生物信息学分析与风险模型构建
评估GSH代谢相关酶在THCA中的表达和预后价值,并构建风险分层模型。
利用TCGA(510例THCA)和GTEx(58例正常甲状腺)数据,分析24种GSH代谢相关酶的表达差异及与DFS的关系;通过LASSO Cox回归构建9基因风险模型,并按中位风险评分将患者分为高低风险组。
Developing a prognostic stratification model based on glutathione metabolism in thyroid cancer and validating RRM2's tumor-promoting role.
包含TCGA队列生物信息学分析、细胞功能实验(CCK-8、克隆形成、迁移侵袭、凋亡、细胞周期)、裸鼠皮下成瘤及mRNA测序等多层级体外和体内验证。
PTC细胞系TPC-1 PTC细胞系IHH4 BALB/c裸鼠皮下移植瘤模型 44例PTC患者肿瘤及配对癌旁组织
TCGA队列中510例THCA患者RNA-seq数据及临床信息 LASSO Cox回归模型构建及风险评分分组(按中位风险评分) RRM2过表达和敲低细胞系的构建(慢病毒转染) 裸鼠皮下成瘤实验(每组6只,接种2×10^6细胞) RRM2表达与DFS的相关性分析
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估GSH代谢相关酶在THCA中的表达和预后价值,并构建风险分层模型。
利用TCGA(510例THCA)和GTEx(58例正常甲状腺)数据,分析24种GSH代谢相关酶的表达差异及与DFS的关系;通过LASSO Cox回归构建9基因风险模型,并按中位风险评分将患者分为高低风险组。
验证RRM2在PTC组织与配对癌旁组织中的表达差异及其与临床特征的关系。
收集44例PTC患者肿瘤及配对癌旁组织,采用RT-qPCR和免疫组化检测RRM2 mRNA和蛋白表达,并分析其与临床病理特征的相关性。
评估RRM2过表达或敲低对PTC细胞增殖、迁移、侵袭、凋亡和细胞周期的影响。
在TPC-1和IHH4细胞中建立RRM2过表达(RRM2-OE)和敲低(RRM2-KD)稳定系,通过CCK-8、克隆形成、划痕愈合、Transwell、流式细胞术及Western blot检测相关表型和蛋白表达。
验证RRM2对PTC细胞体内肿瘤生长的影响。
将TPC-1、RRM2-KD-TPC-1和RRM2-OE-TPC-1细胞皮下接种于裸鼠,监测肿瘤生长曲线、体积和重量,并通过IHC检测Ki67、PCNA和RRM2表达。
探索RRM2过表达后的转录组变化及潜在分子机制。
对TPC-1和RRM2-OE-TPC-1细胞进行mRNA测序,筛选差异表达基因并进行GO和KEGG富集分析,随后通过Western blot验证细胞周期和PI3K/Akt通路相关蛋白。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | Gibco, Thermo Fisher Scientific | -- |
| 胎牛血清 | TYCOTO; China Hanqiang (Guangzhou) Biotechnology Co. | -- | |
| 恒湿培养箱 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| RNA提取和RT-qPCR | TRIzol试剂 | Invitrogen; Thermo Fisher Scientific | 15596018 |
| All-In-One 5X RT MasterMix逆转录预混液 | abm | G592 | |
| PerfectStart® Green qPCR SuperMix | Beijing TransGen Biotech Co | AQ602 | |
| StepOnePlus实时荧光定量PCR系统 | Applied Biosystems, Thermo Fisher Scientific | 4376592 | |
| 免疫组化 | 抗人/小鼠RRM2抗体 | Abcam | ab172476 |
| 抗小鼠PCNA抗体 | Maixin Bio-technology Development Company | RMA-0145 | |
| 抗小鼠Ki-67抗体 | Maixin Bio-technology Development Company | RMA-0731 | |
| Elivision™ Plus免疫组化检测系统 | Maixin Biotech | kit9903 | |
| Western blot | 增强型BCA蛋白定量试剂盒 | BOSTER Biological Technology co | AR0197A |
