多组学分析鉴定Sesn2与铁死亡关联
探索软骨细胞铁死亡的关键调控因子,确定Sesn2的潜在作用。
对人关节软骨样本进行单细胞RNA测序,鉴定软骨细胞亚群,分析铁死亡相关基因表达;结合RNA-seq、WGCNA和PPI网络分析,筛选关键基因Sesn2。
MK8722 alleviates osteoarthritis by activating Sesn2 and transcriptionally upregulating BNIP3 to promote mitophagy and inhibit chondrocyte ferroptosis.
包含单细胞测序、RNA-seq等多组学分析,体外细胞实验(原代软骨细胞、SW1353),体内动物模型(DMM小鼠),且进行了功能验证(过表达、敲低)和机制验证(线粒体自噬、铁死亡相关通路)。
人关节软骨组织(OA患者与对照) 小鼠关节软骨组织和DMM手术OA模型 原代小鼠软骨细胞 SW1353细胞系
Sesn2在OA关节软骨中表达降低,与GPX4表达正相关 过表达Sesn2通过抑制软骨细胞铁死亡减轻DMM小鼠OA软骨损伤 Sesn2转录上调BNIP3,促进Nrf2蛋白表达,增强线粒体自噬 MK8722通过激活Sesn2-BNIP3轴促进线粒体自噬,抑制铁死亡 MK8722(10 mg/kg灌胃)在DMM小鼠中减轻软骨破坏且未引起主要器官毒性
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探索软骨细胞铁死亡的关键调控因子,确定Sesn2的潜在作用。
对人关节软骨样本进行单细胞RNA测序,鉴定软骨细胞亚群,分析铁死亡相关基因表达;结合RNA-seq、WGCNA和PPI网络分析,筛选关键基因Sesn2。
确认Sesn2在OA中的表达变化。
通过IHC、WB和qRT-PCR检测人OA软骨、DMM小鼠软骨和IL-1β处理的SW1353细胞中Sesn2的表达。
验证Sesn2对软骨细胞铁死亡的调控作用。
在原代软骨细胞中通过siRNA敲低Sesn2,检测铁死亡标志物、ROS、脂质过氧化等指标。
验证Sesn2过表达是否缓解OA进展。
通过关节内注射AAV-Sesn2在DMM小鼠中过表达Sesn2,评估软骨损伤、骨赘形成、步态等。
阐明Sesn2调控铁死亡的分子机制。
通过RNA-seq、WB、IF、TEM等检测线粒体自噬水平、线粒体膜电位、线粒体-溶酶体共定位等,验证Sesn2对BNIP3-Nrf2通路的调控。
评估MK8722对软骨细胞的保护作用及其机制。
在IL-1β或铁死亡诱导剂处理的软骨细胞中,检测MK8722对细胞活力、凋亡、衰老、炎性因子、铁死亡和线粒体自噬的影响;在DMM小鼠中口服MK8722评估其治疗效果。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM/F12培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素-链霉素 | -- | -- | |
| DMEM培养基 | -- | -- | |
| 药物处理 | 白细胞介素-1β | Peprotech | 211-11B |
| Erastin | MedChemExpress | HY-15763 | |
| RSL3 | MedChemExpress | HY-100218A | |
| Ferrostatin-1 | MedChemExpress | HY-100579 | |
| ML385 | MedChemExpress | HY-100523 | |
| MK8722 | MedChemExpress | HY-111363 | |
| 雷帕霉素 | MedChemExpress | HY-10219 | |
| 转染 | Lipofect 5000PM | BAIDAI | -- |
| 基因敲低 | 小干扰RNA | RiboBio | -- |
| 基因过表达 | 过表达质粒 | BAIDAI | -- |
| RNA提取 | RNAiso Plus试剂 | TaKaRa | -- |
| 逆转录 | 逆转录试剂盒 | TaKaRa | RR092A |
| qRT-PCR | TB Green Premix Taq II | TaKaRa | CN830A |
| CCK-8检测 | CCK-8试剂盒 | MedChemExpress | HY-K0301 |
| ELISA | ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-M0044 |
| ROS检测 | ROS检测试剂盒 | Beyotime | S0033 |
| 线粒体ROS检测 | MitoSOX | MedChemExpress | HY-D1055 |
| 脂质检测 | 尼罗红 | MedChemExpress | HY-D0718 |
| 脂质过氧化检测 | BODIPY 581/591 C11 | Beyotime | S0043 |
| GSH检测 | GSH检测试剂盒 | Beyotime | S0053 |
| MDA检测 | MDA检测试剂盒 | Jiancheng | A003 |
| 线粒体膜电位检测 | JC-1试剂盒 | Beyotime | C2006 |
| 细胞衰老检测 | SA-β-gal检测试剂盒 | Beyotime | C0602 |
| 线粒体染色 | Mito-Tracker | Beyotime | C1035 |
| 溶酶体染色 | Lyso-Tracker | Beyotime | C1047 |
| 免疫荧光 | DAPI | Abcam | Ab104139 |
| 山羊抗兔抗体 | Abcam | Ab150077 | |
| 山羊抗小鼠抗体 | Abcam | Ab150083 | |
| Alexa Fluor 568山羊抗兔 | Abcam | Ab150115 | |
| 组织学 | DAB | -- | -- |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解液 | -- | -- |
| 蛋白质定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | -- | -- |
| 分子对接 | PubChem | -- | -- |
| RCSB PDB | -- | -- | |
| 显微成像 | Leica versa8 | Leica | -- |
| Nikon AXR | Nikon | -- | |
| Micro-CT | Skyscan 1276 | Bruker | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型 | 小鼠品系(C57BL/6)、性别(雄性)、年龄(8周龄)、DMM手术方法、 Sham对照组、取材时间(8周)、AAV注射方案(剂量、时间)、MK8722给药方案(剂量、频率、途径) 阅读提示:Materials and methods: Animal model |
| 细胞模型 | 原代软骨细胞分离方法、细胞传代次数、SW1353培养条件、IL-1β浓度及处理时间、铁死亡诱导剂浓度及处理时间、siRNA和质粒转染浓度及时间 阅读提示:Materials and methods: Cell isolation and culture |
| 表达检测 | 抗体信息(Table S3)、qRT-PCR引物序列(Table S2)、内参基因(GAPDH)、RNA提取和逆转录试剂盒型号 阅读提示:Materials and methods: Western blot, qRT-PCR |
| 铁死亡检测 | ROS、线粒体ROS检测试剂盒及孵育时间、脂质过氧化探针(BODIPY、Nile red)的使用浓度和时间、GSH/MDA检测试剂盒及波长 阅读提示:Materials and methods: Detection and analysis of chondrocyte ferroptosis |
| 线粒体自噬检测 | JC-1染色的浓度和时间、Mito-Tracker和Lyso-Tracker染色浓度和时间、TEM样品制备条件 阅读提示:Materials and methods: JC-1 staining, Co-localization staining, TEM |