临床样本分析
探究p27表达与EOC患者预后和化疗反应的关系。
对90例EOC组织样本进行IHC染色,评估p27蛋白水平,分析其与临床病理特征、化疗反应及生存期的关联。
The cyclin-dependent kinase inhibitor p27 facilitates chemosensitivity by promoting ferroptosis in epithelial ovarian cancer.
包含临床样本分析(90例EOC组织IHC)、体外细胞功能实验(CRISPR/Cas9敲除、过表达、MTT、集落形成)、体内异种移植模型(顺铂、Erastin、SKPin C1处理)及机制验证(RNA-seq、荧光素酶报告、拯救实验)。
SKOV3细胞系 A2780细胞系 CAOV3细胞系 BALB/c裸鼠皮下异种移植模型 90例人EOC组织样本
p27表达状态(KO/过表达)及KO效率验证 顺铂处理浓度和时长(72h,浓度梯度) 铁死亡指标检测(ROS、脂质ROS、Fe2+、GSH、4-HNE) 体内异种移植模型中药物剂量和给药方案(顺铂3mg/kg、Erastin 20mg/kg、SKPin C1 10mg/kg,每2天) CYBB表达水平及其调控验证
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探究p27表达与EOC患者预后和化疗反应的关系。
对90例EOC组织样本进行IHC染色,评估p27蛋白水平,分析其与临床病理特征、化疗反应及生存期的关联。
验证p27对EOC细胞顺铂敏感性的影响。
利用CRISPR/Cas9在SKOV3和A2780细胞中敲除p27,在CAOV3细胞中过表达p27,检测细胞活力、IC50和集落形成能力。
验证p27对顺铂抗肿瘤效果的影响。
将sgNC/sgp27 SKOV3细胞皮下注射至裸鼠,给予顺铂或生理盐水,检测肿瘤体积、重量和增殖标志物。
探究p27是否通过调节铁死亡影响顺铂敏感性。
检测ROS、脂质ROS、Fe2+、GSH水平及4-HNE表达,并使用铁死亡抑制剂ferrostatin-1进行干预。
鉴定p27调控的下游基因和信号通路。
对SKOV3-sgNC和SKOV3-sgp27细胞进行RNA-seq,分析差异表达基因,并与铁死亡基因集交叉分析。
验证p27是否通过转录激活CYBB来调控铁死亡。
检测CYBB mRNA和蛋白水平,构建CYBB启动子荧光素酶报告载体,进行双荧光素酶报告实验。
验证CYBB在p27介导的铁死亡和顺铂敏感性中的必要性。
在p27-OE CAOV3细胞中敲低CYBB,检测铁死亡相关指标和顺铂敏感性。
探究SKPin C1(Skp2抑制剂)是否通过稳定p27增强顺铂抗肿瘤效果。
体外检测SKPin C1对p27表达和细胞活性的影响;体内评估联合治疗对皮下移植瘤生长的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 药物处理 | 顺铂 | 武汉协和医院药房 | -- |
| 埃拉斯汀 | Selleck Chemical | S7242 | |
| Ferrostatin-1 | Selleck Chemical | S7243 | |
| SKPin C1 | Selleck Chemical | S8652 | |
| 细胞培养 | DMEM/F12培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| CRISPR/Cas9 sgRNA | GeneChem | -- | |
| p27过表达慢病毒 | GeneChem | -- | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 3000 | Invitrogen | -- |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | -- |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| qRT-PCR | Trizol | Thermo Fisher Scientific | -- |
| HiScript III 一步法逆转录预混液 | Vazyme | -- | |
| AceQ qPCR SYBR Green 预混液 | Vazyme | -- | |
| Step-One Plus 实时荧光定量PCR系统 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 细胞活力检测 | MTT试剂 | Aladdin | -- |
| SpectraMax 酶标仪 | Molecular Devices | -- | |
| 铁死亡检测 | DCFH-DA | Beyotime | S0033S |
| BODIPY-581/591 C11 | Thermo Fisher Scientific | D3861 | |
| Fe2+检测试剂盒 | Elabscience | E-BC-K881-M | |
| 还原型GSH检测试剂盒 | 南京建成 | A006-2-1 | |
| 凋亡分析 | PI和FITC | -- | -- |
| 细胞增殖 | CCK-8试剂 | Vazyme | -- |
| 荧光素酶报告实验 | 双荧光素酶报告系统 | Promega | E1910 |
| 免疫组化 | 抗p27抗体 | Proteintech | 25614-1-AP |
| 抗Ki67抗体 | Proteintech | 27309-1-AP | |
| 抗4-HNE抗体 | R&D Systems | MAB3249 | |
| 抗CYBB抗体 | Proteintech | 19013-1-AP | |
| 抗Cleaved Caspase-3抗体 | CST | 9661 | |
| Western blot | 抗p27抗体 | Proteintech | 25614-1-AP |
| 抗CYBB抗体 | Proteintech | 19013-1-AP | |
| 抗Skp2抗体 | Proteintech | 15010-1-AP | |
| 抗β-actin抗体 | ABclonal | AC026 | |
| 抗Vinculin抗体 | Proteintech | 26520-1-AP | |
| siRNA转染 | CYBB siRNA | TsingKe | -- |
| Skp2 siRNA | TsingKe | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本分析 | p27表达评分的标准(IHC强度×面积)、化疗反应定义、样本量90例、随访时间和生存终点。 阅读提示:Methods 中 Patients and samples和IHC and quantification部分,以及Table 1。 |
| 体外细胞实验 | 细胞系来源、p27敲除和过表达的具体方法(sgRNA序列、病毒载体、筛选标记)、顺铂处理浓度梯度和时长(72h)、MTT和集落形成实验的细胞密度和培养时间。 阅读提示:Methods 中 Cell culture and transfection、Cell viability assay、Colony formation assay。 |
| 铁死亡检测 | ROS、脂质ROS、Fe2+、GSH检测的具体试剂盒和操作步骤、阳性对照和阴性对照的设定。 阅读提示:Methods 中 ROS and lipid ROS assay、Fe2+ and GSH assay。 |
| 体内异种移植模型 | 小鼠品系、性别、周龄(5周龄雌性BALB/c nude)、细胞注射数量(5×10^6)、给药剂量和方案(顺铂3mg/kg,Erastin 20mg/kg,SKPin C1 10mg/kg,每2天)、肿瘤体积测量方法和实验终点。 阅读提示:Methods 中 Animal studies,以及各图的图注(Figure 2E, 4E, 7D)。 |
| 机制验证实验 | RNA-seq的差异表达阈值(p<0.05,|log2FC|>1)、FerrDb数据库版本、CYBB启动子报告基因的构建细节(片段长度、位置)和转染比例。 阅读提示:Methods 中 RNA sequencing analysis、Luciferase reporter gene assay,以及Figure 5F-G。 |
| SKPin C1联合治疗 | SKPin C1的浓度范围和预处理时间(24h)、联合用药的方案(同步给药还是序贯)、CI计算软件和方法。 阅读提示:Methods 中 Cell viability assay(联合指数计算),Figure 7B-C。 |