耐药细胞模型的验证
确认A549/TAX细胞对紫杉醇的耐药表型。
使用CCK-8、集落形成和凋亡实验比较A549与A549/TAX细胞对紫杉醇的反应。
Utilization of a UPLC-MS/MS Approach to Elucidate the Role of ABCB1-Mediated Paclitaxel Resistance in Non-Small Cell Lung Cancer Cells.
包含体外细胞模型(A549/A549/TAX)耐药表型验证、RNA-seq转录组分析、Western blot机制验证、UPLC-MS/MS药物浓度检测、基因沉默和抑制剂功能回复实验,以及临床样本免疫组化验证。
A549细胞 A549/TAX耐药细胞 NSCLC患者肿瘤组织
细胞系:A549与A549/TAX(紫杉醇耐药) 耐药表型验证:CCK-8、集落形成、凋亡实验 ABCB1表达验证:RNA-seq、Western blot、qRT-PCR 药物处理:紫杉醇浓度范围、ABCB1抑制剂(tariquidar、elacridar) UPLC-MS/MS定量:细胞内和细胞外紫杉醇浓度
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确认A549/TAX细胞对紫杉醇的耐药表型。
使用CCK-8、集落形成和凋亡实验比较A549与A549/TAX细胞对紫杉醇的反应。
筛选与紫杉醇耐药相关的差异表达基因。
通过RNA-seq分析A549和A549/TAX细胞的基因表达谱,鉴定差异表达基因并进行通路富集分析。
验证ABCB1等耐药相关蛋白在耐药细胞中的表达差异。
通过Western blot检测ABCB1、ABCC1、ABCG2、β-catenin和SOX2在A549和A549/TAX细胞中的蛋白水平。
建立灵敏、特异、准确的紫杉醇定量方法。
开发并验证UPLC-MS/MS方法用于检测细胞裂解液和培养基中的紫杉醇浓度,包括特异性、线性、LLOQ、精密度、准确度、残留和稳定性。
评估ABCB1高表达对紫杉醇外排的影响。
使用UPLC-MS/MS检测A549和A549/TAX细胞在不同紫杉醇浓度下细胞内和细胞外紫杉醇浓度。
验证ABCB1敲低对紫杉醇敏感性的影响。
在A549/TAX细胞中转染ABCB1 siRNA,通过Western blot和qRT-PCR验证敲低效率,并检测紫杉醇处理后的细胞活力。
评估P-gp抑制剂逆转紫杉醇耐药的效果。
使用CCK-8、集落形成和凋亡实验检测ABCB1抑制剂(tariquidar或elacridar)联合紫杉醇对A549/TAX细胞的影响。
量化P-gp抑制后细胞内紫杉醇浓度的变化。
使用UPLC-MS/MS检测ABCB1抑制剂处理不同时间(24h和48h)后,A549/TAX细胞内外紫杉醇的浓度。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | -- | |
| Ham's F-12K培养基 | Sangon | -- | |
| 紫杉醇 | MedChemExpress | HY-B0015 | |
| 支原体检测 | PCR检测试剂盒 | Applied Biological Materials | G238 |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂 | Dojindo | CK04 |
| 酶标仪 | BioTek Synergy H1 | -- | |
| 集落形成实验 | 结晶紫溶液 | Biosharp | -- |
| 凋亡实验 | Annexin V-FITC和碘化丙啶试剂盒 | Elabscience | E-CK-A211 |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596026 |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解液 | Beyotime | -- |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Roche | -- | |
| 蛋白质定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Invitrogen | A55864 |
| Western blot | PVDF膜 | Millipore | -- |
| ABCB1抗体 | Abcam | ab170904 | |
| GAPDH抗体 | Proteintech | 60004-1-Ig | |
| ABCG2抗体 | Proteintech | 27286-1-AP | |
| SOX2抗体 | Proteintech | 20118-1-AP | |
| ABCC1抗体 | ABchlnal | A2223 | |
| β-catenin抗体 | Santa Cruz | sc-7963 | |
| 兔二抗 | Cell Signaling Technology | 7074 | |
| 鼠二抗 | Cell Signaling Technology | 7076 | |
| ECL化学发光试剂 | Invitrogen | 32106 | |
| 基因敲低 | Opti-MEM培养基 | Gibco | -- |
| Lipofectamine RNAiMAX转染试剂 | Thermo | -- | |
| qRT-PCR | RNA快速纯化试剂盒 | YiShan Biotech | RN001 |
| PrimeScript RT试剂盒 | Takara | RR037A | |
| UPLC-MS/MS | 紫杉醇-D5 | Alta Scientific | 1ST000431D5 |
| 甲醇 | Sigma-Aldrich | 34860 | |
| 超高效液相色谱-串联质谱系统 | Waters | -- | |
| ACQUITY UPLC I-Class系统 | Waters | -- | |
| ACQUITY UPLC BEH C18色谱柱 | Waters | -- | |
| 细胞处理 | 磷酸盐缓冲液 | Sangon | E607008 |
| 临床样本处理 | ABCB1抗体(免疫组化) | Abcam | ab170904 |
| 免疫组化 | HRP标记二抗 | Beyotime | A0208 |
| DAB底物溶液 | Beyotime | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系:A549和A549/TAX;培养基:DMEM和Ham's F-12K;添加物:10% FBS、1%青霉素-链霉素;A549/TAX需要200 ng/mL紫杉醇维持耐药性。 阅读提示:Materials and Methods, Section 2.1 |
| 药物处理 | 紫杉醇浓度范围(如CCK-8中0.01-16200 ng/mL);ABCB1抑制剂浓度:tariquidar 25 ng/mL,elacridar 1.5 μg/mL;处理时间:24h或48h。 阅读提示:Materials and Methods, Sections 2.2, 2.3, 2.4, 2.10 |
| 基因敲低 | siRNA序列:siABCB1-1 (5'-CGACAGAAUAGUAACUUGUUU-3'),siABCB1-2,siABCB1-3;siRNA浓度30 pmol;转染试剂Lipofectamine RNAiMAX;处理时间3天。 阅读提示:Materials and Methods, Section 2.7 |
| UPLC-MS/MS检测 | 色谱条件:ACQUITY UPLC BEH C18柱,流动相A:0.1%甲酸水,B:甲醇,梯度洗脱;质谱条件:m/z 854.2→286.0 (paclitaxel), 859.2→291.2 (paclitaxel-D5);内标:paclitaxel-D5;线性范围1-15000 ng/mL;LLOQ 1 ng/mL。 阅读提示:Materials and Methods, Section 2.9 |
| 统计方法 | 数据分析:GraphPad Prism v10.2.1;差异表达基因筛选标准:|log2FC|>1且p<0.05;显著性水平:*p<0.05, **p<0.01, ***p<0.001。 阅读提示:Materials and Methods, Section 2.13 |