建立体外肝细胞脂肪变性模型
模拟MAFLD中的脂毒性环境,验证PLIN5在脂质积累中的作用。
用棕榈酸(PA)和油酸(OA)处理AML12细胞建立脂肪变性模型,通过油红O染色和转录组测序验证模型成功。
PLIN5 deficiency ameliorates metabolic dysfunction‑associated fatty liver disease by inhibiting ferroptosis.
包含体外细胞模型、动物模型和单细胞测序,含过表达和敲低功能验证及ATF3相关机制验证。
AML12小鼠肝细胞系 C57BL/6J小鼠高脂饮食MAFLD模型 PLIN5敲除(PLIN5−/−)小鼠
高脂饮食诱导的MAFLD小鼠模型,喂养20周,45%脂肪供能 AML12细胞用0.5mM棕榈酸和1.0mM油酸处理48h诱导脂肪变性 PLIN5过表达质粒pcDNA3.1-PLIN5及ATF3敲低质粒shATF3的转染效率 铁死亡抑制剂Ferrostatin-1 (FER-1) 浓度为2μM,预处理1h PLIN5敲除小鼠的基因型验证(CRISPR/Cas9,PCR检测)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
模拟MAFLD中的脂毒性环境,验证PLIN5在脂质积累中的作用。
用棕榈酸(PA)和油酸(OA)处理AML12细胞建立脂肪变性模型,通过油红O染色和转录组测序验证模型成功。
在体内验证PLIN5缺失对HFD诱导的MAFLD的影响。
通过CRISPR/Cas9生成PLIN5−/−小鼠,喂食HFD 20周,分析肝脏脂质积累、组织学和血清ALT水平。
评估PLIN5对肝细胞铁死亡标志物和氧化还原状态的影响。
检测Fe2+水平、GPX4表达、MDA和GSH含量,并利用单细胞RNA-seq分析差异表达基因。
验证PLIN5过表达是否促进铁死亡,以及铁死亡抑制剂能否逆转其效应。
AML12细胞转染pcDNA3.1-PLIN5质粒,并用FER-1预处理,检测脂质积累、Fe2+、MDA和GSH水平。
确认ATF3是否介导PLIN5调控的铁死亡。
在AML12细胞中敲低ATF3,并过表达PLIN5,检测脂质积累、Fe2+、MDA和GSH水平。
鉴定PLIN5敲除后肝细胞中影响铁死亡的细胞类型特异调控因子。
对WT HFD和PLIN5−/− HFD小鼠肝脏进行单细胞RNA-seq,鉴定差异表达基因和铁死亡相关基因。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | AML12细胞 | CHI Scientific, Inc. | -- |
| DMEM/F-12(1:1)培养基 | Gibco; Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- | |
| 胎牛血清 | MilliporeSigma | F8318 | |
| 地塞米松 | MilliporeSigma | D4902-25MG | |
| 青霉素/链霉素 | Gibco; Thermo Fisher Scientific, Inc. | 15140122 | |
| 药物处理 | 棕榈酸 | Kun Chuang Biotechnology | KC002 |
| 油酸 | Kun Chuang Biotechnology | KC006 | |
| 无脂肪酸牛血清白蛋白 | Kun Chuang Biotechnology | KC002 | |
| 生化分析 | 谷胱甘肽检测试剂盒 | Wuhan Elabscience Biotechnology Co., Ltd. | E-BC-K030-M |
| 丙二醛检测试剂盒 | Wuhan Elabscience Biotechnology Co., Ltd. | E-BC-K025-M | |
| 细胞亚铁离子(Fe2+)荧光检测试剂盒 | Wuhan Elabscience Biotechnology Co., Ltd. | E-BC-F101 | |
| RNA-seq | TRIzol试剂 | Invitrogen; Thermo Fisher Scientific, Inc. | 15596026 |
| Agilent Bioanalyzer 2100系统 | Agilent Technologies, Inc. | -- | |
| NovaSeq 6000 S4试剂盒 | Illumina, Inc. | 20027466 | |
| 单细胞RNA-seq | IV型胶原酶 | -- | -- |
| 脱氧核糖核酸酶I | -- | -- | |
| 10× Genomics Chromium Next GEM单细胞3'试剂盒v3.1 | 10× Genomics, Inc. | 1000268 | |
| RT-qPCR | 细胞/组织总RNA快速提取试剂盒 | Novogene Co., Ltd. | -- |
| 逆转录试剂盒 | Toyobo Co., Ltd. | -- | |
| SYBR Green预混液 | Toyobo Co., Ltd. | -- | |
