变构锌抑制和结构域间调控控制不依赖E3的泛素结合酶hUBE2O的催化机制。

Allosteric zinc inhibition and interdomain regulation govern the catalytic mechanism of the E3-independent ubiquitin-conjugating enzyme hUBE2O.

作者信息Dan Xiang, Xiaoxiao Tang, Ruona Shi, Shuqi Dong, Xiaofei Zhang
PMID41478573
发布时间2026-02
DOI10.1016/j.jbc.2025.111122

实验完整度

包含体外泛素化、突变分析、质谱、SEC-MALS、细胞实验和AlphaFold3建模等多个独立证据层级,并包含功能验证和机制验证。

主要模型

HEK293T细胞 Expi293F细胞 体外泛素化系统(纯化hUBE2O与E1、泛素)

重点核对

C1040是唯一催化半胱氨酸 C910S、C913S和C1020S突变对锌抑制具有抗性 锌离子浓度依赖性抑制hUBE2O活性 T995A突变严重损害CTNNA1泛素化但轻微影响RECQL4

摘要

UBE2O是一种不依赖E3的E2泛素结合酶,直接结合底物以介导泛素缀合和连接。尽管在多种底物的泛素化中发挥关键作用,但人类UBE2O(hUBE2O)的催化和调控机制仍未完全阐明。在此,我们结合结构域截短、系统突变和精心设计的生化方法,证明hUBE2O通过独特的催化结构介导单泛素化和多聚泛素化。具体而言,hUBE2O缺乏Dedicated催化半胱氨酸用于E3连接酶活性。相反,其不依赖E3的泛素化功能依赖于多个结构域的协调:催化必需的UBC结构域需要侧翼的卷曲螺旋(CC)和C末端调控(CTR)结构域来维持其完全的酶活性,而N末端区域对该酶的活性施加自抑制约束。有趣的是,hUBE2O的活性对其磷酸化和赖氨酸介导的自身泛素化状态不敏感。相反,UBC结构域中的特定非半胱氨酸残基(H939、T995、S1042、T1046、S1060和H1130)成为催化优化的关键调节因子。令人惊讶的是,锌离子作为强效的变构抑制剂出现,与hUBE2O的半胱氨酸结合,空间上阻碍催化位点C1040与泛素的接近。我们的发现揭示了hUBE2O介导的不依赖E3的泛素化受动态结构域间协作和变构调节的支配,为非经典泛素化的机制框架提供了依据,并为开发靶向hUBE2O的调节剂提供了信息。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
hUBE2O如何实现不依赖E3的泛素化,以及其活性如何被调控?
核心机制
hUBE2O的E3非依赖性泛素化依赖于UBC、CC和CTR结构域的协作;N端CR1-CR2区域发挥自抑制作用;锌离子通过与C910、C913和C1020结合变构阻断C1040与泛素的接近。
主要证据
体外泛素化实验、半胱氨酸突变筛选、锌离子结合实验和AlphaFold3建模证实锌离子与C910、C913和C1020结合并阻断C1040接近。
研究意义
为理解非经典泛素化提供机制框架,并有助于开发靶向hUBE2O的调节剂。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

hUBE2O的E3非依赖性活性验证

验证hUBE2O是否独立于E3介导单泛素化和多聚泛素化

通过体外泛素化实验检测hUBE2O的自身泛素化和底物泛素化,使用K0泛素突变体区分多单泛素化和多聚泛素化,并通过质谱分析多聚泛素链类型。

2

催化半胱氨酸的鉴定

确定hUBE2O中是否存在额外的E3催化半胱氨酸

系统突变全部25个半胱氨酸为丝氨酸,检测各突变体的自身泛素化、多聚泛素链形成和CTNNA1泛素化活性;建立硫酯捕获策略验证C1040是否为唯一催化半胱氨酸。

3

结构域功能分析

明确各结构域对hUBE2O活性的贡献

构建一系列结构域缺失突变体,检测其自身泛素化、多聚泛素链形成和CTNNA1泛素化活性;检测E2~泛素加合物形成。

4

自身泛素化对活性的影响

验证赖氨酸介导的自身泛素化是否调节hUBE2O活性

突变所有赖氨酸为精氨酸(K0突变体),检测其自身泛素化、底物泛素化活性;细胞内泛素化实验和时间梯度实验。

5

关键残基的鉴定

寻找UBC结构域影响催化活性的关键残基

系统突变CC、UBC、CTR结构域中的丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸,筛选影响活性的单个残基;检测T995A等突变体对底物泛素化、E2~泛素加合物形成的影响。

