临床样本和生物信息学分析
评估HCC患者中LPA水平及与索拉非尼耐药的相关性
通过ELISA检测血清和组织中LPA水平,通过GEO、TCGA和HPA数据库分析ATX表达,并进行生存分析。
Lysophosphatidic acid-induced Arf6-driven macropinocytosis of CD147+ extracellular vesicles promotes sorafenib resistance of hepatocellular carcinoma.
包含体外细胞实验、体内CDX模型、患者样本分析及生物信息学分析,并进行了功能验证(CCK-8、凋亡)和机制验证(Western blot、GST pull-down、UEA-1 blot)。
HepG2细胞 MHCC-97H细胞 NOD/SCID小鼠异种移植模型 HCC患者样本
HG (4.5 g/L) 与 LG (0.45 g/L) 葡萄糖浓度 LPA处理浓度 (40 μM) 和时间 (1 h) 索拉非尼浓度 (HepG2: 4 μg/mL, MHCC-97H: 6 μg/mL) 和处理时间 (36 h) EV共培养浓度 (2 μg/well) 和时间 (24 h) 巨胞饮抑制剂EIPA (50 μM) 和WTM (0.5 μM) 的预处理浓度
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估HCC患者中LPA水平及与索拉非尼耐药的相关性
通过ELISA检测血清和组织中LPA水平,通过GEO、TCGA和HPA数据库分析ATX表达,并进行生存分析。
验证HG诱导的LPA是否促进LG-EV摄取及巨胞饮作用
使用HG和LG培养的HCC细胞,ELISA检测LPA水平,共聚焦显微镜检测DiO标记的LG-EV和RhoB-dextran的摄取,并使用EIPA和WTM抑制巨胞饮。
研究LG-EV摄取对索拉非尼敏感性的影响
使用CCK-8和Annexin V/7-AAD凋亡检测评估索拉非尼处理后细胞活力和凋亡。
阐明LPA-Arf6驱动的巨胞饮和CD147岩藻糖基化的机制
使用GST pull-down检测Arf6激活,Western blot检测蛋白表达,UEA-1 blot检测CD147岩藻糖基化,并通过siRNA敲低或过表达Arf6、CD147和FUT1。
验证体内抑制Arf6驱动的EV巨胞饮能否提高索拉非尼疗效
建立高血糖NOD/SCID小鼠双侧CDX模型,使用GFP-CD63标记EV,给予索拉非尼和EIPA、NAV2729或LPA处理,监测肿瘤生长。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 细胞处理 | 索拉非尼 | Yuanye Biotechnology | S45467 |
| 溶血磷脂酸 | MACKLIN | O863560 | |
| 渥曼青霉素 | MACKLIN | 681675 | |
| 金雀异黄酮 | MACKLIN | G810424 | |
| EIPA | SAITONG | E10484 | |
| 氯丙嗪 | MCE | HY-12708 | |
| EV分离 | 链霉亲和素磁珠 | PuriMag Biotech | -- |
| 生物素标记的抗CD147抗体 | Elabscience | E-AB-F1056B | |
| EV鉴定 | 生物素标记的UEA-1凝集素 | Vector Laboratories | GTX01511 |
| Western blot | 链霉亲和素-辣根过氧化物酶 | APEBIO | K1229 |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | Solarbio | CA1210 |
| 细胞凋亡检测 | Annexin V/7-AAD凋亡检测试剂盒 | SIMUBIOTECH | A5001-02A-L |
| ELISA | LPA ELISA试剂盒 | Mlbio | ml062890 |
| 免疫组化 | 免疫组化试剂盒 | ZSGB-BIO | PV-9000 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养和葡萄糖浓度 | HG (4.5 g/L) 和 LG (0.45 g/L) 葡萄糖浓度;细胞系(HepG2, MHCC-97H) 阅读提示:Material and methods - Cell culture |
| 药物处理和浓度 | LPA处理浓度 (40 μM) 和时间;索拉非尼浓度 (HepG2: 4 μg/mL, MHCC-97H: 6 μg/mL) 和时间 (36 h);EIPA (50 μM) 和WTM (0.5 μM) 浓度 阅读提示:Material and methods - Cellular viability assay 和 EV uptake assay |
| EV分离和鉴定 | EV分离离心转速和时间:300 × g 10 min, 2000 × g 30 min, 130,000 × g 1 h;EV标记蛋白(HSP70, TSG101, CD63);粒径和形态 阅读提示:Material and methods - Isolation of EVs 和 Identification of EVs |
| 体外功能实验 (CCK-8和凋亡) | 细胞密度 (1x10^4/ml);EV共培养浓度 (2 μg/well) 和时间 (24 h);凋亡检测细胞数 (1×10^4) 和重复数 (三重复) 阅读提示:Material and methods - Cellular viability assay 和 Cellular apoptosis assay |
| 体内动物模型 | 小鼠品系 (NOD/SCID, 雌性, 6-8周);STZ剂量 (50 mg/kg) 和给药时间 (8天);高血糖标准 (血糖>8.3 mmol/L);细胞接种数 (1×10^7);索拉非尼剂量 (40 mg/kg, i.g.);EIPA (10 mg/kg, i.p.) 和NAV2729 (20 mg/kg, i.p.) 剂量 阅读提示:Material and methods - HCC-xenografted mouse models 和 Figure 7 legend |