| LightCycler 480系统 | Roche Diagnostics | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beijing Solarbio Science & Technology Co., Ltd. | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beijing Solarbio Science & Technology Co., Ltd. | -- | |
| 硝酸纤维素膜 | Pall Life Sciences | -- | |
| 增强化学发光检测试剂 | Epizyme; Ipsen Pharma | -- | |
| 质粒转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen; Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- |
| Opti-MEM培养基 | Gibco; Thermo Fisher Scientific, Inc. | 31985070 | |
| 药物处理 | Ferrostatin-1 | MedChemExpress | HY-100579 |
| 油红O染色 | 油红O染色液 | Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute | -- |
| FerroOrange染色 | SYTO绿色花青染料 | Jiangsu Kaiji Biotechnology | -- |
| FerroOrange染料 | Tocris Bioscience | -- | |
| 共聚焦显微镜(Zeiss LSM 900) | Carl Zeiss AG | -- | |
| TG分析 | 甘油三酯检测试剂盒 | Beijing Solarbio Science & Technology Co., Ltd. | BC0625 |
| TC分析 | 总胆固醇检测试剂盒 | Beijing Solarbio Science & Technology Co., Ltd. | BC1985 |
| ALT分析 | 丙氨酸氨基转移酶检测试剂盒 | Beijing Solarbio Science & Technology Co., Ltd. | BC1555 |
| 玻璃毛细管 | KIMBLE; DWK Life Sciences | 71900-10 | |
| 动物饲养 | 高脂饮食 | Beijing HFK Bioscience Co., Ltd. | H10045 |
| 单细胞RNA-seq | 流式细胞仪(CytoFLEX S V4-B2-Y4-RO) | Beckman Coulter, Inc. | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型 | 小鼠品系(C57BL/6J及PLIN5−/−)、性别(雄性)、年龄(6-7周)、体重(约20g)、饮食(ND或HFD,45%脂肪供能)、喂养时长(20周)、每组动物数(n=10)。 阅读提示:Materials and methods, Animal models |
| 细胞培养 | AML12细胞系培养条件:DMEM/F-12 (1:1)培养基、10% FBS、40 ng/ml地塞米松、100 U/ml青霉素/链霉素、37°C、5% CO2。 阅读提示:Materials and methods, Cell culture |
| 细胞脂肪变性模型 | PAOA处理浓度和时间:PA (0.5 mM)、OA (1.0 mM)溶解于0.5%无脂肪酸BSA,处理48小时。 阅读提示:Materials and methods, Cell culture |
| 质粒转染 | 转染条件:2.5×10^5细胞/孔(6孔板),2.5 μg质粒DNA和5 μl Lipofectamine 3000,使用Opti-MEM稀释,室温孵育15分钟,转染后6小时换液,48小时后收获细胞。 阅读提示:Materials and methods, Plasmid transfection |
| 药物处理 | FER-1处理方法:2 μM预处理1小时,随后PAOA处理48小时。 阅读提示:Materials and methods, Plasmid transfection |
| 生化分析 | MDA和GSH检测方法:使用商业试剂盒,样品来自每组5只小鼠的肝脏或细胞。 阅读提示:Materials and methods, Biochemical analysis |
| 单细胞RNA-seq | 样本来源:每组5只小鼠的肝脏组织,通过胶原酶IV/DNase I灌注消化,靶向5000-10000个细胞/样本。 阅读提示:Materials and methods, Single-cell RNA-seq |
| 统计设计 | 数据表示为平均值±标准误,至少三次独立实验,统计分析使用GraphPad Prism 9.5.1,采用单因素方差分析和Bonferroni事后检验,P<0.05为具有统计学意义。 阅读提示:Materials and methods, Statistical analysis |