识别MSI CRC差异表达基因
比较MSI-H与MSS之间基因表达差异
利用TCGA-COAD和TCGA-READ数据,通过DESeq2识别MSI-H和MSS之间的差异表达基因(DEGs),并进行GO和KEGG富集分析。
AIF1L as a Ferroptosis-Linked Biomarker in Microsatellite States-Driven Colorectal Cancer: Functional and Diagnostic Insights From Multiomics Analysis.
包含生物信息学分析、体外细胞实验和体内小鼠模型等多个独立证据层级,并进行功能验证和机制验证。
MSI-H结直肠癌细胞系HCT116、MC38 MSS结直肠癌细胞系HT29、CT26 MSI-H和MSS小鼠皮下及盲肠原位移植瘤模型 TCGA-COAD和TCGA-READ队列 GSE166555单细胞数据集
AIF1L在MSI-H细胞系中的表达水平高于MSS细胞系 siRNA介导的AIF1L敲低后细胞增殖和迁移能力显著降低 AIF1L敲低后FACL4表达降低、GPX4表达升高,MDA水平降低、GSH水平升高 体内MSI-H小鼠肿瘤组织中AIF1L和FACL4表达较高,GPX4表达较低,MDA水平较高、GSH水平较低 五基因风险模型在TCGA训练、验证和GEO外部验证队列中AUC均>0.6
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
比较MSI-H与MSS之间基因表达差异
利用TCGA-COAD和TCGA-READ数据,通过DESeq2识别MSI-H和MSS之间的差异表达基因(DEGs),并进行GO和KEGG富集分析。
识别与MSI和细胞死亡相关的基因模块
基于ssGSEA计算细胞死亡分数,通过WGCNA分析确定关键模块,与DEGs取交集得到候选基因。
建立基于细胞死亡相关基因的预后模型并验证其预测能力
使用单变量Cox、LASSO和多变量Cox筛选候选基因,构建风险评分模型,并在训练、验证和外部队列中验证。
分析风险评分与免疫细胞浸润及免疫检查点表达的关系
使用ESTIMATE和ssGSEA评估免疫评分、基质评分等,比较风险高低组,分析免疫细胞与预后基因相关性,并计算TIDE评分。
在单细胞水平解析预后基因的表达和细胞亚群特征
对GSE166555进行单细胞分析,注释细胞类型,分析预后基因表达,进行CNV推断和细胞通讯分析。
敲低AIF1L后观察细胞增殖和迁移能力的变化
使用siRNA敲低MSI-H(MC38)和MSS(CT26)细胞系中AIF1L,通过CCK-8、EdU和划痕实验评估细胞增殖和迁移。
确定AIF1L是否调节铁死亡相关标志物
在细胞和肿瘤组织中检测铁死亡相关蛋白(GPX4、FACL4)表达及MDA和GSH水平。
在小鼠模型中验证AIF1L与铁死亡的关联
构建MSI-H和MSS小鼠模型,通过IHC和WB检测肿瘤组织中AIF1L、GPX4、FACL4表达,并检测MDA和GSH水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | Keygen BioTECH | KGL1501-500 |
| 胎牛血清 | Moregate | -- | |
| RT-qPCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| cDNA合成试剂盒 | ThermoFisher | K1622 | |
| SYBR Green预混液 | Thermo Fisher | -- | |
| 细胞增殖检测 | CCK-8试剂 | APExBIO | K1018 |
| EdU Elab Fluor 488成像检测试剂盒 | Elabscience Biotechnology Co. Ltd. | -- | |
| 细胞迁移检测 | 划痕插件 | Coolrun | CR211-2 |
| Western blot | PVDF膜 | -- | -- |
| GPX4抗体 | Abcam | ab197345 | |
| FACL4抗体 | Abcam | ab155282 | |
| β-actin抗体 | Abcam | ab125066 | |
| IHC | AIF1L抗体 | Solarbio | K109926P |
| GPX4抗体 | Abcam | ab125066 | |
| FACL4抗体 | Abcam | ab155282 | |
| HRP标记的抗兔二抗 | Proteintech | PR30011 | |
| MDA/GSH检测 | MDA检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute | A003-1 |
| GSH检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute | A006-2 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系MSI-H(HCT116、MC38)和MSS(HT29、CT26)的来源;培养基RPMI 1640;FBS浓度10%;培养条件37°C、5% CO2 阅读提示:Materials and Methods, 2.12 Cell Culture and Transfection |
| RT-qPCR | RNA提取试剂TRIzol;cDNA合成试剂盒;SYBR Green Master Mix;引物序列见表S1 阅读提示:Materials and Methods, 2.13; Supporting Information 3: Table S1 |
| 细胞增殖实验 | CCK-8实验细胞数5×10^3,试剂10μL,波长450nm;EdU试剂盒操作步骤 阅读提示:Materials and Methods, 2.14 |
| 细胞迁移实验 | 划痕插件CR211-2;血清-free培养基;观察时间0h和48h;使用ImageJ测量 阅读提示:Materials and Methods, 2.15 |
| 动物实验 | 小鼠品系BALB/c和C57BL/6J;体重18-22g;每组9只;皮下注射细胞浓度1×10^7/mL,0.1mL;15天后取瘤;移植后10天收集 阅读提示:Materials and Methods, 2.16; Supporting Information 1: Figure S1 |
| Western blot | 蛋白上样量20μg;PVDF膜孔径0.22μm;一抗稀释比GPX4 1:1000,FACL4 1:5000,β-actin 1:2000;二抗孵育1h 阅读提示:Materials and Methods, 2.17 |
| 免疫组化 | 切片厚度5μm;EDTA修复15min;3% H2O2 20min;封闭5min;一抗稀释比AIF1L 1:100,GPX4 1:100,FACL4 1:200;二抗孵育30min 阅读提示:Materials and Methods, 2.18 |
| MDA和GSH检测 | 细胞沉淀约1×10^6;组织约50mg;匀浆条件;离心条件;试剂盒货号A003-1和A006-2 阅读提示:Materials and Methods, 2.19 |