单细胞转录组图谱构建
描绘AAV患者与健康对照外周血免疫细胞组成,并鉴定与AAV相关的中性粒细胞亚群。
收集18例外周血样本(3健康、12 AAV、3治疗后)进行scRNA-seq,质控后获得125350个细胞,基于标志基因注释细胞类型,并重新聚类中性粒细胞得到7个亚群。
Single-Cell RNA-Sequencing of Peripheral Blood Reveals Neutrophil Heterogeneity in Childhood ANCA-Associated Vasculitis.
包含单细胞测序、体外HL-60细胞实验、大鼠EAV模型、临床样本分析及临床数据相关性多种独立证据层级,并有功能验证和机制验证。
HL-60细胞系 WKY大鼠实验性自身免疫性血管炎(EAV)模型 儿童及成人AAV患者外周血样本 健康对照外周血样本
单细胞测序样本:3例健康、12例AAV(6例MPO-ANCA阳性、3例PR3-ANCA阳性、3例治疗后)、3例治疗后样本 EAV模型:雌性WKY大鼠,MPO(1600 μg/kg)免疫,对照组为HSA HL-60分化:1.3% DMSO和0.5% FBS处理4天,再加10%血清(健康或AAV)孵育24小时 谷氨酰胺实验:含谷氨酰胺与不含谷氨酰胺的RPMI-1640培养基 流式检测CD10和CD11B表达
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
描绘AAV患者与健康对照外周血免疫细胞组成,并鉴定与AAV相关的中性粒细胞亚群。
收集18例外周血样本(3健康、12 AAV、3治疗后)进行scRNA-seq,质控后获得125350个细胞,基于标志基因注释细胞类型,并重新聚类中性粒细胞得到7个亚群。
确定与AAV发病相关的中性粒细胞亚群及其功能特征。
分析不同中性粒细胞亚群比例,发现N2(CD10+CD11B++)显著增加,N5(CD10−CD11B++)有增加趋势;对亚群进行差异表达基因和GO/KEGG富集分析,并进行功能评分。
探索CD10−CD11B++向CD10+CD11B++分化的方向及关键转录因子。
使用Monocle2拟时间轨迹和RNA velocity分析分化方向;通过pySCENIC分析转录因子调控网络。
验证AAV外周血微环境对中性粒细胞分化的影响。
用DMSO诱导HL-60细胞向中性粒细胞分化,分别用健康儿童血清或AAV患儿血清刺激,检测CD11B++细胞比例。
在体内验证AAV相关中性粒细胞亚群的扩增。
用MPO免疫WKY大鼠建立EAV模型,通过流式检测外周血中CD10+CD11B++和CD10−CD11B++中性粒细胞的比例。
揭示中性粒细胞亚群的代谢特征,特别是谷氨酰胺代谢的变化。
对中性粒细胞亚群进行代谢通路功能评分,比较CON、AAV和AAV-AT组间谷氨酰胺代谢得分差异。
验证增加谷氨酰胺代谢对致病性中性粒细胞分化的影响。
在含或不含谷氨酰胺的培养基中培养HL-60细胞,用AAV血清刺激,检测CD11B++细胞比例。
验证谷氨酰胺代谢和GGT水平与疾病状态的关系。
检测血浆谷氨酰胺浓度和GGT水平,比较治疗前后变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 单细胞样本制备 | 红细胞裂解液 | Singleron | -- |
| 单细胞测序建库 | GEXSCOPE®单细胞RNA文库构建试剂盒 | Singleron | -- |
| 单细胞测序 | Illumina Novaseq 6000测序仪 | Illumina | -- |
| 细胞计数 | Countstar® Rigel自动荧光细胞计数仪 | Countstar | -- |
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Gibco | C11875500BT |
| 二甲基亚砜 | Solarbio | D8371 | |
| 胎牛血清 | Gibco | 10091148 | |
| 细胞培养(谷氨酰胺代谢实验) | 无谷氨酰胺RPMI-1640培养基 | Gibco | 21870076 |
| 流式细胞术 | 红细胞裂解液 | BD | 555899 |
| 纯化小鼠抗大鼠CD32抗体 | BD | 550270 | |
| CD45抗体 | BD | 561586 | |
| CD11B抗体 | BD | 566867 | |
| CD10抗体 | SantaCruz | sc-46656PE | |
| RP-1抗体 | BD | 566868 | |
| 7-AAD | Absin | abs9104 | |
| 流式细胞术(HL-60) | CD11B抗体(561690) | BD | 561690 |
| 动物实验 | 百日咳毒素 | Sigma-Aldrich | P7208 |
| 人髓过氧化物酶(MPO) | -- | -- | |
| 组织学染色 | 普鲁士蓝染色试剂盒 | Solarbio | -- |
| 生化检测 | 自动尿液生化分析仪(Cobas c701) | Roche | -- |
| 自动血液生化系统(Cobas 8000) | Roche | -- | |
| 谷氨酰胺比色试剂盒 | Elabscience | E-BC-K853-M | |
| γ-谷氨酰转移酶试剂 | Siemens Healthineers | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 单细胞测序 | 样本类型和数量(3健康、12 AAV、3治疗后);红细胞裂解和洗涤条件;建库试剂盒和测序平台;质控参数(基因数、UMI、线粒体含量) 阅读提示:Materials and Methods: Clinical Sample Collection and Single-Cell Preparation Procedures, RT & Amplification & Library Construction, Primary Analysis of Raw Read Data; Figure 1 |
| 流式细胞术 | 采血量和抗凝;裂解时间和温度;抗体浓度和孵育时间;7-AAD活细胞百分比阈值 阅读提示:Materials and Methods: Flow Cytometry |
| HL-60细胞分化实验 | DMSO浓度(1.3%)、FBS浓度(0.5%)、分化时间(4天)、血清刺激浓度(10%)和时长(24小时) 阅读提示:Materials and Methods: Cell Culture |
| 动物模型 | 大鼠品系、性别、周龄(雌性WKY,4周);MPO剂量(1600 μg/kg)、免疫途径(肌注和皮下)、佐剂(完全弗氏佐剂);百日咳毒素剂量(1 μg/只)和时间(第0和2天);处死时间(第8周) 阅读提示:Materials and Methods: Rat and Experimental Autoimmune Vasculitis (EAV) Model |
| 代谢干预实验 | 谷氨酰胺有无的培养基;刺激血清类型(儿童AAV血清,浓度10%);处理时间 阅读提示:Materials and Methods: Cell Culture(谷氨酰胺实验) |
| 临床生化检测 | 检测试剂盒;样本类型(血浆/血清);检测指标(谷氨酰胺、GGT) 阅读提示:Materials and Methods: Glutamine Concentration Test, Gamma-Glutamyl Transpeptidase Test |