hUBE2O的E3非依赖性活性验证
验证hUBE2O是否独立于E3介导单泛素化和多聚泛素化
通过体外泛素化实验检测hUBE2O的自身泛素化和底物泛素化,使用K0泛素突变体区分多单泛素化和多聚泛素化,并通过质谱分析多聚泛素链类型。
Allosteric zinc inhibition and interdomain regulation govern the catalytic mechanism of the E3-independent ubiquitin-conjugating enzyme hUBE2O.
包含体外泛素化、突变分析、质谱、SEC-MALS、细胞实验和AlphaFold3建模等多个独立证据层级,并包含功能验证和机制验证。
HEK293T细胞 Expi293F细胞 体外泛素化系统(纯化hUBE2O与E1、泛素)
C1040是唯一催化半胱氨酸 C910S、C913S和C1020S突变对锌抑制具有抗性 锌离子浓度依赖性抑制hUBE2O活性 T995A突变严重损害CTNNA1泛素化但轻微影响RECQL4
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证hUBE2O是否独立于E3介导单泛素化和多聚泛素化
通过体外泛素化实验检测hUBE2O的自身泛素化和底物泛素化,使用K0泛素突变体区分多单泛素化和多聚泛素化,并通过质谱分析多聚泛素链类型。
确定hUBE2O中是否存在额外的E3催化半胱氨酸
系统突变全部25个半胱氨酸为丝氨酸,检测各突变体的自身泛素化、多聚泛素链形成和CTNNA1泛素化活性;建立硫酯捕获策略验证C1040是否为唯一催化半胱氨酸。
明确各结构域对hUBE2O活性的贡献
构建一系列结构域缺失突变体,检测其自身泛素化、多聚泛素链形成和CTNNA1泛素化活性;检测E2~泛素加合物形成。
验证赖氨酸介导的自身泛素化是否调节hUBE2O活性
突变所有赖氨酸为精氨酸(K0突变体),检测其自身泛素化、底物泛素化活性;细胞内泛素化实验和时间梯度实验。
寻找UBC结构域影响催化活性的关键残基
系统突变CC、UBC、CTR结构域中的丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸,筛选影响活性的单个残基;检测T995A等突变体对底物泛素化、E2~泛素加合物形成的影响。
探究锌离子对hUBE2O活性的影响及机制
检测锌离子对hUBE2O体外和细胞内活性的影响;进行锌离子结合实验、半胱氨酸突变筛选、AlphaFold3结构建模,以及NEM修饰质谱分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | Expi293F细胞 | Gibco | A14527 |
| SMM 293-TII表达培养基 | Sino Biological | M293TII | |
| HEK293T细胞 | ATCC | CRL-3216 | |
| 杜氏改良Eagle培养基 | Gibco | C11995500BT | |
| 胎牛血清 | Gibco | 10270106 | |
| 质粒构建 | Phanta Max超保真DNA聚合酶 | Vazyme | P505-d2 |
| 转染 | 聚乙烯亚胺 | Polysciences | 24765-1g |
| 蛋白质印迹 | cOmplete蛋白酶抑制剂混合物 | Roche | 4693116001 |
| Pierce BCA蛋白测定试剂盒 | ThermoFisher Scientific | 23225 | |
| 硝酸纤维素膜 | Cytiva | 10600003 | |
| 脱脂牛奶 | Beyotime | P0216 | |
| BeyoECL Star底物 | Beyotime | P0018AS | |
| ChemiDoc成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| 兔抗Myc抗体 | Proteintech | 16286-1-AP | |
| 兔抗HA抗体 | Sigma-Aldrich | H6908 | |
| 小鼠抗Flag标签抗体 | Sigma-Aldrich | F1804 | |
| 兔抗Flag抗体 | Merck millipore | F7425 | |
| 兔抗UBE2O抗体 | Cell signaling technology | 83393S | |
| 兔抗V5标签抗体 | GeneTex | GTX117997 | |
| 小鼠抗磷酸化苏氨酸(42H4)抗体 | Cell signaling technology | 9386 | |
| 小鼠抗α-微管蛋白(DM1A)抗体 | Abcam | ab7291 | |
| 小鼠抗泛素(P4D1)抗体 | Santa Cruz | SC-8017 | |
| 小鼠抗GAPDH抗体 | Proteintech | 60004-1-Ig | |
| Imperial蛋白染色液 | ThermoFisher Scientific | 24615 | |
| 免疫沉淀/亲和纯化 | 抗Flag M2亲和凝胶 | Sigma-Aldrich | A2220 |
| 免疫沉淀 | Pierce抗c-Myc磁珠 | ThermoFisher Scientific | 88843 |
| 去磷酸化处理 | Lambda蛋白磷酸酶 | New England Biolabs | P0753S |
| FastAP热敏碱性磷酸酶 | Thermo Fisher Scientific | EF0651 | |
| Quick CIP | New England Biolabs | M0525S | |
| E2~泛素加合物形成 | N-乙基马来酰亚胺 | Sigma-Aldrich | E3876 |
| 细胞泛素化检测 | 镍琼脂糖 | QIAGEN | 30230 |
| PAO处理 | 苯胂氧化物 | Sigma-Aldrich | P3075 |
| 锌离子检测 | 锌比色测定试剂盒 | Elabscience | E-BC-K137-M |
| SEC-MALS | Superdex 200 Increase 5/150 Gl 色谱柱 | Cytiva | 28-9909-45 |
| 质谱分析 | Easy-nLC 1200 | ThermoFisher Scientific | -- |
| Fusion Lumos质谱仪 | ThermoFisher Scientific | -- | |
| 甲酸 | ThermoFisher Scientific | 85170 | |
| 体外泛素化反应 | 三磷酸腺苷 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 体外泛素化 | hUBE2O浓度2 μM,泛素浓度25 μM,E1浓度100 nM,反应缓冲液含2 mM ATP和5 mM MgCl2,37°C孵育1小时 阅读提示:见Experimental procedures中的'Protein purification and in vitro ubiquitination assay' |
| E2~泛素加合物形成 | 0.4 μM hUBE2O,25 μM泛素,100 nM E1,室温反应3分钟 阅读提示:见Experimental procedures中的'E2~Ubiquitin adducts formation and turnover assay' |
| 锌抑制实验 | 锌离子浓度(如0.1 mM),处理时间1小时,反应缓冲液 阅读提示:见Experimental procedures中的'Metal ion affection on ubiquitination assay' |
| 突变体活性检测 | 突变体表达(HEK293T细胞),体外泛素化反应条件 阅读提示:见Experimental procedures中的'Protein purification and in vitro ubiquitination assay' |
| 质谱分析 | NEM修饰C1040肽段检测,锌离子预孵育 阅读提示:见Experimental procedures中的'Proteomics sample preparation and mass spectrometry analysis' |