蛋白质组学分析房水样本
鉴定nAMD患者与白内障对照间差异表达蛋白,筛选潜在生物标志物。
对nAMD患者和年龄相关性白内障患者的房水样本进行TMT标记定量蛋白质组学分析,鉴定差异表达蛋白。
RARRES1 attenuates H2O2-induced RPE cell injury and inhibits choroidal neovascularization.
包含患者样本蛋白质组学、体外细胞功能实验、机制验证及激光诱导CNV小鼠模型的体内验证,证据层级丰富。
ARPE-19细胞 HUVEC细胞 激光诱导CNV小鼠模型 nAMD患者房水样本
H2O2处理浓度:200μM和400μM,处理时间48小时 siRNA浓度:50nM;质粒转染浓度:2μg/孔 CNV模型:激光光凝参数(532nm,50μm光斑,100ms,300mW),每眼5个激光点 AAV2载体注射剂量:约1×10^13 vgc,2μL 统计:至少三次独立实验,P<0.05为显著
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定nAMD患者与白内障对照间差异表达蛋白,筛选潜在生物标志物。
对nAMD患者和年龄相关性白内障患者的房水样本进行TMT标记定量蛋白质组学分析,鉴定差异表达蛋白。
验证RARRES1在临床样本、细胞模型和动物模型中的表达变化。
通过Western blot、qPCR和免疫荧光检测RARRES1在H2O2处理的ARPE-19细胞、CNV模型小鼠视网膜-色素上皮-脉络膜复合体中的表达。
探究RARRES1对氧化应激损伤和细胞功能的影响。
通过siRNA敲低和质粒过表达RARRES1,检测细胞活力、凋亡、ROS水平及炎症/血管生成因子表达。
评估RARRES1对血管内皮细胞血管生成能力的影响。
检测RARRES1敲低和过表达对HUVEC增殖、迁移和管形成能力的影响,并检测VEGFA、VEGFR2表达。
验证RARRES1在体内对脉络膜新生血管形成的影响。
通过眼内注射AAV2-RARRES1过表达载体,在激光诱导的CNV小鼠模型中评估病变大小和血管渗漏。
阐明RARRES1保护作用的分子机制。
通过Western blot检测JNK、SIRT1、Nrf2等信号通路蛋白的表达变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 蛋白质组学分析 | Mascot 2.2 | -- | -- |
| Proteome Discoverer 1.4 | -- | -- | |
| 细胞培养 | 胎牛血清 | Gibco | -- |
| 内皮细胞生长补充物 | -- | -- | |
| 内皮细胞培养基 | ScienCell | -- | |
| DMEM/F12培养基 | -- | -- | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 2000 | Invitrogen | -- |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | Beyotime | -- |
| 细胞迁移实验 | Transwell小室 | Corning | -- |
| 管形成实验 | Matrigel基质胶 | Corning | 356230 |
| 内皮细胞基础培养基 | Lonza | -- | |
| 凋亡检测 | Annexin V-FITC凋亡检测试剂盒 | Elabscience | E-CK-A217 |
| 活性氧检测 | DCFH-DA探针 | Elabscience | E-BC-K138-F |
| 动物实验 | 托吡卡胺 | Henry Schein | -- |
| 眼科激光系统 | Coherent Novus Omni | -- | |
| AAV2-RARRES1 | -- | -- | |
| AAV2-ZsGreen | -- | -- | |
| 组织学分析 | FITC标记的异凝集素B4 | Sigma-Aldrich | -- |
| 基因表达分析 | TRIzol试剂 | Takara | -- |
| NanoDrop分光光度计 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| PrimeScript第一链cDNA合成试剂盒 | Monad Biotech | -- | |
| SYBR qRT-PCR试剂盒 | Monad Biotech | -- | |
| CFX Connect实时PCR系统 | Bio-Rad | -- | |
| 蛋白质检测 | RARRES1抗体 | Santa Cruz | sc-390461 |
| 磷酸化JNK抗体 | MCE | HY-P80831 | |
| JNK抗体 | MCE | HY-P80197 | |
| 磷酸化ERK抗体 | MCE | HY-P81156 | |
| ERK抗体 | MCE | HY-P80393 | |
| Nrf2抗体 | Proteintech | 80593-1-RR | |
| SIRT1抗体 | MCE | HY-P80319 | |
| Occludin抗体 | ZEN | 502601 | |
| β-actin抗体 | Proteintech | HRP-66009 | |
| ECL化学发光试剂 | -- | -- | |
| Bio-Rad GelDoc成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| 剥离缓冲液 | Solarbio | -- | |
| 动物实验 | 荧光素钠 | Lisheng Pharmaceutical | HJ20130649 |
| 视网膜血管造影系统 | Heidelberg Engineering | -- | |
| 统计分析 | Prism 9 | GraphPad Software | -- |
| SPSS | IBM | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养和处理 | H2O2浓度(200μM和400μM)、处理时间(48小时);细胞饥饿条件(1% FBS,24小时) 阅读提示:Materials and methods: Cell culture and transfection |
| 细胞转染 | siRNA浓度(50nM)、质粒浓度(2μg/孔)、转染试剂(Lipofectamine 2000) 阅读提示:Materials and methods: Cell culture and transfection |
| 细胞活力检测 | 细胞接种密度(5×10^3/孔)、CCK-8孵育时间(1小时)、检测波长450nm 阅读提示:Materials and methods: Cell viability assay |
| 迁移实验 | 细胞密度(5×10^4/well)、Transwell孔径(8μm)、迁移时间(24小时) 阅读提示:Materials and methods: Transwell migration assays |
| 管形成实验 | Matrigel浓度和体积(60μL/孔)、细胞密度(5×10^3/well)、培养时间(18小时) 阅读提示:Materials and methods: Tube formation assay |
| 凋亡检测 | H2O2浓度(400μM)、处理时间(48小时)、细胞密度(1×10^6/mL) 阅读提示:Materials and methods: Annexin V-FITC/PI staining |
| 活性氧检测 | DCFH-DA浓度(10μM)、孵育时间(30分钟)、激发和发射波长 阅读提示:Materials and methods: Measurement of reactive oxygen species (ROS) levels |
| 动物模型 | 小鼠品系(C57BL/6)、年龄(6-8周)、激光参数(532nm,50μm,100ms,300mW)、激光点数(5个/眼) 阅读提示:Materials and methods: Animal care and laser-induced CNV model |
| AAV注射 | 病毒剂量(1×10^13 vgc)、注射体积(2μL)、注射方式(玻璃微针) 阅读提示:Materials and methods: Intraocular injections of adeno-associated virus vectors |
| 组织学检测 | 取材时间(激光后7天)、切片厚度(4μm)、IB4染色 阅读提示:Materials and methods: Hematoxylin and eosin (HE) staining and choroidal flat mounting |
| 蛋白表达检测 | 抗体信息(见工具列表)、ECL检测 阅读提示:Materials and methods: Western blotting |
| 基因表达检测 | RNA提取(TRIzol)、反转录(PrimeScript)、qPCR(SYBR) 阅读提示:Materials and methods: Quantitative PCR (qPCR) |
| 眼底荧光血管造影 | 荧光素钠剂量(5μg/g体重)、注射方式(腹腔注射)、拍摄时间(激光后7天) 阅读提示:Materials and methods: Fundus fluorescein angiography (FFA) |
| 统计分析 | 重复次数(≥3)、统计方法(ANOVA、t检验)、显著性水平(P<0.05) 阅读提示:Materials and methods: Statistics |