临床样本和细胞系中SOX2与LPCAT1表达分析
验证SOX2和LPCAT1在骨肉瘤组织和细胞中的表达水平是否异常。
通过qRT-PCR和Western blot检测20对骨肉瘤及癌旁组织,以及骨肉瘤细胞系(MG63, 143B, U2OS, MNNG/HOS)和正常成骨细胞系hFOB 1.19中SOX2和LPCAT1的表达。
SOX2 induces LPCAT1 expression to promote cholesterol metabolic reprogramming-mediated invasion and metastasis in osteosarcoma.
包含临床样本表达分析、细胞功能实验、双荧光素酶报告和ChIP、RNA-seq、体内异种移植及肺转移模型等多个独立证据层级,并有功能验证和机制验证。
MG63细胞系 U2OS细胞系 异种移植肿瘤模型(BALB/c裸鼠) 肺转移模型(BALB/c裸鼠)
SOX2和LPCAT1在骨肉瘤组织和细胞中的表达水平 LPCAT1过表达和敲低对细胞活力、迁移和侵袭的影响 SOX2与LPCAT1启动子结合的直接证据(ChIP和双荧光素酶报告基因) LPCAT1对胆固醇代谢(TC/FC水平和SREBP1/INSIG1表达)的影响 体内模型中LPCAT1和shSOX2对肿瘤生长和肺转移的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证SOX2和LPCAT1在骨肉瘤组织和细胞中的表达水平是否异常。
通过qRT-PCR和Western blot检测20对骨肉瘤及癌旁组织,以及骨肉瘤细胞系(MG63, 143B, U2OS, MNNG/HOS)和正常成骨细胞系hFOB 1.19中SOX2和LPCAT1的表达。
评估LPCAT1对骨肉瘤细胞增殖、迁移和侵袭的影响。
在MG63细胞中过表达LPCAT1(oe-LPCAT1),在U2OS细胞中敲低LPCAT1(shLPCAT1),通过CCK-8、伤口愈合和Transwell实验检测细胞活力、迁移和侵袭能力。
验证SOX2是否直接结合LPCAT1启动子并调控其转录。
通过JASPAR预测SOX2结合位点,构建LPCAT1启动子荧光素酶报告基因(野生型和突变型),在MG63和U2OS细胞中进行双荧光素酶报告基因实验和ChIP实验,并检测SOX2过表达或敲低对LPCAT1表达的影响。
探索LPCAT1调控的下游通路,特别是胆固醇代谢。
对MG63(oe-LPCAT1 vs NC)和U2OS(shLPCAT1 vs shNC)细胞进行RNA-seq,通过GO和Reactome通路富集分析差异表达基因。
验证LPCAT1是否调节胆固醇水平及胆固醇代谢相关蛋白表达。
在LPCAT1过表达或敲低的细胞中,使用商业试剂盒测定游离胆固醇和总胆固醇水平,并通过Western blot和qRT-PCR检测SREBP1和INSIG1的表达。
通过上位性实验确定SOX2和LPCAT1在功能上的上下游关系。
在MG63细胞中共转染shSOX2和oe-LPCAT1,在U2OS细胞中共转染shLPCAT1和oe-SOX2,检测细胞活力、迁移、侵袭、胆固醇水平和相关蛋白表达。
验证SOX2/LPCAT1轴在体内对骨肉瘤生长、转移和胆固醇代谢的作用。
在BALB/c裸鼠皮下注射转染oe-LPCAT1和/或shSOX2的MG63细胞构建异种移植模型,通过尾静脉注射构建肺转移模型,测量肿瘤体积和重量,计数肺转移结节,并检测肿瘤组织中胆固醇水平和相关蛋白表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640完全培养基 | SUNNCELL | SNM-001E |
| 细胞转染 | lipo8000转染试剂 | Beyotime | C0533 |
| pcDNA3.1载体 | Youbio | VT1001 | |
| shLPCAT1 | Santa Cruz | sc-91777-SH | |
| shSOX2 | Santa Cruz | sc-38408-SH | |
| RNA提取和qRT-PCR | 总RNA提取试剂盒 | Agbio | AG21024 |
| cDNA合成试剂盒 | Agbio | AG11615 | |
| SYBR Green qPCR预混液 | Agbio | AG11762 | |