| 聚偏二氟乙烯膜 | Millipore | IPVH00010 | |
| 无蛋白快速封闭液 | Wuhan Boster Biological Technology Co., Ltd. | AR0041 | |
| 抗人GAPDH抗体 | Proteintech | 10494 | |
| 山羊抗兔IgG H&L(HRP) | Abcam | ab205718 | |
| 山羊抗小鼠IgG H&L(HRP) | Abcam | ab97023 | |
| 高效化学发光试剂盒 | Beijing Dingguo Changsheng Biotech Co | GE2301 | |
| 抗人Bax抗体 | CST | 5023 | |
| 抗人Bcl-2抗体 | CST | 3498 | |
| 抗人MMP2抗体 | CST | 40994 | |
| 抗人MMP9抗体 | CST | 13667 | |
| 抗人N-钙黏蛋白抗体 | CST | 13116 | |
| 抗人波形蛋白抗体 | CST | 5741 | |
| 抗人Snail抗体 | CST | 3879 | |
| 抗人Akt抗体 | CST | 4691 | |
| 抗人磷酸化Akt抗体 | CST | 4060 | |
| 抗人PI3K激酶p110α抗体 | CST | 4249 | |
| 抗人PTEN抗体 | CST | 9188 | |
| 抗人PI3K激酶p85α+p55抗体 | Abcam | ab278545 | |
| 抗人Cyclin A2抗体 | Proteintech | 18202 | |
| 抗人Cyclin E2抗体 | Proteintech | 11935 | |
| 抗人CDK2抗体 | Proteintech | 10122 | |
| 抗人c-MYC抗体 | Proteintech | 10828 | |
| 抗人Cyclin D1抗体 | Proteintech | 60186 | |
| 细胞转染 | 聚凝胺 | Sigma | H9268 |
| 嘌呤霉素 | Beyotime | ST551 | |
| 细胞增殖检测 | 细胞计数试剂盒-8 | Dojindo | CK04 |
| 多功能酶标仪 | BioTek Instruments Inc. | -- | |
| 细胞凋亡检测 | APC-Annexin V结合凋亡检测试剂盒 | Elabscience | E-CK-A218 |
| 细胞周期检测 | 碘化丙啶和RNase A | Elabscience | E-CK-A351 |
| 流式细胞仪(C6 plus) | -- | -- | |
| FlowJo v7.6.1软件 | BD Life Sciences | -- | |
| Transwell侵袭实验 | Matrigel基质胶 | Corning | 354234 |
| 24孔小室 | Corning | 3422 | |
| RNA-seq | NEBNext® Ultra™定向RNA文库制备试剂盒(Illumina) | New England Biolabs | -- |
| Illumina NovaSeq 6000测序平台 | Novogene Co., Ltd. | -- | |
| Agilent 2100生物分析仪 | Agilent Technologies | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 生物信息学分析 | TCGA数据版本(UCSC Xena)、GTEx数据版本、GSH代谢酶基因列表(24个)、LASSO Cox参数、训练/验证集划分 阅读提示:Materials and methods: 2.1-2.4 |
| 临床样本验证 | 样本量44例、患者年龄范围、配对组织、RT-qPCR条件和引物序列、IHC染色评分标准 阅读提示:Materials and methods: 2.7, 2.8; Results: 3.5 |
| 体外细胞功能实验 | 细胞系来源及培养条件、慢病毒转染MOI、筛选浓度、细胞接种密度、检测时间点 阅读提示:Materials and methods: 2.5, 2.10-2.17 |
| 体内成瘤实验 | 小鼠品系、周龄、性别、每组数量、细胞接种量、肿瘤测量时间、终止时间 阅读提示:Materials and methods: 2.13; Results: 3.4 |
| 转录组测序 | 细胞系、测序平台、文库构建方法、差异分析阈值、富集分析工具 阅读提示:Materials and methods: 2.18 |