6

锌离子抑制机制研究

探究锌离子对hUBE2O活性的影响及机制

检测锌离子对hUBE2O体外和细胞内活性的影响;进行锌离子结合实验、半胱氨酸突变筛选、AlphaFold3结构建模,以及NEM修饰质谱分析。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
Expi293F细胞GibcoA14527
SMM 293-TII表达培养基Sino BiologicalM293TII
HEK293T细胞ATCCCRL-3216
杜氏改良Eagle培养基GibcoC11995500BT
胎牛血清Gibco10270106
Phanta Max超保真DNA聚合酶VazymeP505-d2
聚乙烯亚胺Polysciences24765-1g
cOmplete蛋白酶抑制剂混合物Roche4693116001
Pierce BCA蛋白测定试剂盒ThermoFisher Scientific23225
硝酸纤维素膜Cytiva10600003
脱脂牛奶BeyotimeP0216
BeyoECL Star底物BeyotimeP0018AS
ChemiDoc成像系统Bio-Rad--
兔抗Myc抗体Proteintech16286-1-AP
兔抗HA抗体Sigma-AldrichH6908
小鼠抗Flag标签抗体Sigma-AldrichF1804
兔抗Flag抗体Merck milliporeF7425
兔抗UBE2O抗体Cell signaling technology83393S
兔抗V5标签抗体GeneTexGTX117997
小鼠抗磷酸化苏氨酸(42H4)抗体Cell signaling technology9386
小鼠抗α-微管蛋白(DM1A)抗体Abcamab7291
小鼠抗泛素(P4D1)抗体Santa CruzSC-8017
小鼠抗GAPDH抗体Proteintech60004-1-Ig
Imperial蛋白染色液ThermoFisher Scientific24615
抗Flag M2亲和凝胶Sigma-AldrichA2220
Pierce抗c-Myc磁珠ThermoFisher Scientific88843
Lambda蛋白磷酸酶New England BiolabsP0753S
FastAP热敏碱性磷酸酶Thermo Fisher ScientificEF0651
Quick CIPNew England BiolabsM0525S
N-乙基马来酰亚胺Sigma-AldrichE3876
镍琼脂糖QIAGEN30230
苯胂氧化物Sigma-AldrichP3075
锌比色测定试剂盒ElabscienceE-BC-K137-M
Superdex 200 Increase 5/150 Gl 色谱柱Cytiva28-9909-45
Easy-nLC 1200ThermoFisher Scientific--
Fusion Lumos质谱仪ThermoFisher Scientific--
甲酸ThermoFisher Scientific85170
三磷酸腺苷----

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
体外泛素化
hUBE2O浓度2 μM,泛素浓度25 μM,E1浓度100 nM,反应缓冲液含2 mM ATP和5 mM MgCl2,37°C孵育1小时
阅读提示:见Experimental procedures中的'Protein purification and in vitro ubiquitination assay'
E2~泛素加合物形成
0.4 μM hUBE2O,25 μM泛素,100 nM E1,室温反应3分钟
阅读提示:见Experimental procedures中的'E2~Ubiquitin adducts formation and turnover assay'
锌抑制实验
锌离子浓度(如0.1 mM),处理时间1小时,反应缓冲液
阅读提示:见Experimental procedures中的'Metal ion affection on ubiquitination assay'
突变体活性检测
突变体表达(HEK293T细胞),体外泛素化反应条件
阅读提示:见Experimental procedures中的'Protein purification and in vitro ubiquitination assay'
质谱分析
NEM修饰C1040肽段检测,锌离子预孵育
阅读提示:见Experimental procedures中的'Proteomics sample preparation and mass spectrometry analysis'