| ABI7900-HT-Fast实时荧光定量PCR系统 | Applied Biosystems | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | GBCBIO | G3424 |
| BCA蛋白定量试剂盒 | GBCBIO | G3522 | |
| SDS-PAGE凝胶 | GBCBIO | G3402 | |
| PVDF膜 | Yeasen | 36125ES03 | |
| 牛血清白蛋白 | GBCBIO | 0332 | |
| ECL化学发光试剂 | GBCBIO | G3308 | |
| iBright FL1500成像系统 | Invitrogen | A44115 | |
| 抗体 | SOX2抗体 | Affinity | AF5140 |
| SOX2(ChIP)抗体 | Cell signaling Tech, USA | CST #23064 | |
| LPCAT1抗体 | Affinity | DF12033 | |
| INSIG1抗体 | Affinity | DF12412 | |
| SREBP1抗体 | Affinity | AF6283 | |
| 波形蛋白抗体 | Affinity | AF7013 | |
| N-钙黏蛋白抗体 | Affinity | AF5239 | |
| GAPDH抗体 | Abcam | ab8245 | |
| 山羊抗兔二抗 | Abcam | ab205718 | |
| 山羊抗小鼠二抗 | Abcam | ab205719 | |
| 细胞增殖检测 | CCK-8试剂盒 | Shyuanye | R22305 |
| Transwell侵袭实验 | Transwell小室 | Millipore | -- |
| Matrigel基质胶 | BD Biosciences | 356234 | |
| 结晶紫 | GBCBIO | G9507 | |
| 双荧光素酶报告基因实验 | pGL3.0-Basic载体 | Youbio | VT1554 |
| pRL-TK海肾荧光素酶对照质粒 | Youbio | VT1568 | |
| 双荧光素酶报告基因检测试剂盒 | Yeasen | 11402ES60 | |
| ChIP实验 | ChIP检测试剂盒 | Newonebio | NR3302M |
| 胆固醇定量检测 | 游离胆固醇检测试剂盒 | Elabscience | E-BC-K004-M |
| 总胆固醇检测试剂盒 | Elabscience | E-BC-K109-M |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本表达分析 | 样本来源:20对配对骨肉瘤和癌旁组织;检测方法:qRT-PCR和Western blot 阅读提示:见Methods 2.1和Results 3.1,图1 |
| 细胞培养和转染 | 细胞系:MG63(低内源LPCAT1)用于过表达,U2OS(高内源LPCAT1)用于敲低;转染试剂:lipo8000;质粒:pcDNA3.1载体;shRNA序列 阅读提示:见Methods 2.2和2.3 |
| 功能实验(CCK-8、伤口愈合、Transwell) | 细胞密度:CCK-8 3×10^3/孔,伤口愈合5×10^5/孔,Transwell 1×10^5/孔;基质胶浓度:1 mg/mL;观察时间:24小时;刺激:10% FBS 阅读提示:见Methods 2.6-2.8,图2 |
| SOX2-LPCAT1调控验证 | LPCAT1启动子片段:-2000至+200 bp;SOX2结合位点:-1961至-1971 bp;突变序列;ChIP抗体:SOX2 (CST #23064) 阅读提示:见Methods 2.9和2.10,图3 |
| 胆固醇代谢检测 | 细胞或组织量:细胞5×10^6,组织50 mg;试剂盒:FC E-BC-K004-M,TC E-BC-K109-M 阅读提示:见Methods 2.12,图5 |
| 体内模型 | 动物品系:BALB/c裸鼠(5-6周龄);皮下注射细胞数:1×10^7;尾静脉注射细胞数:2×10^6;每组n=6;处置时间:28天(肿瘤),8周(肺转移) 阅读提示:见Methods 2.13,图7 |