多组学图谱构建
表征人类TMJ纤维软骨和相邻结缔组织的细胞组成和空间分布
对人TMJ AD/RCT样本进行scRNA-seq和空间转录组学分析,结合免疫荧光和机械测试等。
Integrin inhibition facilitates fibrocartilaginous transformation in connective tissue in osteoarthritis.
包含体外细胞实验、小鼠及小型猪动物模型、多组学分析、功能验证与机制验证。
人类TMJ盘状组织(AD/RCT) Myh11-CreER+; Tmfl/+ 小鼠ADD TMJ-OA模型 小鼠IVD损伤OA模型 ADD TMJ-OA小型猪模型 MH7A细胞系
整合素αV/β5抑制处理使用西仑吉肽,小鼠剂量66.67 mg/kg/次,连续3天;小型猪剂量1 mg/次,每2周一次共4次 ADD TMJ-OA小鼠模型在5周龄诱导,术后10天分析 IVD损伤小鼠模型在5周龄诱导,术后10天分析 scRNA-seq分析:人类样本每组N=4,小鼠样本15-20个AD/RCT合并 Western blot分析:MH7A细胞经1 μM西仑吉肽处理48小时
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
表征人类TMJ纤维软骨和相邻结缔组织的细胞组成和空间分布
对人TMJ AD/RCT样本进行scRNA-seq和空间转录组学分析,结合免疫荧光和机械测试等。
确定COL5A1+成纤维细胞在ECM重塑和纤维软骨转化中的作用
对成纤维细胞亚群进行聚类和差异表达分析,计算FT评分,并通过空间转录组学和免疫荧光验证其分布。
验证COL5A1+成纤维细胞是否来源于血管周围微环境的MUs
使用Myh11-CreER+; Tmfl/+小鼠进行谱系追踪,结合FISH和免疫荧光检测Col5a1和RFP共表达。
确定整合素αV/β5在COL5A1+成纤维细胞介导的ECM重塑中的作用
通过CellChat分析细胞间信号,GO分析和免疫染色检测整合素αV/β5表达。
验证抑制整合素αV/β5是否能促进结缔组织向纤维软骨转化
在ADD TMJ-OA小鼠和微型猪模型中局部注射西仑吉肽,评估ECM成分、Col5a1+细胞比例和力学性能。
阐明西仑吉肽促进纤维软骨转化的分子机制
通过scRNA-seq和Western blot分析TGF-β配体和Smad信号通路的变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 力学测试 | Mach-1 v500css力学测试仪 | Biomomentum | -- |
| Piuma纳米压痕仪 | Optics11 | -- | |
| 拉曼光谱 | XploRA PLUS共聚焦拉曼显微镜 | -- | -- |
| 蛋白质组学 | Q Exactive HF-X质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| EASY-nLC 1200超高效液相色谱系统 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| C18色谱柱 | -- | -- | |
| scRNA-seq | 10x Chromium控制器 | 10x Genomics | -- |
| Chromium单细胞3' v2试剂盒 | 10x Genomics | -- | |
| Illumina NovaSeq 6000测序仪 | Illumina | -- | |
| 空间转录组学 | 徕卡Aperio VERSA 8扫描仪 | Leica | -- |
| 组织学 | Movat五色染色试剂盒 | Abcam | ab245884 |
| FISH | RNAscope多重荧光试剂盒 | Advanced Cell Diagnostics | 323100-USM |
| 免疫荧光 | 抗整合素αVβ5抗体 | R&D Systems | MAB2528 |
| 山羊抗小鼠Alexa Fluor 568二抗 | Invitrogen | A11031 | |
| 免疫组织化学 | 抗TGF-β1抗体 | Huabio | PD00-17 |
| 抗TGF-β2抗体 | Huabio | ER1917-63 | |
| 抗TGF-β3抗体 | Huabio | HA723084 | |
| Western blot | GAPDH抗体 | Huabio | ET1601-4 |
| Smad2抗体 | Huabio | ET1604-22 | |
| 磷酸化Smad2抗体 | Huabio | SD207-1 | |
| Smad3抗体 | Huabio | ET1607-41 | |
| 磷酸化Smad3抗体 | Huabio | ET1609-41 | |
| Smad1/5/9抗体 | Huabio | ER64980 | |
| 磷酸化Smad1/5/9抗体 | Huabio | HA722566 | |
| 药理处理 | 西仑吉肽 | MedChem Express | EMD 121974 |
| 细胞分离 | CD90.2/THY1磁珠 | Miltenyi Biotec | 130-121-278 |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | C11995500BT |
| 胎牛血清 | Gibco | 10091148 | |
| 青霉素/链霉素 | Gibco | 15140122 | |
| 胰蛋白酶-EDTA溶液 | Gibco | 25200072 | |
| 蛋白提取 | 总蛋白提取试剂盒 | SAB | PE001 |
| 蛋白定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Epizyme Biotech | ZJ102 |
| ECL检测 | 化学发光底物液 | Abbkine | BMU102 |
| 组织学固定 | OCT包埋剂 | Sakura Finetek | 4583 |
| 荧光封片 | 含DAPI封片剂 | Solarbio | S2110 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 多组学分析 | 人类TMJ样本来源和分组:正常AD/RCT、ADD TMJ-OA AD/RCT,每组4例;细胞数量统计:总127433个细胞;scRNA-seq使用10x平台,空间转录组使用10x Visium 阅读提示:Materials and Methods: 'Human samples', 'scRNA-seq data and spatial transcriptomic data processing' |
| 动物模型建立 | ADD TMJ-OA小鼠模型:5周龄小鼠,手术操作细节(缝合固定使关节盘前移位),术后10天分析;IVD损伤模型:5周龄小鼠,用31号针穿刺L2-L5,术后10天分析 阅读提示:Materials and Methods: 'ADD-induced TMJ-OA mouse model', 'IVD injury–induced OA mouse model' |
| 药理干预 | 小鼠西仑吉肽剂量66.67 mg/kg/次,连续3天;小型猪剂量1 mg/次,每2周一次共4次;注射方式为局部注射;对照组注射等量生理盐水 阅读提示:Materials and Methods: 'Cilengitide administration' |
| 谱系追踪 | Myh11-CreER+; Tmfl/+小鼠,他莫昔芬75 mg/kg连续2天腹腔注射;ADD模型建立后10天分析 阅读提示:Materials and Methods: 'Tamoxifen administration' |
| 功能验证 | 力学测试:人类Mach-1 indentation 0.26mm at 10μm/s;小鼠Piuma nanoindenter,4x9阵列,间距65μm,最大深度10μm;小型猪Mach-1;每组样本量:人类N=3,小鼠N=4,小型猪N=3 阅读提示:Materials and Methods: 'Mechanical testing analysis' |