | |
| TNF-α ELISA试剂盒 | RayBiotech | ELM-TNF-1 | |
| SOD ELISA试剂盒 | Beyotime | S0139 | |
| CAT ELISA试剂盒 | Beyotime | S0055 | |
| MDA ELISA试剂盒 | Beyotime | S0138 | |
| 凋亡检测 | 原位细胞死亡检测试剂盒 | Roche | 11684795910 |
| DAPI | Vector Laboratories | H-1200 | |
| Annexin V-FITC/PI凋亡检测试剂盒 | BD Biosciences | 556547 | |
| 生化检测 | 黄嘌呤氧化酶测试盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute | -- |
| 肌酐检测试剂盒 | Wuhan Elabscience Biotechnology Co. Ltd. | -- | |
| 尿素氮检测试剂盒 | Wuhan Elabscience Biotechnology Co. Ltd. | -- | |
| 行为学检测 | EthoVision XT视频追踪系统 | -- | -- |
| 组织切片 | 冰冻切片机(Leica CM1860) | Leica | -- |
| 细胞活力检测 | 酶标仪(Thermo Scientific Multiskan FC) | Thermo Scientific | -- |
| 流式分析 | BD FACSCalibur流式细胞仪 | BD Biosciences | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型建立 | C57BL/6J雄性小鼠,8周龄,体重20-25g;氧嗪酸钾200 mg/kg和次黄嘌呤300 mg/kg腹腔注射,每日一次,连续7天 阅读提示:Materials and Methods 2.1 |
| 药物给药方案 | EMP剂量:12.5, 50, 100 mg/kg/天;AF:100 mg/kg/天;FG4592:10 mg/kg/天;YC-1:5 mg/kg/天;腹腔注射7天;溶剂为生理盐水或DMSO 阅读提示:Materials and Methods 2.1 |
| 行为学测试 | Morris水迷宫:平台隐藏于水下1.5cm,每天训练4次,连续5天,每次60秒;使用EthoVision XT记录 阅读提示:Materials and Methods 2.4 |
| 体外细胞实验(BV2) | BV2细胞培养于DMEM+10%FBS+1%青霉素-链霉素,37°C,5%CO2;UA浓度1 mM,处理24小时;AF浓度10 μM;YC-1浓度5 μM;FG4592浓度10 μM;药物提前1小时加入 阅读提示:Materials and Methods 2.7 |
| 体外细胞实验(HT22) | HT22细胞用LPS(1 μg/mL)激活的BV2条件培养基处理;AF浓度100 μM;FG4592浓度10 μM;处理24小时 阅读提示:Materials and Methods 2.9 |