靶点与疾病靶点筛选
预测连翘苷的潜在靶点并识别CRC相关靶点,为后续网络分析提供基础。
使用ChEMBL、HERB、SwissTargetPrediction数据库预测连翘苷潜在靶点,利用TCGA和GEO(GSE18105)数据库获取CRC差异表达基因。
Network Pharmacology and Molecular Docking Elucidate the Mechanism of Phillyrin in Colorectal Cancer.
包含网络药理学预测、分子对接与动力学模拟,以及体外细胞功能实验(CCK-8、克隆形成、凋亡、迁移、侵袭)和Western blot机制验证,但缺乏体内实验。
HT29人结直肠癌细胞系 HCT116人结直肠癌细胞系 TCGA和GEO(GSE18105)数据集
细胞系:HT29和HCT116,购自中国科学院细胞库,培养于含10% FBS和1%青霉素-链霉素的DMEM 药物处理:连翘苷浓度0、0.1、0.2 mM,处理时间24小时 细胞活力检测:CCK-8法,检测波长450nm,重复至少三次 凋亡检测:Annexin V-FITC/PI染色,流式细胞术,处理24小时 Western blot检测:p-PI3K、p-AKT、p-mTOR表达,重复至少三次
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
预测连翘苷的潜在靶点并识别CRC相关靶点,为后续网络分析提供基础。
使用ChEMBL、HERB、SwissTargetPrediction数据库预测连翘苷潜在靶点,利用TCGA和GEO(GSE18105)数据库获取CRC差异表达基因。
分析连翘苷与CRC靶点间的相互作用,识别核心靶点。
利用VennDiagram包获取交集基因,Cytoscape构建CTD网络;STRING数据库构建PPI网络,cytoHubba插件用五种算法筛选中心靶点。
探究核心靶点参与的生物学过程、细胞组分、分子功能及信号通路。
使用R包(org.Hs.eg.db、clusterProfiler、AnnotationHub、ggplot2)进行GO和KEGG富集分析。
验证连翘苷与核心靶点的结合亲和力及复合物稳定性。
使用AutoDockTools进行盲对接,GROMACS进行100ns MD模拟,分析RMSD、RMSF、Rg和氢键数。
评估连翘苷对结直肠癌细胞活力和凋亡的影响。
CCK-8法检测细胞活力,Annexin V-FITC/PI染色流式细胞术检测凋亡。
评估连翘苷对细胞增殖、迁移和侵袭的影响。
克隆形成实验检测增殖,划痕实验检测迁移,Transwell实验检测侵袭。
验证连翘苷对PI3K/AKT/mTOR信号通路关键蛋白表达的影响。
Western blot检测p-PI3K、PI3K、p-AKT、AKT、p-mTOR、mTOR表达,并进行PI3K过表达回补实验。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 药物处理 | 连翘苷 | MedChemExpress | HY-N0482 |
| Western blot | β-肌动蛋白抗体 | Affinity | AF7018 |
| AKT抗体 | Abcam | ab8805 | |
| p-PI3K抗体 | Affinity | AF3242 | |
| p-AKT抗体 | CST | 4060s | |
| PI3K抗体 | Affinity | AF6241 | |
| mTOR抗体 | Proteintech | 66888-1-Ig | |
| p-mTOR抗体 | Affinity | AF3308 | |
| 山羊抗兔IgG-HRP | Affinity | S0001 | |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Invitrogen | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素-链霉素 | -- | -- | |
| 细胞活力检测 | 细胞计数试剂盒-8 | GlpBio | -- |
| 凋亡检测 | Annexin V-FITC和PI凋亡检测试剂盒 | Elabscience | -- |
| 细胞培养 | HT29细胞系 | Chinese Academy of Sciences | -- |
| HCT116细胞系 | Chinese Academy of Sciences | -- | |
| 蛋白提取 | RIPA裂解液 | Beyotime | -- |
| 侵袭实验 | 基质胶 | -- | -- |
| Transwell小室 | Costar | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系:HT29和HCT116;培养基:DMEM含10% FBS和1%青霉素-链霉素;培养条件:37°C,5% CO2 阅读提示:Methods 2.8 Cell Culture |
| 药物处理 | 连翘苷浓度:0、0.1、0.2 mM;处理时间:24小时;溶剂和对照:文中未明确说明 阅读提示:Methods 2.9-2.13 |
| 细胞活力检测 | CCK-8检测:细胞接种密度、处理时间、CCK-8孵育时间(37°C 2小时)、检测波长450nm 阅读提示:Methods 2.9 CCK-8 Assay |
| 凋亡检测 | 细胞接种密度5×10^4/孔;Annexin V-FITC/PI染色条件:4°C避光15-20分钟;流式细胞术分析 阅读提示:Methods 2.11 Apoptosis Assay |
| 迁移和侵袭检测 | 划痕实验:细胞融合度90%,划痕后0和24小时拍照;Transwell:细胞密度5×10^4/室,下层含20% FBS培养基 阅读提示:Methods 2.12 Cell Migration Assay; Methods 2.13 Cell Invasion Assay |
| Western blot | 蛋白上样量50 ng/20 μL;SDS-PAGE浓度10%;一抗孵育:4°C过夜;二抗孵育;ECL显色 阅读提示:Methods 2.14 Western Blotting Analysis |